1.病毒載體的敏感性性強
在強酸、強堿、高鹽、低鹽、高剪切等環境條件下，病毒載體高度敏感，這對親和層析填料的配基的選擇帶來了難度。親和層析填料的配基跟目標病毒載體良好結合后，在相對溫和的洗脫條件下，才可能避免在純化過程中病毒顆粒由于PH的變化所導致的感染性喪失的問題。
2.病毒載體的粒徑可變性大
病毒載體的類型不同，大小也不相同，一般大小在20 到 200 nm的范圍內，有些病毒載體可能更大，如溶瘤病毒。病毒載體的粒徑越大，親和層析填料的動態結合載量 (DBC)越小，所以需要更大的柱-親和層析系統來進行純化，這勢必會增加成本。
3.病毒清洗和消毒的問題
病毒載體的敏感性、粒徑的可變性，在去除生物負荷這個問題上，也會產生不小的難度，因為一些用作親和層析調料的配基是蛋白質或者肽，它們與在線滅菌 (SIP) 方案可能存在不兼容的地方。因此，病毒清洗和消毒對配基的選擇上的重要性不言而喻。
二、病毒載體的親和層析填料的商業化情況
1.病毒載體的親和層析填料商業化的挑戰
病毒載體的親和層析填料商業化具有兩大挑戰：第一，目標較大的產物可能會產生較低的產能。因為，目前的親和填料通常是為抗體的最佳工藝而設計的,粒徑大多在 10-15 nm左右，但是許多病毒載體的粒徑較大，如腺病毒為90-100nm、 γ - 逆轉錄病毒為80-100nm，根本無法進入孔內與基球進行結合，導致產能降低。第二，親和層析填料通常必須特定于某種病毒載體，對于 AAV ，還必須是特定的血清型（AAV2、AAV8、AAV9 等）。這就意味著這一類別的填料的應用困難，病毒載體生產商很難使用單一親和層析填料為一系列載體構建平臺純化工藝。
2.AAV親和層析填料商業化情況
目前，市面上的AAV親和層析填料的類型主要有： 血清特異型和非特異型。對于血清特異型，都需要進行優化和篩選，從而找到對血清特異型能很好地與親和配基結合的填料。
但是病毒載體的情況越來越復雜，就會存在與現有的親和配基不結合的情況。因此，親和層析填料的生廠商把眼光又轉移到了基于電荷的平臺化方法上來，這種方法能降低成本、兼容SIP和CIP工藝、跨血清型靈活。
三、病毒純化親和層析填料的新方案
英國Biotoolimics推出了病毒純化親和層析填料：ViralPolishTM Range，該系列產品包含雙層瓊脂糖珠（含惰性外殼），孔徑大小受到嚴格控制，內部多功能配體可快速高容量結合雜質。其中，ViralPolishTM 5000B親和層析填料專門為溫和洗脫條件下，AAV而設計，在不犧牲動態結合載量的情況下提高堿穩定性。
