如何應對細胞株系開發數據挑戰-技術前沿-資訊-生物在線

如何應對細胞株系開發數據挑戰

作者:貝克曼庫爾特商貿(中國)有限公司 2020-10-23T15:39 (訪問量:4321)

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細胞株開發是眾多具有重大數據挑戰的工作流程之一。與任何篩選過程一樣,樣本通量帶來了數據量的挑戰。當使用多種分析工具以不同格式生成不同類型的數據時,這就變得更加具有挑戰性。這不僅需要在不同的孔板和孔之間移動數據,而且整個過程可能會延長數月。在整個過程中,必須對數據進行追蹤,以確保進入生產的任何細胞株都有必要的歷史數據(例如單克隆性的證明),并且為了報告需要,所有的數據都可以被方便地訪問。在這里,我們將描述在Biomek i7工作站(圖1)上自動化細胞株開發如何克服與此工作流程相關的許多數據挑戰。
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圖1:Biomek i7工作站與三方設備整合一起被用于自動化細胞株開發工作流程。
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作為液體轉移步驟的一部分,Biomek軟件會自動移動數據,因此數據可以隨著樣本移動而并行移動(圖4)。同時,數據也可以存儲在DART數據庫中,未來任何時候掃描孔板條碼時,相應的數據都會被自動檢索出來。DART提供了不同時間交互的方法之間的鏈接(圖4)——在諸如細胞株開發這樣的長時間工作流程中,這是一個關鍵組件。
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圖3:自動化數據處理示意圖。
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除開存儲和利用數據,DART數據庫可以通過多種方便的方式訪問。為了以用戶友好的方式進行快速可視化,可通過Chrome瀏覽器直接實時查看(圖6A),同時可以使用DART報告生成器在Excel中生成報告。
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圖6:DART數據查看和報告。
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在任何實驗中產生的數據使實驗有價值。數據處理中的任何錯誤都可能消除這個價值,甚至可能將研究進程推向錯誤的方向。對于像細胞株開發這樣長達數月的工作流程,數據丟失或錯誤的風險更大,因此,確保數據完整性的工具至關重要。Biomek和DART軟件通過使數據完整性過程自動化且易于獲取,可以為細胞株開發過程提供真正的價值。
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