BSA介紹
集群分離分析（Bulk Segregant Analysis，BSA），即利用親本與極端性狀個(gè)體構(gòu)建的混池，挖掘與性狀相關(guān)的突變位點(diǎn)信息，后續(xù)可作為分子標(biāo)記輔助分子育種。常用的性狀定位分析方法為SNP-index方法。
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BSA優(yōu)勢(shì)總結(jié)
1、與傳統(tǒng)定位方法比較，大大降低了人力與時(shí)間成本，快速獲得性狀定位結(jié)果；
2、只需要檢測(cè)親本與極端個(gè)體混池，即可獲得性狀關(guān)聯(lián)的突變位點(diǎn)信息，降低了研究成本；
3、不受親本限制，多種群體均可進(jìn)行性狀定位研究；
4、通過(guò)circos圖，可視化性狀定位結(jié)果，更直觀展示；
5、博奧晶典專(zhuān)門(mén)針對(duì)多倍體與基因組復(fù)雜的物種推出全新的BSA分析策略，完美解決多倍體或復(fù)雜基因組物種性狀定位難題。
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圖1：SNP-index計(jì)算方法
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注：SNP-index 表示突變基因型的覆蓋度/此位點(diǎn)總覆蓋度，在第一個(gè)突變位點(diǎn)，相比較參考基因型，突變基因型為G，覆蓋度為4，而此位點(diǎn)覆蓋度為10，SNP-index=4/10=0.4。
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方案建議
1、群體類(lèi)型：F1、 F2、DH 、RIL等群體；
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2、樣本選擇：
? 雙親本+2個(gè)F2極端性狀子代混池
? 雙親本+1個(gè)混池
? 1個(gè)野生親本+1個(gè)突變混池（EMS誘變個(gè)體與野生型構(gòu)建的群體）
? 單親本+1個(gè)混池
? 無(wú)親本+2個(gè)極端混池（F2，F(xiàn)1等）
3、適用樣本參考
A. 針對(duì)所有有參考基因組物種；
B. 多倍體物種：如小麥等；
C. 基因組重復(fù)序列含量高的物種：如玉米等；
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圖2：QTL-seq群體選擇示意圖
注：QTL-seq適用于數(shù)量性狀的群體，選擇表型極端的個(gè)體構(gòu)建混池。
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結(jié)果展示
SNP-index分布示意圖：
下圖分為上中下三個(gè)部分，橫坐標(biāo)表示各染色體，上圖表示混池B1的SNP-index值在各染色體上的分布，中間的圖表示混池B2的SNP-index值在各染色體上的分布，下圖黑線表示兩個(gè)混池的SNP-index差值，即ΔSNP-index，在各染色體上的分布，藍(lán)綠紅線分別表示不同的置信水平，從上到下依次為0.99，0.95，0.9，0.1，0.05，0.01的置信水平，超過(guò)置信水平的區(qū)域?yàn)樾誀钕嚓P(guān)的候選區(qū)域。
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圖3：SNP-index分布示意圖
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下圖從外到內(nèi)，第一圈表示參考基因組的染色體；第二圈表示SNP的密度分布，柱狀顏色越紅越高表示密度越高，越藍(lán)越低表示密度越低；第三圈紅色表示Insert的密度分布，柱越高表示密度越高；第四圈藍(lán)色表示Delete的密度分布，柱越高表示密度越高；第五圈表示ΔSNP-index分布，黑線表示平均ΔSNP-index，藍(lán)線，綠線，紅線分別表示0.01，0.05，0.1，0.9，0.95，0.99的置信水平。
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圖4：Circos可視化定位結(jié)果示意圖
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參考文獻(xiàn)
[1] Abe A, KosugiS, Yoshida K, et al. Genome sequencing reveals agronomically important loci inrice using MutMap[J]. Nature Biotechnology, 2012, 30(2):174-8.
[2] Takagi H, Abe A,Yoshida K, et al. QTL‐seq: rapid mapping of quantitative trait loci in riceby wholegenome resequencing of DNA from two bulked populations[J]. Plant Journal,2013,74(1):174-83.
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產(chǎn)品詳情:http://www.capitalbiotech.com/ProductServer.html?categoryId=50
撰稿 | 博奧晶典生物信息部 樊淑
文案 | 博奧晶典科研服務(wù)事業(yè)部 李瑩、吳潔、張西軒
部分配圖來(lái)源于網(wǎng)絡(luò)，侵刪
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