T4 RNA Ligase 2 (dsRNA Ligase)-產品資訊-資訊-生物在線

T4 RNA Ligase 2 (dsRNA Ligase)

作者:上海雅吉生物科技有限公司 2020-11-13T10:37 (訪問量:7241)

生產的T4 RNA Ligase 2,即T4 RNA連接酶2,是一種ATP依賴的雙鏈RNA連接酶(double-strand RNA ligase, dsRNA Ligase),也被稱為T4 Rnl2 (gp24.1),可以用于雙鏈RNA進行分子內的環化連接和分子間的線性連接。T4 RNA Ligase 2與T4 RNA Ligase 1 (R0621)不同的是,對雙鏈RNA中的缺刻(nick)的連接活性要大大高于對單鏈RNA末端的連接活性。T4 RNA Ligase 2也可用于雙鏈核酸(RNA雙鏈、RNA/DNA雜合鏈和/或DNA雙鏈)分子內或分子間RNA鏈的3’羥基和DNA鏈的5’磷酸基的連接。T4 RNA Ligase 2連接時需要5’磷酸和3’羥基的存在,可以是RNA鏈或DNA鏈的5’磷酸基和RNA鏈的3’羥基之間發生連接反應。

T4 RNA Ligase 2催化dsRNA粘端連接的反應過程如下。首先T4 RNA Ligase 2直接消耗ATP,形成中間產物T4 RNA Ligase 2-AMP,并釋放焦磷酸;接著,T4 RNA Ligase 2-AMP與dsRNA的缺刻處相結合,并將AMP從中間產物T4 RNA Ligase 2-AMP中轉移至dsRNA缺刻處的5’磷酸末端,形成腺苷酰化缺刻dsRNA中間產物;最后,在T4 RNA Ligase 2的催化下,dsRNA缺刻處的3’羥基進攻該缺刻處的5’磷酸基團,形成3’-5’磷酸二酯鍵,并釋放出AMP。

本產品酶活性高,連接效率高于國外同類競爭產品。本產品催化雙鏈RNA粘端連接的效果請參考圖1。

圖1. 生產的T4 RNA Ligase 2和N公司的同類產品(Competitor T4 RNA Ligase 2)催化連接dsRNA粘端連接的效果圖。 RNA-1:5’-OH-GGGCUUUGCGUGGGUUU-OH-3’;RNA-2 (5’端磷酸化):5’- pCUAUAGAAACCCACGCAAAGCCC-OH-3’,使用的R0051 Annealing Buffer for RNA oligos (5X),參考說明書進行退火反應。退火獲得的dsRNA,在20μl反應體系中加入圖中指定量的本產品或國外N公司的T4 RNA Ligase 2 (T4 Rnl2),37°C孵育30min進行連接反應,反應完畢后立即取樣用15%非變性聚丙烯酰胺凝膠進行電泳分析。如圖所示,本產品與N公司的產品相比,實際的連接效率約為N公司產品的2倍,在本反應體系中生產的T4 RNA Ligase 2僅需2U就可以非常充分地完成連接反應。

用途:主要用于連接雙鏈RNA中缺刻的連接(即雙鏈RNA的粘端連接),也可用于雙鏈結構中,RNA 3’羥基與DNA 5’磷酸基的缺刻連接。

來源:大腸桿菌表達的重組蛋白,表達基因為T4嗜菌體T4 RNA ligase 2。

活性單位定義::One unit is defined as the amount of enzyme required to ligate 0.4 μg of an equimolar mix of a 23-mer and 17-mer RNAs in a total reaction volume of 20 μl in 30 minutes at 37℃.

活性檢測條件:50 mM Tris-HCl (pH 7.5), 2 mM MgCl2, 1 mM DTT, 400 μM ATP, 37℃孵育30min。

純度:不含DNA內切酶和外切酶,不含RNA酶,不含***酶。

酶儲存溶液:10 mM Tris-HCl (pH7.5), 50 mM KCl, 35 mM (NH4)2SO4, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM DTT, 50% (v/v) Glycerol.

10X Reaction Buffer:500 mM Tris-HCl (pH 7.5 at 25℃), 20 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4 mM ATP.

失活或抑制:85℃加熱5min可使T4 RNA Ligase 2失活,或加入蛋白酶K或EDTA可抑制其活性。

包裝清單:

產品編號 產品名稱 包裝
R0632S-1 T4 RNA Ligase 2 (10U/μl) 100μl
R0632S-2 10X T4 Rnl2 Reaction Buffer 250μl
說明書 1份

保存條件:

-20℃保存,至少一年有效。

注意事項:

如果連接底物為ssRNA,推薦使用生產的R0621 T4 RNA Ligase 1等系列產品。

可根據具體應用選擇合適的操作方法,可能需準備額外的試劑,如RNase Inhibitor、DEPC水等。

本產品提供的T4 Rnl2 Reaction Buffer (10X)適用于RNA雙鏈中缺刻的連接反應。如果用于RNA/DNA雜合鏈中RNA 3’羥基與DNA 5’磷酸基的缺刻連接時,需要將反應體系中的MgCl2的終濃度提高至10mM,并在反應體系中加入終濃度為10-15%的PEG8000,這樣可以顯著提高酶活性,同時不影響反應特性。

本產品僅限于專業人員的科學研究用,不得用于臨床診斷或治療,不得用于食品或藥品,不得存放于普通住宅內。

為了您的安全和健康,請穿實驗服并戴一次性手套操作。

使用說明:
1.雙鏈RNA或DNA/RNA雜合雙鏈的退火。

將兩條單鏈RNA等摩爾數混合,推薦的終濃度為20μM (10-50μM均可),90℃孵育1min,然后通過梯度降溫至25℃退火形成dsRNA。推薦使用R0051 Annealing Buffer for RNA oligos (5X),并按照該產品使用說明進行退火反應。DNA和RNA雜合鏈的退火也可以參考雙鏈RNA的退火條件進行。退火后的雙鏈推薦在-80℃保存。

2.對于雙鏈RNA缺刻的連接,參考下表在冰浴中配制如下反應體系:

Reagent Volume Final Concentration
DEPC-treated Water 16μl -
Nicked dsRNA Substrate (20μM) 1μl 1μM
10X T4 Rnl2 Reaction Buffer 2μl 1X
T4 RNA Ligase 2 (10U/μl) 1μl 0.5U/μl
Total Volume 20μl -

注意:
a.由于涉及RNA操作,需要嚴格按照RNA操作的規范進行,避免RNase污染,相關試劑和耗材需要經過DEPC處理去除RNase或者確保是RNase free的。本反應體系中涉及雙鏈RNA,雙鏈RNA可以耐受RNase A和T1等。如果涉及單鏈RNA,包括雙鏈退火后存在部分RNA序列是單鏈的情況,推薦適量添加R0102 RNase Inhibitor。
b.如果同時進行多個連接反應,可以把上表中除Nicked dsRNA Substrate之外的所有溶液和酶提前預混合,然后再分裝到各反應管內。
c.反應體系中的Nicked dsRNA Substrate的最終濃度可以達到1μM,在該反應體系中可以確保充分連接。實際使用過程中,例如由于底物量有限等原因,可以適當減少Nicked dsRNA Substrate的用量,例如使最終濃度為0.5μM或0.2μM等。
3.對于RNA/DNA雜合鏈中RNA 3’羥基與DNA 5’磷酸基的缺刻連接,參考下表在冰浴中配制如下反應體系:

Reagent Volume Final Concentration
DEPC-treated Water 10.4μl -
Nicked DNA/RNA Substrate (20μM) 1μl 1μM
10X T4 Rnl2 Reaction Buffer 2μl 1X
PEG8000 (50%, RNase Free) 4μl 0.1
MgCl2 (100mM, DEPC-treated) 1.6μl 8mM
T4 RNA Ligase 2 (10U/μl) 1μl 0.5U/μl
Total Volume 20μl -

注意:
a.由于涉及RNA操作,需要嚴格按照RNA操作的規范進行,避免RNase污染,相關試劑和耗材需要經過DEPC處理去除RNase或者確保是RNase free的。本反應體系中涉及雙鏈RNA,雙鏈RNA可以耐受RNase A和T1等。如果涉及單鏈RNA,包括雙鏈退火后存在部分RNA序列是單鏈的情況,推薦適量添加R0102 RNase Inhibitor。
b.如果同時進行多個連接反應,可以把上表中除Nicked DNA/RNA Substrate之外的所有溶液和酶提前預混合,然后再分裝到各反應管內。
c.反應體系中的Nicked dsRNA Substrate的最終濃度可以達到1μM,在該反應體系中可以確保充分連接。實際使用過程中,例如由于底物量有限等原因,可以適當減少Nicked dsRNA Substrate的用量,例如使最終濃度為0.5μM或0.2μM等。
4.連接反應:37℃孵育30min。如果發現效果欠佳可以嘗試25℃孵育2h。為了使連接反應更加充分,可以適當延長連接反應時間。
5.終止反應:反應結束后加入蛋白酶K或EDTA,即可終止反應。

由于T4 RNA Ligase 2熱失活需要85℃加熱5min,這樣可能導致dsRNA或DNA/RNA雜合雙鏈變性,因此通常不建議通過加熱方式失活T4 RNA Ligase 2。如果后續無需保持雙鏈狀態,則推薦85℃加熱5min以失活T4 RNA Ligase 2。

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