作者：Monica Heger
上周在佛羅里達州馬可島舉行的基因組生物學(xué)技術(shù)進展年會AGBT上，Life Technologies表示其計劃在年中發(fā)布Ion Torrent Proton II芯片以及PI芯片的升級版，可通過200個堿基對讀數(shù)獲得16千兆堿基數(shù)據(jù)。
Life Technologies聲稱，在去年的離子世界大會上，公司同樣計劃推出PIII芯片，該芯片可通過100堿基對讀數(shù)獲得64千兆堿基數(shù)據(jù)，但是最終通過400堿基對讀數(shù)獲得了256千兆堿基數(shù)據(jù)(IS 9/18/2012)。 Ion Torrent 公司的創(chuàng)始人Jonathan Rothberg說，在上周的AGBT上，公司尚未宣布此類芯片的發(fā)布日期。
“除開發(fā)Proton系統(tǒng)外，公司正致力于改善樣品制備過程”， Rothberg說，“正如之前所宣布的，公司正在開發(fā)名為Avalanche的微乳液無PCR樣品制備系統(tǒng)”。
公司正著力開發(fā)多種版本的Avalanche系統(tǒng)，包括可以在Proton芯片上直接構(gòu)建測序文庫的系統(tǒng)。 Rothberg說，公司研究人員已對協(xié)議進行了測試，并證實能完美讀取近600個堿基。
Life Technologies產(chǎn)品營銷高級總監(jiān)Andy Felton解釋說，公司仍在決定如何使Avalanche商業(yè)化，尤其是是否應(yīng)使用磁珠配置進行處理或者就在芯片上進行簡單處理。
Andy Felton未就向客戶提供Avalanche的具體時間予以說明。
Rothberg說，目前在客戶實驗室和公司實驗室的Proton系統(tǒng)上已經(jīng)完成了逾12000次運行。
客戶反饋
客戶Joe Boland說，在AGBT舉行Ion Torrent研討會期間，美國國家癌癥研究所實驗室已采用六臺Proton完成了逾200次運行，并對100多個外顯子組完成了測序。Joe Boland還說，其已采用Proton進行了轉(zhuǎn)錄組測序檢測，目前正在起草論文，對采用Proton進行的外顯子組測序與采用HiSeq 2000進行的外顯子組測序進行比較。
Joe Boland解釋說，實驗室每3.5小時平均可獲得約12千兆堿基數(shù)據(jù)，以20倍的覆蓋度覆蓋幾乎80%的外顯子組。與實驗室去年11月通常產(chǎn)生的8千兆堿基數(shù)據(jù)相比，這已是一大改進。Boland于去年11月（即最初安裝系統(tǒng)兩個月后）出席了美國人類遺傳學(xué)協(xié)會大會(IS 11/13/2012)。
目前，實驗室每天能夠?qū)λ牡桨藗€外顯子組進行測序，在各芯片上運行一次外顯子組測序。測序運行時間大概為三個半小時，而進行分析需要額外花費8到11個小時。
實驗室目前完成了宮頸癌的外顯子組測序研究。在110位女性中，選取24名采用Proton進行外顯子組測序，其余采用Ion PGM的客制AmpliSeq面板進行篩選，以篩查與宮頸癌有關(guān)的所有已知基因。
對外顯子組進行處理，研究小組建立更大的AmpliSeq面板，以囊括經(jīng)由外顯子組測序確認的新變種。
談及與HiSeq的比較時，Boland說兩個平臺“在檢測和calling SNPs時均運行良好”，兩者的一致性高達99%，但是這兩個平臺仍存在著差異，“在插入缺失檢測方面存在問題”，這將在下一篇論文中進行探討。
對于采用HiSeq進行的外顯子組測序，美國國家癌癥研究所實驗室采用Nimblegen的SeqCap v3捕獲外顯子組，而采用Proton時其使用的是Life Technologies的TargetSeq v2。
此外，Boland還說，實驗室期望采用Proton開展轉(zhuǎn)錄組測序。對于實驗室采用系統(tǒng)進行測序的首個轉(zhuǎn)錄組，Proton生成了5400萬讀數(shù)，由于實驗室采用polyA 富集步驟（而非核糖體RNA損耗），核糖體RNA水平獲得“大幅度提升”。自此，研究小組轉(zhuǎn)向rRNA損耗。
實驗室目前正在針對8個樣本開展研究，產(chǎn)生300千兆堿基數(shù)據(jù)，并對三家公司（Seven Bridges Genomics、Station X和Partek）的生物信息學(xué)管道進行比較。
斯隆凱特林癌癥紀念中心基因組學(xué)核心實驗室的負責(zé)人Agnes Viale正采用紐約基因組中心的四個Proton系統(tǒng)（該系統(tǒng)目前已安放在其實驗室），主要用于轉(zhuǎn)錄組測序。
Viale還擁有一臺Roche 454 GS FLX、一臺454 GS Junior、兩臺Life Technologies的SOLiD 5500系統(tǒng)（其中一臺具有Wildfire升級）、兩臺Illumina HiSeqs（其中一臺已升級到2500版）、一臺Illumina MiSeq和一臺PGM。
Viale在基因組生物學(xué)和技術(shù)革新大會上介紹說。四臺Proton于去年9月安裝在其實驗室，12月開始首次轉(zhuǎn)錄組測序研究，
人類腫瘤和發(fā)病機制項目的腫瘤學(xué)家和研究人員Ross Levine計劃開展轉(zhuǎn)錄組測序研究，以對具有FLT3/TET2突變的急性骨髓性白血病在小鼠模型內(nèi)的表達進行研究。雙重變異之前均產(chǎn)生了不良預(yù)后，實驗室希望設(shè)計出一種小鼠模型，該模型可用于測試藥物并獲得生物洞察力。
Levine的研究小組希望快速完成用于研究的12個轉(zhuǎn)錄組，因此Viale建議采用最新安裝的Proton系統(tǒng)。
從100毫微克總RNA中構(gòu)建基因文庫。在適配器連接、反轉(zhuǎn)錄、擴增以及大小選擇后，接下來將進行的是rRNA損耗。之后，對樣本進行測序。
Viale說，從樣本制備到測序的整個工作流三天內(nèi)可以完成。如果基因文庫于星期一上午9點開始，則單觸連接可于星期二下午4點開始，并可徹夜運行?？稍谛瞧谌衔邕M行磁珠富集，大概中午開始測序，下午4點可以獲得原始數(shù)據(jù)，Viale說。
這12個樣本平均每個樣本通過104堿基讀數(shù)產(chǎn)生6200萬讀數(shù)，約為
地 址： 上海市長寧區(qū)仙霞路99號尚嘉中心21-22樓 聯(lián)系人： 市場部 電 話： 021-61452000 傳 真： 021-6076 2868 Email：Sales.china@thermofisher.com
Life Technologies
商家主頁