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T4 RNA Ligase 2, truncated

作者:上海雅吉生物科技有限公司 2020-11-13T10:39 (訪問量:7353)

T4 RNA Ligase 2, truncated (T4 Rnl2, truncated或Rnl2 (1-249)),即T4 RNA連接酶2截短型,該酶僅包含T4 RNA連接酶2 N端249個氨基酸,可特異性地將5’端預腺苷?;腄NA或RNA (App-DNA或App-RNA)連接到RNA的3’羥基。

T4 RNA Ligase 2, truncated與T4 RNA Ligase 2的酶活性完全不同,后者是一種ATP依賴的dsRNA ligase,而前者是一種不依賴于ATP的,依賴于5’端預腺苷?;膯捂満怂徇B接酶。

T4 RNA Ligase 2, truncated常用于microRNA (miRNA)等3’端為羥基的單鏈RNA在克隆、高通量測序建庫或PCR檢測等時,在3’羥基端添加5’端預腺苷?;腄NA或RNA接頭。

T4 RNA Ligase 2, truncated只能利用5’端預腺苷酰化的單鏈DNA或RNA作為3’端接頭,因此可以大大降低連接反應的背景,通常是小RNA等建庫時的優先選擇。

T4 RNA Ligase 2, truncated連接時不需要ATP,但需要5’端預腺苷?;?也稱預腺苷化、腺苷酰化或腺苷化)底物。即使在有ATP存在的情況下,T4 RNA Ligase 2, truncated也不能催化連接單鏈DNA或RNA 5'-P末端與3'-OH末端之間形成磷酸二酯鍵。而T4 RNA Ligase 1可以在ATP存在的情況下,催化連接單鏈DNA或RNA 5'-P末端與3'-OH末端之間形成磷酸二酯鍵。因此T4 RNA Ligase 2, truncated特別適用于small RNA library的制備,不管是進行miRNA的測序還是進行directional mRNA-Seq,該酶都可以提高建庫的質量,并有效降低連接反應的背景。

T4 RNA Ligase 2, truncated催化連接AppDNA和ssRNA的效果請參見圖1。

圖1. T4 RNA Ligase 2, truncated和N公司的同類產品(Competitor T4 RNA Ligase 2, truncated)催化連接AppDNA和ssRNA的效果圖。使用本產品或國外N公司的T4 RNA Ligase 2, truncated,即T4 Rnl2(1-249),在20μl反應體系中加入圖中指定量的本產品或國外N公司的T4 Rnl2, truncated,25℃孵育60 min進行連接反應,反應完畢后立即取樣在65℃孵育20 min終止反應,加入變性上樣緩沖液,在95℃孵育5 min后放至冰浴中,隨后用15%尿素(7M)變性聚丙烯酰胺凝膠進行電泳分析,最終進行核酸染色和熒光成像分析。如圖所示,本產品與N公司的產品相比,具有類似的催化效果。

用途:5’末端預腺苷?;膯捂淒NA或者RNA與單鏈RNA的3’羥基末端連接;cDNA文庫構建中連接5’末端預腺苷?;瘑捂湽押塑账岷托NA;鏈特異性的cDNA文庫(strand-specific cDNA library)構建中連接5’末端預腺苷?;瘑捂湽押塑账岷蚏NA;二代測序中,miRNA文庫構建中RNA的3’末端與接頭之間的連接;cDNA文庫的構建以進行小RNA轉錄組分析(small-RNA transcriptome analysis)。

來源:大腸桿菌表達的重組蛋白,表達基因為T4嗜菌體T4 RNA ligase 2 N端1-249位的氨基酸。

活性單位定義:200 units is defined as the amount of enzyme required to give 80% ligation of a 31-mer RNA to the pre-adenylated end of a 17-mer DNA (Universal miRNA Cloning Linker, Beyotime, Cat. No. R0702) in a total reaction volume of 10 μl in 1 hour at 25℃.

純度:無DNA內切酶和外切酶活性,無RNA酶活性,無蛋白酶活性。

酶儲存溶液:10 mM Tris-HCl (pH7.5), 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM DTT, 50% (v/v) Glycerol.

失活或抑制:65℃加熱20 min可使T4 RNA Ligase 2, truncated失活,或加入蛋白酶K或EDTA也可以抑制其活性。

包裝清單:

產品編號 產品名稱 包裝
R0635S-1 T4 RNA Ligase 2, truncated (200U/μl) 25μl
R0635S-2 10X T4 Rnl2, truncated Buffer 75μl
R0635S-3 PEG8000 (50%, RNase free) 400μl
說明書 1份

產品編號 產品名稱 包裝
R0635M-1 T4 RNA Ligase 2, truncated (200U/μl) 100μl
R0635M-2 10X T4 Rnl2, truncated Buffer 300μl
R0635M-3 PEG8000 (50%, RNase free) 1.5ml
說明書 1份

產品編號 產品名稱 包裝
R0635L-1 T4 RNA Ligase 2, truncated (200U/μl) 500μl
R0635L-2 10X T4 Rnl2, truncated Buffer 1.5ml
R0635L-3 PEG8000 (50%, RNase free) 7.5ml
說明書 1份

保存條件:

-20℃保存,至少一年有效。

注意事項:

本產品提供的試劑均用不含DNA酶和RNA酶的水配制,可直接用于3’端為羥基的單鏈RNA和5’端腺苷酰化的DNA或RNA之間的連接反應。

可根據具體應用選擇合適的操作方法,可能需準備額外的試劑,R0102 RNase inhibitor、R0022 DEPC水等。

使用本產品連接ssRNA和AppDNA時,建議使用的PEG8000的濃度為10%-30%,適當提高PEG8000的濃度,會顯著提高T4 Rnl2, truncated的催化的連接效率,而不改變其反應特性。

本產品僅限于專業人員的科學研究用,不得用于臨床診斷或治療,不得用于食品或藥品,不得存放于普通住宅內。

為了您的安全和健康,請穿實驗服并戴一次性手套操作。

使用說明:
1.用于連接5’端腺苷?;⑶?’端不是羥基的(例如為氨基)單鏈DNA (AppDNA-NH2)和3’端為羥基的單鏈RNA (ssRNA)的使用說明具體如下。需要提前準備好待連接的樣品,以及Universal miRNA Cloning Linker (R0702, Beyotime)或自備的適當接頭。
2.參考下表在冰浴中配制如下反應體系:

Reagent Volume Final Concentration
ssRNA xμl 0.5 or 1μM
DEPC-treated Water (4-x-y)μl -
Universal miRNA Cloning Linker (R0702, Beyotime) yμl 1 or 0.5, or 2 or 1μM
PEG8000 (50%, RNase Free) 12μl 0.3
10X T4 Rnl2, truncated Buffer 2μl 1 X
RNase Inhibitor (40U/μl) 1μl 2U/μl
T4 RNA Ligase2, truncated (200U/μl) 1μl 10U/μl
Total Volume 20μl -

注意:
a.由于涉及RNA操作,需要嚴格按照RNA操作的規范進行,避免RNase污染,相關試劑和耗材需要經過DEPC處理去除RNase或者確保是RNase free的。推薦在連接體系中添加RNase Inhibitor,以避免ssRNA或其連接產物的降解,盡管經測試我們發現在嚴格操作的情況下,不加RNase Inhibitor也不會導致ssRNA或其連接產物發生明顯降解。
b.進行連接反應時,如果樣品RNA比較珍貴,希望充分被連接,可以按照接頭和樣品RNA的摩爾比為2:1的比例進行連接;如果樣品RNA比較充裕,同時感覺接頭的成本偏高時,可以按照接頭和樣品RNA的摩爾比摩爾比1:1甚至1:2的比例進行連接反應,這樣可以很好地節省接頭。ssRNA的用量可以根據實際的樣品量進行適當調節,相應的接頭的用量也按照比例進行適當調整即可。
c.如果同時進行多個連接反應,可以把上表中除ssRNA之外的所有溶液和酶提前預混合,然后再分裝到各反應管內。
3.連接反應:25℃, 孵育60min。為了使連接反應更加充分,可以適當延長連接反應時間。
4. 終止反應:65℃,孵育20min。?

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