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一、凝膠制備
1.微波爐溶解瓊脂糖時(shí)，膠液沸騰沖溢出三角錐瓶微波爐加熱時(shí)膠液可能發(fā)生劇烈沸騰，
??? 1）總液體量不宜超過三角錐瓶的 50% 容量，
??? 2）2% 以上膠液設(shè)置中火加熱
??? 3）膠液劇烈沸騰時(shí)，停止加熱，移開三角錐瓶，請(qǐng)戴上防熱手套，小心搖動(dòng)三角錐瓶，然后再次加熱，膠液沸騰直至膠液清澈，保證瓊脂糖完全溶解。
2.瓊脂糖電泳圖像背景模糊不清
瓊脂糖沒有完全溶解會(huì)造成電泳圖像背景模糊不清。 完全溶解的瓊脂糖膠液清澈，三角錐瓶?jī)?nèi)壁應(yīng)沒有粘附瓊脂糖顆粒。
3.加熱后水分蒸發(fā)，如需要應(yīng)加入熱的蒸餾水，補(bǔ)足到原來的重量，搖勻。
二、 電泳
1.DNA 條帶模糊，拖尾
?? 1） DNA 降解。避免核酸酶污染。
?? 2）DNA 上樣量過多。減少凝膠中 DNA 上樣量。
?? 3） 電泳緩沖液陳舊: 電泳緩沖液多次使用后，離子強(qiáng)度降低， pH 值上升，緩沖能力減弱，從而影響電泳效果。建議經(jīng)常更換電泳緩沖液。
?? 4）電泳條件不合適。電泳時(shí)電壓不應(yīng)超過 20V/cm ，溫度＜30 ℃ ,巨大 DNA 鏈，溫度應(yīng)＜15 ℃，核查所用電泳緩沖液是否有足夠的緩沖能力。
?? 5）DNA 樣含鹽過高。泳前通過乙醇沉淀去除過多的鹽。
?? 6）有蛋白污染。電泳前抽提去除蛋白。
?? 7）DNA 變性。電泳前勿加熱，用 20mM NaCl 緩沖液稀釋 DNA 。
2.DNA 條帶淡弱或無 DNA 帶
?? 1）DNA 的上樣量不夠：增加 DNA 的上樣量。
?? 2）DNA 降解：避免 DNA 的核酸酶污染。
?? 3）DNA 走出凝膠：縮短電泳時(shí)間，降低電壓，增強(qiáng)凝膠濃度。
?? 4）分子大小相近的 DNA 帶不易分辨。增加電泳時(shí)間，使用正確的凝膠濃度。
?? 5）DNA 變性：電泳前請(qǐng)勿高溫加熱 DNA 鏈，用 20mM NaCl Buffer稀釋DNA 。
?? 6）DNA 鏈巨大，常規(guī)凝膠電泳不合適。在脈沖凝膠電泳上分析。
3.DNA MARKER 條帶扭曲
?? 1）配制凝膠的緩沖液和電泳緩沖液不是同時(shí)配制的。使用同時(shí)配制的緩沖液。電泳時(shí)緩沖液高過液面1 － 2mm 即可。
?? 2）電泳時(shí)電壓過高。可以在電泳前 15 分鐘用較低電壓 (3V/cm), 等條帶出孔后，再調(diào)電壓。
? ?3）盡量慢慢加樣 ,等樣品自然沉降后再加電壓。
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