Fang Chen, Christopher Comeau, Jillian Mason, Carrie Ann Brown, and Christopher J. Fry. Cell Signaling Technology, Inc., Danvers MA 01923.
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講座內容
本講座將重點討論CUT&RUN的基本原理，以及在設計實驗時需要考慮的重要因素。此外，我還將介紹Cell Signaling Technology（CST）的CUT&RUN Assay Kit（#86652）和CUT&RUN pAG-MNase酶，相關數據顯示它能適用于多種細胞類型的組蛋白修飾，轉錄因子和轉錄輔助因子的研究。
與染色質免疫沉淀 (ChIP) 檢測一樣，核酸酶靶向切割和釋放 (CUT&RUN) 是一項用于在細胞天然染色質環境下檢測蛋白-DNA 相互作用的強大通用技術 (1-4)。這種測定法可用于檢測與基因組某個特定區域有關的多種蛋白，或相反，用于檢測與某種特殊蛋白有關的基因組的多個區域。此外，CUT&RUN 測定法可用于明確某種特殊蛋白-DNA 相互作用的空間和時間關系。例如，CUT&RUN 檢測可用于確定各種蛋白因子被募集到某個基因啟動子上的特定順序，或用于“測定”基因激活期間整個基因位點上某種特殊組蛋白修飾的相對量。除了組蛋白，CUT&RUN 測定法還可用于分析轉錄因子和輔因子結合、DNA 復制因子和 DNA 修復蛋白的結合。
CUT&RUN 提供了一種檢測細胞中蛋白-DNA 相互作用的快速、可靠且真正的低細胞數測定法。與 ChIP 實驗不同，CUT&RUN 不存在甲醛交聯、染色質碎裂和免疫沉淀，使之成為一種使蛋白-DNA 相互作用富集和檢測靶基因的更快且更有效的方法。CUT&RUN 可在一天之內完成從活細胞到純化 DNA 的過程，且經證明每次檢測只需使用少至 500-1000 個細胞 (1,2)。和 ChIP 中碎裂所有細胞染色質不同，CUT&RUN 利用一種染色質抗體靶向消化方法，從而使背景信號比 ChIP 實驗低得多。因此，CUT&RUN 僅需 ChIP-seq 檢測所需測序深度的 1/10 (1,2)。最后，加入簡單的Spike-in DNA 即可準確定量和標準化靶標蛋白結合，而這是 ChIP 方法無法實現的。這種方法可有效標準化樣品間和實驗間的信號。
參考文獻
1.Skene, P.J. and Henikoff, S. (2017) Elife 6, pii: e21856. doi: 10.7554/eLife.21856.
2.Skene, P.J. et al. (2018) Nat Protoc 13, 1006-19.
3.Meers, M.P. et al. (2019) Elife 8, pii: e46314. doi: 10.7554/eLife.46314.
4.Meers, M.P. et al. (2019) Mol Cell 75, 562-575.e5.
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講師簡介
陳芳 博士 (CST Senior Development Scientist / 美國總公司資深研發科學家)
博后: 耶魯大學
博士: 中科院上海生命科學研究院
具有10年以上表觀遺傳相關技術的研發與應用經驗，對在植物，癌細胞，動物組織等各種材料中蛋白質與DNA的互作都具有深厚的學術積累。組織參與了CST各種表觀試劑盒及相關抗體的研發和驗證，包括CUT&RUN試劑盒，酶解ChIP試劑盒，超聲ChIP試劑盒，測序文庫制備試劑盒等。此外陳芳博士長期活躍于客戶服務和技術支持的一線，直接接觸來自全球的大量科研用戶，深諳實驗痛點，積累了豐富的研發經驗及產品知識，希望能為廣大科研工作者提供幫助。
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