網友提出兩個關于定量PCR的問題：
1.在同一個反應板上，檢測同一個基因，但是樣本的起始量不同，比如有的樣本是1個細胞，另外一個是10個細胞，對于這種情況，基線的確定是統一，還是對于不同起始量采用不同的基線?
2. 在羅氏的儀器中，往往采用3到15循環標準偏差10倍作為閾值，為什么取10倍?
現不揣淺陋，作答如下。不當之處，歡迎各路大神切磋指教。
1、在同一塊反應板上，不同濃度的模板DNA進行定量PCR，其CT值不一樣，基線的長短也不同，有的長，有的短。典型的情況如下圖：
如果最短的基線長度也有10個循環左右，則所有擴增曲線采用同樣的基線，都選用最短的基線以照顧到所有的擴增曲線。比如上圖的8組反應，可以把基線范圍統一設定為循環1-8，而不必單獨把第8組反應的基線設為循環1-32。
如果有個別樣本濃度太高，導致其基線長度太短，不足以統計本底信號的標準偏差，則建議把該樣本稀釋10倍或100倍，重新進行定量PCR，使其基線長度增加3個循環或者6個循環，以求準確測定基因拷貝數。
2、取10倍標準偏差是一個經驗值，沒有理論依據，目的是確保信號與背景噪音有足夠的區分度，避免假陽性。
如果被檢驗的樣本所產生的熒光信號非常強，則當然選取倍數越高越好。但是倍數越高，存在越多把弱信號當成噪音給錯誤地過濾掉、造成假陰性的風險。
綜合權衡假陽性和假陰性的可能性，10倍是一個在正常實驗條件下能夠照顧到雙方的最佳平衡點，所以大多數定量PCR檢驗都選定10倍SD作為確定閾值的依據。