Small RNA測(cè)序
產(chǎn)品名稱： Small RNA測(cè)序
英文名稱： small RNA Sequencing
產(chǎn)品編號(hào)：
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概述
Small RNA（micro RNAs、siRNAs和 pi RNAs）是生命活動(dòng)重要的調(diào)控因子，在基因表達(dá)調(diào)控、生物個(gè)體發(fā)育、代謝及疾病的發(fā)生等生理過(guò)程中起著重要的作用。Illumina Hiseq 2500能夠?qū)?xì)胞或者組織中的全部Small RNA進(jìn)行深度測(cè)序及定量分析等研究。實(shí)驗(yàn)時(shí)首先將18-30 nt范圍的Small RNA從總RNA中分離出來(lái)，兩端分別加上特定接頭后體外反轉(zhuǎn)錄做成cDNA再做進(jìn)一步處理后，利用測(cè)序儀對(duì)DNA片段進(jìn)行單向末端直接測(cè)序。通過(guò)Illumina Hiseq 2000對(duì)Small RNA大規(guī)模測(cè)序分析，可以從中獲得物種全基因組水平的small RNA圖譜，實(shí)現(xiàn)包括新small RNA分子的挖掘，其作用靶基因的預(yù)測(cè)和鑒定、樣品間差異表達(dá)分析、small RNAs聚類和表達(dá)譜分析等科學(xué)應(yīng)用。
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技術(shù)路線
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生物信息學(xué)分析模塊
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樣品要求
1）樣品類型：細(xì)胞、新鮮組織或RNA樣品。
2）樣品量：細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?/span>1×107個(gè)細(xì)胞，組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?/span>300mg的組織塊或切片，RNA樣品請(qǐng)?zhí)峁?/span>10 μg以上的總RNA。
3）樣品質(zhì)量：RNA無(wú)明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。
4）樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
5）樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。
應(yīng)用案例
通過(guò)深度測(cè)序，在9個(gè)膀胱上皮癌患者中鑒定了656個(gè)差異表達(dá)的已知人類miRNA和miRNA*（miRNA的反義序列）。與配對(duì)的正常上皮組織相比，許多miRNA和miRNA*分子在膀胱上皮癌中的表達(dá)顯著上調(diào)或下調(diào)，上調(diào)的miRNA分子比下調(diào)的miRNA分子更常見(jiàn)。Has-miR-183，has-miR-200b～429，has-miR-200c～141和has-miR-17～92簇的表達(dá)都顯著上調(diào)；而has-miR-143～145簇顯著下調(diào)。在大多數(shù)的miRNA/miRNA*配對(duì)中，miRNA的表達(dá)水平比配對(duì)的miRNA*表達(dá)水平要高很多。在少數(shù)的miRNA/miRNA*配對(duì)中，miRNA比配對(duì)的miRNA*的表達(dá)要低。
參考文獻(xiàn)
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