概述

Small RNA（micro RNAs、siRNAs和 pi RNAs）是生命活動重要的調控因子，在基因表達調控、生物個體發育、代謝及疾病的發生等生理過程中起著重要的作用。Illumina Hiseq 2500能夠對細胞或者組織中的全部Small RNA進行深度測序及定量分析等研究。實驗時首先將18-30 nt范圍的Small RNA從總RNA中分離出來，兩端分別加上特定接頭后體外反轉錄做成cDNA再做進一步處理后，利用測序儀對DNA片段進行單向末端直接測序。通過Illumina Hiseq 2000對Small RNA大規模測序分析，可以從中獲得物種全基因組水平的small RNA圖譜，實現包括新small RNA分子的挖掘，其作用靶基因的預測和鑒定、樣品間差異表達分析、small RNAs聚類和表達譜分析等科學應用。

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技術路線

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生物信息學分析模塊

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樣品要求

1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。

2）樣品量：細胞樣品請提供至少1×107個細胞，組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片，RNA樣品請提供10 μg以上的總RNA。

3）樣品質量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。

4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。

5）樣品運輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運輸。

應用案例

通過深度測序，在9個膀胱上皮癌患者中鑒定了656個差異表達的已知人類miRNA和miRNA*（miRNA的反義序列）。與配對的正常上皮組織相比，許多miRNA和miRNA*分子在膀胱上皮癌中的表達顯著上調或下調，上調的miRNA分子比下調的miRNA分子更常見。Has-miR-183，has-miR-200b～429，has-miR-200c～141和has-miR-17～92簇的表達都顯著上調；而has-miR-143～145簇顯著下調。在大多數的miRNA/miRNA*配對中，miRNA的表達水平比配對的miRNA*表達水平要高很多。在少數的miRNA/miRNA*配對中，miRNA比配對的miRNA*的表達要低。

參考文獻

[1] Han Y, Chen J, Zhao X, Liang C et al. MicroRNA expression signatures of bladder cancer revealed by deep sequencing. PLoS One. 2011, 6(3):e18286.

[2] Wang L.W., Liu H.H, Li D.T. and Chen H.B. Identification and characterization of maize microRNAs involved in the very early stage of seed germination.BMC Genomics. 2011, 12:154.

[3] BellinghamSA, Coleman BM, Hill AF, et al.Small RNA deep sequencing reveals a distinct miRNA signature released in exosomes from prion-infected neuronal cells.Nucl. Acids Res, 2012, doi: 10.1093/nar/gks832.

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