原理

純化的質粒DNA內毒素污染水平取決于所用的純化方法（參見"Endotoxin levels in plasmid preparations"）。硅膠技術純化的DNA具有非常高的內毒素水平。QIAGEN、QIAfilter、HiSpeed Plasmid Kits和兩次CsCl超速離心可獲得相對低水平內毒素的純DNA。EndoFree Plasmid Buffer Set包含完整的內毒素去除步驟，獲得<0.1 EU/μg的質粒DNA。

QIAfilter、HiSpeed和EndoFree Plasmid Kits提供的QIAfilter Cartridges是特殊設計的過濾裝置，用于代替細菌細胞堿裂解后的離心步驟。QIAfilter Cartridges可完全去除SDS沉淀，清除細菌裂解液，相比離心可大量節約時間，減少1小時的質粒純化時間。QIAfilter Cartridges（不提供EndoFree Plasmid Buffer Set）可輕松有效的澄清細菌裂解液。

QIAGEN-tips中獨特的陰離子交換樹脂（不提供EndoFree Plasmid Buffer Set）專為核酸純化而開發。它卓越的分離性能使得DNA純度與連續兩次CsCl梯度離心獲得的DNA純度相當。由重力流驅動并持續運轉的預裝QIAGEN-tips，最大限度減少手動制備質粒所需的時間。整個QIAGEN質粒純化系統不使用有毒物質，如苯酚，氯仿，溴化乙錠和CsCl，最大限度地減少對用戶和環境的危害。

內毒素，又稱脂多糖或LPS，是革蘭氏陰性菌細胞膜的組成部分，如大腸桿菌（參見Bacterial cell wall）。內毒素在質粒裂解純化過程中釋放，并顯著地降低對內毒素敏感的細胞株的轉染效率（參見Plasmid purification method versus transfection efficiency和Plasmid purity versus transfection efficiency）。此外，內毒素與DNA競爭“自由”轉染試劑，影響轉染實驗。內毒素也誘導巨噬細胞和B細胞等免疫細胞中的非特異性免疫反應，從而導致轉染結果的誤讀。這些反應包括誘導蛋白質和脂類，如IL-1和前列腺素的合成?？傮w而言，內毒素在轉染實驗中是不可控變量，影響結果的可重復性，使它們難以對比、解讀。在基因治療研究中，內毒素可造成內毒素休克綜合癥和激活補體級聯，干擾研究。