石蠟包埋組織（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded，FFPE）樣本廣泛應用于臨床病理研究，涵蓋多種疾病類型和豐富的患者信息，是寶貴的蛋白質組學資源。然而，由于福爾馬林固定和石蠟包埋帶來的交聯和蛋白質修飾，FFPE 樣本的蛋白組學分析具有較高的技術挑戰性。

一、FFPE 樣本蛋白質組學分析的關鍵挑戰

1、蛋白質交聯和變性

福爾馬林固定會在蛋白質之間形成甲醛交聯（尤其是賴氨酸殘基間），導致蛋白質變性、構象改變甚至難以溶解，嚴重影響后續提取和酶解效率。

2、石蠟包埋干擾

石蠟是高度疏水的化合物，必須徹底去除，否則會抑制酶解反應并污染質譜系統。

3、樣本異質性

FFPE 切片往往取自腫瘤組織，其組織復雜、細胞成分多樣，要求樣本預處理精準控制，避免引入偏倚。

二、FFPE 蛋白組學分析的標準流程

百泰派克生物科技長期服務于腫瘤、炎癥、自身免疫疾病等臨床項目，基于海量 FFPE 樣本分析經驗，我們建議采用以下優化流程：

1、切片與脫蠟

（1）樣本準備：取 5–10 µm 的 FFPE 切片，置于無 RNAse/DNAse 的離心管中。

（2）脫蠟步驟：

• 使用 二甲苯漂洗2~3次，去除石蠟。
• 依次用 100%、95%、70%乙醇梯度洗滌，去除有機溶劑。
• 最后用去離子水漂洗，去除殘留。

2、抗原修復與蛋白提取

（1）加入變性緩沖液（常含 SDS、Tris-HCl、DTT 等），在高溫（95°C）下加熱一定時間，斷裂蛋白交聯。

（2）可加入蛋白酶抑制劑，防止降解。

（3）超聲或機械勻漿輔助裂解，提高蛋白釋放效率。

3、蛋白定量與質控

（1）采用 BCA 法或Bradford 法進行蛋白濃度檢測。

（2）檢查樣本蛋白完整性及是否有高分子聚合物。

4、酶解與肽段凈化

（1）使用 SDS-PAGE 或 FASP 方法去除去離子劑和干擾物。

（2）加入胰蛋白酶（Trypsin）在最適條件下（37°C，12~16小時）酶解蛋白。

（3）酶解后通過 C18柱凈化肽段，去除鹽離子和雜質。

5、LC-MS/MS 分析

（1）上機前肽段濃度應控制在合適范圍，防止柱堵。

（2）使用高分辨質譜儀（如 Orbitrap Exploris、timsTOF Pro）進行數據采集。

（3）采用DDA、DIA、PRM等策略視研究目的而定。

三、數據分析策略與生物信息解讀

1、數據搜索與定量

（1）軟件推薦：MaxQuant、Spectronaut、DIA-NN、Proteome Discoverer。

（2）數據庫：Uniprot、RefSeq 人類蛋白數據庫。

（3）定量方式：標簽法（如 TMT）或標簽自由法（Label-free）。

2、生物信息學分析

（1）差異蛋白篩選（Fold change + FDR 校正）。

（2）GO / KEGG 富集分析，探索潛在功能通路。

（3）PPI 網絡構建與潛在生物標志物挖掘。

四、FFPE 蛋白組學的優勢與應用前景

FFPE 蛋白組學技術正逐漸突破傳統瓶頸，成為精準醫療研究的重要支撐平臺。

五、百泰派克生物科技的優勢服務

在 FFPE 蛋白組學領域，百泰派克生物科技已建立完善的樣本預處理—蛋白提取—質譜分析—數據解讀全流程體系，核心優勢包括：

• 豐富的 FFPE 樣本處理經驗，適配多組織類型（肝癌、乳腺癌、結直腸癌等）。
• 高通量質譜平臺，支持 DDA / DIA / PRM 多模式檢測。
• 專業生信團隊，提供定制化分析報告。
• 可承接臨床合作項目，支持科研立項與發表。

盡管 FFPE 樣本面臨一定的技術挑戰，但通過優化的處理流程與高靈敏度質譜平臺，蛋白組學分析完全可行，且具有極高的科研與臨床價值。若您正在尋找可靠的 FFPE 樣本蛋白組學服務合作伙伴，歡迎聯系百泰派克生物科技，我們將為您的科研項目保駕護航。

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百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對蛋白質序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對蛋白質的氨基酸組成分析，N端測序，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務。對于未知理論序列的蛋白質，提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上先進的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白質組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量蛋白質組學、靶向蛋白質組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種蛋白質標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.專業生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，最后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術先進，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從最小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從蛋白質、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等專業服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，專業提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

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