REPLI-g® Mini Kit (25)
產品名稱: REPLI-g® Mini Kit (25)
英文名稱: REPLI-g® Mini Kit (25)
產品編號: 150023
產品價格: 0
產品產地: 美國
品牌商標: QIAGEN
更新時間: 2023-09-19T21:32:30
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- 擴增獲得10 μg DNA,產量穩定
- 同時擴增多個基因組位點
- 使用多重置換擴增反應獲得可靠結果
- 擴增獲得的DNA適用于多種下游應用
- 長期儲存不會導致DNA降解
REPLI-g Mini Kit提供優化的試劑,利用多重置換擴增(MDA)技術,對微量或珍貴樣本進行高度均一的全基因組擴增(WGA)。50 μl反應體積的常規DNA產量為10 μg,產物的平均長度長于10 kb(在2 kb至100 kb之間)。獨特的REPLI-g技術能夠從多種類型的微量或珍貴樣本中高度均一的進行全基因組擴增,起始樣本包括純化后基因組DNA、新鮮血液或或干血、口腔拭子、新鮮或冷凍組織或細胞。該方法可便利、準確的擴增基因組DNA,得到的DNA可即用于無需標記的多種下游應用,無需進行純化或定量檢測。與基于PCR的全基因組擴增技術相比,這種方法的無錯配率提高了1000倍,避免出現假陰性或假陽性結果。
從多種樣本中得到高產量DNA,可用于多種應用
REPLI-g Mini Kit可用于多種樣本,包括基因組DNA、新鮮或干血、新鮮或冰凍組織、細胞。50 μl反應體系的常規DNA產量可以達10 μg(參見Consistent DNA yields using any sample type)。不同的模板質量均可擴增得到同樣的DNA產量(參見Uniform DNA yield from various amounts of template)。從不同的模板濃度獲得一致的DNA產量十分要,對于高通量應用而言尤其如此,在下游的基因分析中不需要純化或定量。
產物平均長度大于10 kb,在2 kb到100 kb之間,因此能夠用于復雜的限制性酶切和長片段PCR等下游應用。REPLI-g擴增的DNA十分適用于基因分型,如使用TagMan引物/探針對的SNP基因分型(參見Reliable SNP genotyping ),測序和STR/微衛星分析(參見Accurate genotyping)。
成功應用于二代測序
許多文獻已展示了REPLI-g技術擴增的DNA在二代測序中的成功應用,包括腫瘤細胞的外顯子組測序、全基因組測序、宏基因組學的研究、以及單細胞分析。對于將全基因組擴增DNA用于二代測序一直有一些爭論,因此我們檢測了可能影響全基因組擴增DNA在下游應用中表現的影響因素。我們發現:起始材料的質量對二代測序實驗有很大影響。如果使用的是低質量DNA(如降解的DNA),或長時間保存的組織材料,用擴增獲得的DNA進行二代測序則無法獲得可靠結果。但是,對完整細胞或未降解的純化后DNA使用REPLI-g技術進行全基因組擴增,然后用于二代測序,結果可與純化的基因組DNA的測序結果相媲美。分析測序結果的各基因組位點和錯配率得出結論,全基因組擴增后垃圾DNA水平低,擴增獲得的DNA和純化獲得的DNA的錯配率基本相同(參見Comparable NGS (next-generation sequencing) results obtained using purified gDNA or REPLI-g amplified DNA)。
高度可靠的全基因組擴增
REPLI-g技術提供高度均一的全基因組擴增。Phi29聚合酶可復制長達70 kb的DNA,而不會從DNA模板上脫離(參見Schematic representation of REPLI-g amplification)。與基于PCR的全基因組擴增技術不同,Phi29聚合酶具有3→5外切酶校對活性,在復制過程中的高保真性是Taq DNA聚合酶的1000倍。試劑盒中提供的抗外切酶的引物可確保DNA的高產量,優化的全基因組擴增緩沖液體系適用于長片段DNA,對各位點進行均一的擴增。
REPLI-g技術的性能優于基于PCR的全基因組擴增技術
傳統方法擴增基因組DNA需要進行耗時的EBV轉化細胞系步驟,并用隨機或變性的寡聚核苷酸引物進行全基因組擴增?;赑CR的方法(如:DOP-PCR和PEP)會產生非特異性的擴增產物,不能完全覆蓋所有位點。有時,產生小于1 kb的DNA,在許多下游應用中都無法使用。由于使用低保真酶Taq DNA聚合酶,產物DNA突變率較高,擴增易出錯,會導致堿基對突變。REPLI-g技術沒有這些缺陷,并能夠高度均一的擴增全基因組,位點偏差小、錯配率小(參見Highly representative amplification using REPLI-g technology and Consistent and accurate whole genome amplification)。
獨特的REPLI-g技術使用創新的高保真酶Phi29聚合酶,利用多重置換擴增(MDA)技術擴增復雜的基因組DNA,并結合溫和的堿變性,均一的擴增基因組位點。REPLI-g Mini Kit的常規產量為10 μg,如需更多產量,可使用REPLI-g Midi Kit;因為這兩個試劑盒的實驗方案相同,反應體積也相同。反應體系構建十分簡便,僅需約15分鐘的手動操作時間,因此REPLI-g技術使用簡便、可靠,適用于對少量或珍貴的樣本進行完全、均一的擴增。
擴增原理
REPLI-g利用等溫基因組擴增,即多重置換擴增(MDA)技術:隨機引物與變性DNA結合,在等溫環境中,在Phi29聚合酶的作用下,進行置換合成反應。每個置換的單鏈作為模板,與引物結合,擴增生成高產量的DNA(參見Schematic representation of REPLI-g amplification)。Phi 29聚合酶為噬菌體衍生酶,具有3→5外切酶活性,準確性為Taq DNA聚合酶的1000倍。Phi29聚合酶與獨特的REPLI-g緩沖液體系相配合,能夠輕松的打開DNA的二級結構,如發卡結構,所以可確保在擴增過程中,聚合酶正常發揮作用。因此該技術生成的DN**段長度可達100 kb,沒有序列偏差(參見Unbiased amplification with Phi29 polymerase)。
DNA的堿變性
在酶擴增前,必須使基因組DNA變性,這通常是通過高溫孵育、或在強堿性條件下進行的。REPLI-g Mini Kit采用溫和的堿性環境孵育,使DNA變性,而片段化程度低,突變少。由此擴增獲得的DNA十分完整,擴增的片段長,覆蓋所有基因組位點和序列。使用REPLI-g Mini Kit能夠獲得可靠的結果,確保在下游應用中不出現假陽性或假陰性結果。采用熱變性的WGA技術會損傷模板DNA,導致擴增結果不準確(參見Effect of heat and alkaline denaturation on loci representation)。
便利的單管操作
REPLI-g Mini Kit通過簡便、高效的方法從純化的少量基因組DNA樣本或直接從全血、干血卡、白膜層、組織、培養的細胞中進行準確的全基因組擴增(參見REPLI-g Mini and Midi procedure)。加入裂解緩沖液使樣本DNA裂解并變性,之后進行短暫孵育(參見REPLI-g Mini and Midi procedure)。中和后加入預混液(包括REPLI-g Mini DNA Polymerase),在30°C過夜進行等溫擴增。REPLI-g擴增獲得的DNA刻在–20°C長期儲存(參見Consistent long-term stability)。
選擇適合您實驗需求的REPLI-g Kit(參見下表)。
| 表1. 種類豐富的REPLI-g Kits | ||||||
| REPLI-g Mini | REPLI-g UltraFast Mini | REPLI-g Midi | REPLI-g Screening | REPLI-g FFPE | REPLI-g Mitochondrial DNA | |
| 起始樣本 | 純化后gDNA、血液、細胞 | 純化后gDNA、血液、細胞 | FFPE組織、FFPE組織中純化得到的gDNA | 純化后gDNA | ||
| 起始樣本量 | >10 ng gDNA, 0.5 μl blood or cells (>600 cells/μl) | >10 ng gDNA, 0.5 μl blood or cells (>600 cells/μl) | Section (1 cm diameter, 10-40 μm thick); >100 ng gDNA | >1 ng純化后gDNA | ||
| 產量(μg/反應) | 10 | 7–10 | 40 | 8 | 標準產量:≤10,高產量≤40 | 3–5 |
| 反應時間(小時) | 10–16 | 1.5 | 8–16 | 12–16 | 標準產量:4,高產量:10 | 8 |
| 手動操作時間(分鐘) | 15 | 15 | 15 | 15 | 40 | 15 |
| 規格 | 反應管 | 反應管 | 反應管 | 孔板 | 反應管 | 反應管 |
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REPLI-g擴增得到的DNA可用于多種下游應用,包括:
- 使用TagMan引物/探針對的SNP基因分型
- 基于定量PCR或PCR的突變檢測
- 二代測序
- STR/微衛星分析
- Sanger測序
- RFLP和Southern印跡分析
- 芯片技術,如比較基因組雜交
技術參數:
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Feature
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Specifications
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| Amplification
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Whole genomic DNA
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| Applications
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Genotyping, hybridization, RFLP
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| Denaturation step
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Alkaline
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| Maximum input volume
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>10 ng DNA, 0.1– 0.5 μl whole blood, >600 cells/μl
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| Minimal pipetting volume needed
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0.5 μl
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| Quality assessment
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No
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| Reaction time
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8–16 hours (overnight)
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| Reaction volume
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50 μl
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| Samples per run; throughput
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Mid
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| Starting amount of DNA
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>10 ng purified genomic DNA
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| Starting material
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Genomic DNA, blood, cells, tissue
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| Technology
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Multiple Displacement Amplification (MDA)
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| Yield
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10–40 μg |
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