動植物基因組de novo測序
產(chǎn)品名稱： 動植物基因組de novo測序
英文名稱： 動植物基因組de novo測序
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動植物基因組de?novo測序
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基因組de?novo測序衣叫做基因組從頭測序，是指不依賴于任何已知基因組序列信息對某個物種的基因組進行測序，然后應用生物信息學手段對測序序列進行拼接和組裝，最終獲得該物種基因序列圖譜。從基因組水平上對物種的生長，發(fā)育，進化，起源等重大問題進行研究，將加深我們對物種的認識，在新基因的發(fā)現(xiàn)，物種改良等方面發(fā)揮巨大作用。
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采用傳統(tǒng)的Sanger法測定高等動植物的全基因需要花費大量的人力和物力資源，這極大限制了全基因組測序的發(fā)展。第二代高通量測序技術的成熟和廣泛應用。大大降低了基因組測序的成本，縮短了測序的時間，讓更多實驗室可以獨立開展動植物基因組測序項目。
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?迪奧優(yōu)勢
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擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺，可以根據(jù)合作伙伴要求靈活安排實驗，實驗周期短，質量可靠。
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擁有Roche454和IIIumina?Solexa兩種高通量測序平臺，合作伙伴可根據(jù)具體需求進行選擇，以獲得最佳的實驗結果。
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技術人員經(jīng)驗豐富，可以根據(jù)合作伙伴要求在第一時間提供實驗方案，解決實驗問題，分析實驗結果。
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擁有專業(yè)的生物信息團隊和大型計算機，可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。
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生物信息分析
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1．?基因組拼裝統(tǒng)計
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提供基因組拼裝的基本信息，包括原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計，測序覆蓋率統(tǒng)計，Contig?N50大小，Scaffold?N50大小，基因組GC含量等信息。
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2.基因組注釋
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包括基因預測，基因功能注釋（同NR,Swiss-Prot,interpro等數(shù)據(jù)進行同源比對），重復序列分析及Noncoding?RNA注釋等。
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3.基因功能分類
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GO分類，KEGG通路分析等。
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4.比較基因給學及進化分析
通過比較相近物種的基因組數(shù)據(jù)，從基因功能，基因組骨架結構，分子進化等方面對目標基因組進行分析。
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5.建立數(shù)據(jù)庫
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建立符合國際標準且具有良好兼容性的基因組數(shù)據(jù)庫，實現(xiàn)基因數(shù)據(jù)的查詢與共享。
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實驗周期
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迪奧生物從獲得合用伙伴樣品到高通量測序，一般控制在4-6個月內完成。具體完成時間視基因組大小和復雜程度而定。
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送樣要求
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1.?DNA樣品：濃度≥200ng/ul，總量≥500ug.OD值在1.8-2.0之間，樣品濃度越高越好。
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2.?植物樣品：需為黑暗無菌條件下培養(yǎng)的黃化苗或組培樣品，最好為純合或單倍體。
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3.?動物樣品：應挑選肌肉，血等脂肪含量較少的組織進行取樣。為了減少個體差異對后續(xù)拼接產(chǎn)生的影響，應盡量從同一個體中取樣，若物種體積較小，從一個個體提取的DNA量不夠進行一次測序反應，在保證量的情況下，應盡量減少個體的個數(shù)。測序樣品最好為純合體。
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4.?請?zhí)顚懲暾乃蜆佑唵危米苑獯芊夂箅S同樣品一起送樣。
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