轉(zhuǎn)錄組測序
產(chǎn)品名稱： 轉(zhuǎn)錄組測序
英文名稱： Transcriptome sequencing
產(chǎn)品編號：
產(chǎn)品價(jià)格： 詢價(jià)
產(chǎn)品產(chǎn)地： null
品牌商標(biāo)： null
更新時(shí)間： null
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概述
?轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)，通過新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息。
高通量轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，無需了解物種基因信息，能夠?qū)θ我馕锓N進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，并接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的片段序列，精確到單核苷酸的分辨率；動(dòng)態(tài)達(dá)6個(gè)數(shù)量級，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本，以及檢測基因家族中相似基因和可變剪接造成的不同轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)；被廣泛的應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)研究（基因邊界鑒定、可變剪切研究等），轉(zhuǎn)錄本變異研究（如基因融合、編碼區(qū)SNP研究），基因表達(dá)水平研究以及全新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)。
技術(shù)路線
生物信息學(xué)分析模塊
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樣品要求
1）樣品類型：細(xì)胞、新鮮組織或RNA樣品。
2）樣品的量：細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?/span>1×107個(gè)細(xì)胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?/span>300mg的組織塊或切片，RNA樣品請?zhí)峁?/span>10 μg以上的總RNA。
3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
4）樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
5）樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。
應(yīng)用案例
利用RNAseq方法證明了前列腺癌基因組通過致癌mTOR信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的特殊轉(zhuǎn)化途徑，該過程產(chǎn)生一個(gè)異常的基因群參與細(xì)胞增殖、代謝和侵襲。隨后對一類轉(zhuǎn)化控制的促侵襲mRNA進(jìn)行功能鑒定，發(fā)現(xiàn)這些mRNA導(dǎo)致了癌癥侵襲和轉(zhuǎn)移
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參考文獻(xiàn)
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[3]Perkins TT, Kingsley RA, Fookes MC, et al. A Strand-Specific RNA–Seq Analysis of the Transcriptome of the Typhoid BacillusSalmonella Typhi.PLoS Genet.2009, 5:e1000569.
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