概述

?轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，通過新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息。

高通量轉錄組測序技術，無需了解物種基因信息，能夠對任意物種進行轉錄組分析，并接測定每個轉錄本的片段序列，精確到單核苷酸的分辨率；動態達6個數量級，能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本，以及檢測基因家族中相似基因和可變剪接造成的不同轉錄本的表達；被廣泛的應用于轉錄本結構研究（基因邊界鑒定、可變剪切研究等），轉錄本變異研究（如基因融合、編碼區SNP研究），基因表達水平研究以及全新轉錄本發現。

技術路線

生物信息學分析模塊

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樣品要求

1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。

2）樣品的量：細胞樣品請提供至少1×10⁷個細胞，組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片，RNA樣品請提供10 μg以上的總RNA。

3）樣品質量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。

5）樣品運輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運輸。

應用案例

利用RNAseq方法證明了前列腺癌基因組通過致癌mTOR信號轉導的特殊轉化途徑，該過程產生一個異常的基因群參與細胞增殖、代謝和侵襲。隨后對一類轉化控制的促侵襲mRNA進行功能鑒定，發現這些mRNA導致了癌癥侵襲和轉移

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參考文獻

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[3]Perkins TT, Kingsley RA, Fookes MC, et al. A Strand-Specific RNA–Seq Analysis of the Transcriptome of the Typhoid BacillusSalmonella Typhi.PLoS Genet.2009, 5:e1000569.

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