Ettan? DIGE熒光差異蛋白表達分析技術在傳統雙向電泳技術的基礎上，結合了多重熒光分析的方法，在同一塊膠上共同分離多個分別由不同熒光標記的樣品，并第一次引入了內標的概念，極大地提高了結果的準確性，可靠性和重復性。

在DIGE技術中，每個蛋白點都有它自己的內標，并且軟件全自動根據每個蛋白點的內標對其表達量進行校準，保證所檢測到的蛋白豐度變化是真實的。DIGE技術可檢測到樣品間小于10%的蛋白表達差異，統計學可信度達到95%以上。

利用Ettan DIGE技術還可以對微量(5μg)樣本進行蛋白質組學分析，例如激光捕獲顯微切割(LCM)得到的樣品或者很難獲得的珍貴樣品等。

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Ettan DIGE系統包括CyDye DIGE 熒光染料，IPGphor 3/Ettan DALT 雙向電泳設備；Typhoon多功能激光掃描儀和DeCyder 2D 或ImageMaster DIGE差異分析軟件。

CyDye DIGE 熒光染料專門為DIGE 系統設計，這些熒光標記物是分子量和電荷匹配的，具有信號強，光譜分開，吸收和發射峰窄等特點。利用IPGphor 3 進行第一向分離和Ettan?DALT 垂直電泳儀進行第二向分離，在一塊2-D 膠上同時分離多達3 個樣品。Typhoon 的光學系統經過優化，在CyDye熒光標記蛋白成像中能達到高靈敏度，并且其控制軟件經過優化設計采集Ettan DIGE圖像。

特別開發的軟件DeCyder 2D完全自動化進行DIGE 結果的多重樣品間的差異比較，并通過內標對每個蛋白點和每個差異進行統計學分析。該軟件全自動定位和分析在一塊膠中的多重樣品，并進行多塊膠之間的比較分析，得到精確的蛋白豐度差異變化的計算結果。ImageMaster DIGE 完全采用了Decyder 2D 差異分析軟件中的專利的共找點功能，使得定量比較結果可信賴。