?簡介：鏈特異性轉錄組測序（strand-specific RNA sequencing）是指在構建測序文庫時，利用Illumina高保真Taq酶將mRNA鏈的方向信息保存到測序文庫中。測序后的數據分析可確定轉錄本是來自正義還是反義DNA鏈。與普通轉錄組測序相比，它更能準確地統計轉錄本的數量和確定基因的結構，同時可以發現更多的反義轉錄本，目前被廣泛地應用于研究基因結構和基因表達調控等領域范圍。

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晶能優勢

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★精確度高：文庫制備和測序過程中保留了RNA方向信息，有效數據增多，從而使基因表達定量更加準確。與基因組和參考基因組的比對結果，其鏈特異的結果均相近或稍高于非特異性結果。

★豐富度高：準確發現反義轉錄本，獲取更多轉錄本相關信息，進行鑒定分析。

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應用方向???

1.? 模式生物基因結構分析：

模式生物已經有完整的基因注釋信息，但是實際研究中存在個體差異性。利用鏈特異性轉錄組測序可以對個體表達基因的結構進行深度分析，對基因進行重注釋。

2.? 差異基因準確分析：

能針對不同轉錄方向的基因進行精確的表達量統計及差異表達分析，從而推斷出與功能狀態變化相關聯的候選基因，揭示差異基因的功能分類和相關代謝通路。

3.? 原核生物操縱子分析：

針對原核生物的鏈特異性轉錄組分析，能更加準確地進行操縱子鑒定和分析。???

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技術路線

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生物信息分析：

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樣品要求

1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。

2）樣品量：細胞樣品請提供至少1×10⁷個細胞，組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片，RNA樣品請提供10 μg以上的總RNA。

3）樣品質量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。

4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。

5）樣品運輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運輸。

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參考文獻

Andrea Pauli, EivindValen, Michael F. Lin, et al.Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis.

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