在組織樣本保存中，福爾馬林固定-石蠟包埋（FFPE）是一種廣泛應用的標準方法，尤其在臨床病理領域。然而，FFPE處理帶來的蛋白質交聯（crosslinking）現象，給后續的蛋白質組學分析帶來了顯著挑戰。

一、什么是FFPE中的蛋白質交聯？

FFPE樣本的核心處理步驟包括：

1、使用10%中性緩沖福爾馬林對組織進行固定。

2、將組織脫水后包埋進石蠟中以實現長期保存。

在福爾馬林固定過程中，甲醛與蛋白質的氨基酸殘基（特別是賴氨酸、半胱氨酸、精氨酸等）發生共價交聯，形成亞甲基橋結構。這種交聯結構穩定但非天然，會嚴重影響后續蛋白質組學研究所依賴的酶切、提取和鑒定過程。

二、FFPE交聯如何影響蛋白質組學分析？

1、蛋白質提取效率降低

交聯后的蛋白質結構更緊密、不易溶解。標準裂解液難以高效破碎這些復合物，導致蛋白提取率明顯下降。

2、酶切效率受阻

蛋白質酶切依賴蛋白質的開放結構。交聯后，酶切位點被遮蔽或結構阻礙，使得胰蛋白酶（trypsin）等蛋白酶活性大幅下降，產生的多肽片段不完全、不規律，降低肽段可識別率。

3、質譜識別難度增加

交聯會引入非天然修飾和質量偏移，肽段質量與數據庫中的理論值不符，從而增加搜索空間和識別錯誤率，影響定量和鑒定的準確性。

4、可變修飾和偽肽段增多

甲醛交聯引入的新結構可能被錯誤識別為天然修飾，影響生物信息學分析的特異性。

三、如何減輕交聯對FFPE蛋白質組學的影響？

盡管交聯帶來挑戰，但通過方法學優化，可以顯著改善FFPE樣本的蛋白質組數據質量。以下為幾種主流且實用的策略：

1、優化樣本預處理

（1）去石蠟（Deparaffinization）

采用二甲苯（xylene）+梯度乙醇充分去除石蠟，避免影響后續裂解步驟。

（2）高效裂解系統

使用含SDS、TEAB、或8M尿素的裂解液，在高溫高壓（如加熱至95°C）或微波輔助條件下，提高交聯蛋白的溶解效率。

2、增強去交聯效率（De-crosslinking）

（1）熱誘導逆交聯

在高溫條件下（如90~100°C，數小時）進行熱解處理，打斷亞甲基橋，恢復部分天然結構。

（2）酸/堿輔助去交聯

在酸性條件（pH~3）或堿性環境（如Tris-HCl，pH 9.0）下配合加熱，有助于斷裂交聯鍵。

（3）添加輔助試劑

部分研究采用去交聯緩沖液（如Antigen Retrieval Buffer）或DEPC輔助裂解增強蛋白釋放。

3、酶切策略調整

（1）延長酶解時間

為了克服酶切位點遮蔽，可延長酶解時間至16-24小時，甚至雙酶（Trypsin + LysC）聯合使用。

（2）FASP或SP3等方法結合

使用濾膜輔助樣本制備（FASP）或磁珠純化方法（SP3）可提高酶解效率并減少樣本損失。

4、質譜和數據庫優化

（1）使用專用數據庫

引入考慮交聯修飾的數據庫（如將甲醛相關修飾作為可變修飾項），提升肽段匹配效率。

（2）調整搜索參數

在MaxQuant、PEAKS、MSFragger等分析軟件中，開啟非特異酶切（semi-specific）模式、設定甲醛相關修飾，有助于發現“非標準”肽段。

四、百泰派克生物科技的解決方案：提升FFPE蛋白質組數據質量

在百泰派克生物科技，我們針對FFPE樣本的復雜性，開發了一整套優化質譜蛋白組學流程，包括：

• 專屬去交聯裂解緩沖系統。
• 熱誘導與酶法聯合處理策略。
• 高靈敏度質譜平臺（如Orbitrap Fusion Lumos、Exploris 480）。
• AI輔助的數據庫搜索算法，提升低豐度蛋白識別率。

借助這些定制化手段，我們可在FFPE樣本中實現>6000個蛋白質的高覆蓋度鑒定，并保持良好的重復性（CV < 15%），廣泛應用于癌癥標志物發現、病理組織機制研究等領域。

盡管FFPE處理引入蛋白交聯影響質譜分析，但隨著方法的不斷優化，其在臨床樣本利用和轉化醫學研究中的價值正在被逐步釋放。對于需要挖掘FFPE樣本蛋白組信息的研究者而言，選擇具備經驗的服務平臺，如百泰派克生物科技，將有助于提升實驗效率與數據可用性。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對蛋白質序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對蛋白質的氨基酸組成分析，N端測序，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務。對于未知理論序列的蛋白質，提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上先進的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白質組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量蛋白質組學、靶向蛋白質組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種蛋白質標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.專業生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，最后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術先進，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從最小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從蛋白質、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等專業服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，專業提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

>>點擊了解更多優質服務項目