有限蛋白水解質譜技術（Limited Proteolysis Mass Spectrometry，LiP-MS）是研究小分子化合物（天然產物、代謝物等）與蛋白質相互作用，揭示蛋白結構動態變化的高通量質譜篩選技術。本公司推出LiP-MS藥物靶點篩選解決方案，包含三種研究目的場景：

• LiP-MS藥物靶點篩選：體外生理條件下尋找小分子藥物的潛在作用靶點；
• LiP-MS藥物-蛋白結合域分析：體外生理條件下研究純化重組蛋白與目標藥物的作用域與結合位點。
• LiP-MS藥物機制研究：體內給藥條件下研究小分子藥物的潛在作用靶點及其藥物作用機制。

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技術原理

有限水解（LiP）的概念是指在生理狀態下蛋白酶對蛋白的不完全酶切。研究表明，生理狀態下折疊的蛋白具有較強的抗酶切能力，所以實驗中想要實現對蛋白的完全酶切需要先對蛋白進行變性處理（去折疊）（圖1）。而在生理狀態下，折疊蛋白的不完全酶切也需要蛋白酶識別位點的暴露，通常涉及到多達12以上氨基酸殘基肽段的構象變化(局部展開)，這依賴于蛋白的動態變化，蛋白表面肽段的柔性變化可能會形成這種能被蛋白酶識別切割的位點。

圖 1 蛋白有限水解示意圖

LiP-MS利用有限水解的原理來識別小分子藥物作用的蛋白靶點。具體來講，生理狀態下蛋白的動態變化會暴露出表面肽段的酶切位點，但是小分子藥物與靶蛋白結合后，會在整體或者局部水平穩定蛋白的結構，這使得蛋白表面的肽段暴露和被蛋白酶酶切的可能性大大降低（圖2）。

在這個理論背景下，設置藥物處理組與溶劑處理的對照組，同時以非特異性的蛋白酶進行處理，會在藥物結合的靶蛋白上形成酶切位點（肽段）的差異，最后通過質譜檢測來定量篩選出組間差異的肽段（蛋白），最終可以確認為藥物作用的結合靶點（圖3）。

圖 2 小分子配體（藥物）穩定蛋白結構

圖 3 LiP-MS流程圖

產品優勢

• 簡單便捷：無需設計合成分子探針；提供野生型細胞/組織和藥物分子就可以進行實驗；
• 真實直接：使用藥物分子在體外直接進行結合實驗，得到直接結合靶點及其結合位點；
• 數據驅動：利用質譜技術的高通量性能，無偏見的數據驅動篩選保障獲得真實的陽性結果，實現治療靶點與脫靶靶點的全覆蓋；
• 直接結論：通過比較篩選、生信分析和數據庫挖掘，報告直接給出推薦的靶點列表清單；
• 驗證數據：對潛在靶蛋白與藥物分子進行分子對接，在計算機模擬層面給藥物靶點進行驗證；

LiP-MS藥物-蛋白結合域分析

該產品應用于一個特殊的藥物靶點研究場景：已經明確了藥物作用的靶蛋白，但是不清楚藥物作用在蛋白上的哪個位置（區域），可以通過對重組蛋白的LiP-MS實驗來實現研究目的?？蛻籼峁┘兓亟M蛋白及藥物，譜度眾合實驗室進行體外的重組蛋白和藥物分子結合實驗，隨后進行有限水解實驗，通過高分辨質譜來分析藥物作用所產生的差異肽段，結合分子對接可以獲得明確的藥物-蛋白結合區域信息。

送樣要求：

1. 至少6個給藥前樣本（藥物處理組3個，溶劑對照組3個；如需增加不同濃度或者不同藥物處理組，每組增加3個樣本）；

2. 單個樣本起始重組蛋白量建議>5μg（總量大于30μg，濃度不低于0.05μg/μL）；

3. 重組蛋白溶液中不含有任何去垢劑/變性劑成分。