蛋白質定性分析是指利用質譜法進行蛋白質鑒定和序列分析。質譜技術具有較好的靈敏度、分辨率、準確度，隨著質譜技術的不斷發展和成熟，利用質譜法進行蛋白質定性分析愈來愈廣泛。

蛋白質定性分析分為兩種策略：

(1) top-down分析策略：完整的全長蛋白質經過離子化后進入質量分析器，通過測定蛋白質離子質量和串聯質譜分析鑒定蛋白質序列。

(2) bottom-up分析策略：存在于溶液或者凝膠電泳條帶中的蛋白質經過蛋白酶（如胰蛋白酶）酶解消化成較小肽段片段，這些肽段再進入質量分析器。最后通過肽指紋圖譜或者串聯質譜法進行肽段鑒定，該方法是通過對肽段序列的鑒定推斷蛋白質序列。

目前，bottom-up分析策略被更廣泛的應用于蛋白質定性分析工作。

根據使用儀器可分為：MALDI-TOF/TOF

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???? ??LC-ESI-MS/MS

根據樣本類型可分為：蛋白質全譜分析（即shotgun分析）

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ????? ? ? ?蛋白質膠條/混合液分析

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???? ??蛋白質膠點分析