福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE, Formalin-Fixed Paraffin-Embedded）是組織樣本長期保存的金標準，廣泛應用于病理學和臨床研究。然而，這種處理方式也為蛋白質組學分析帶來了顯著挑戰，尤其是在蛋白酶切效率方面。

一、福爾馬林固定的化學本質及其對蛋白結構的影響

1、甲醛交聯機制

福爾馬林的主要成分是甲醛（formaldehyde），其作用機制是與蛋白質中的氨基酸殘基（如賴氨酸、精氨酸、半胱氨酸）發生可逆或不可逆交聯，形成甲叉橋（methylene bridge），這種交聯結構極其穩定。

結果是：

• 蛋白質三維結構改變。
• 多肽鏈交聯，形成高分子復合體。
• 抗原表位和酶切位點被遮蔽或結構改變。

2、對蛋白酶（尤其是胰蛋白酶）識別位點的影響

胰蛋白酶（Trypsin）偏好在賴氨酸（K）和精氨酸（R）之后切割。然而，當這些位點發生交聯：

• 酶切位點可被化學修飾遮蔽。
• 蛋白質結構變性限制酶的空間進入。
• 胰酶活性下降或酶反應動力學受限。

二、福爾馬林固定對蛋白酶切效率的典型影響

三、影響蛋白酶切效率的具體因素

1、固定時間與濃度

• 固定時間過長（>24小時）會顯著增加交聯密度。
• 高濃度福爾馬林（>10%）造成更嚴重的修飾。
• 標準建議：中性緩沖福爾馬林4%，固定6-24小時。

2、組織類型和密度

• 組織密度大 → 固定液滲透慢 → 固定不均勻。
• 固定過度/不足都影響后續酶切效果。

3、解交聯（Antigen Retrieval）方法

• 高溫修復（如95–100°C）+高pH緩沖液有助于斷裂交聯。
• 未充分解交聯 → 酶無法有效作用于目標位點。

四、如何提高FFPE樣本的蛋白酶切效率？

1、優化脫蠟與水化流程

• 建議使用石蠟溶劑（如二甲苯）完全脫蠟。
• 再通過梯度乙醇水化，恢復組織親水性。
• 此步驟確保后續緩沖液與蛋白酶可充分滲透。

2、應用高溫抗原修復（Heat-Induced Epitope Retrieval）

• 使用Tris-EDTA（pH 9.0）或Citrate buffer（pH 6.0）。
• 水浴或高壓處理有助于部分打破交聯橋。

3、使用輔助蛋白酶或酶混合物

• 蛋白酶K、胰酶+Lys-C組合等，可提升切割覆蓋度。
• 百泰派克生物科技在多種酶協同消化方面已有成熟方案，適用于難切樣本如FFPE。

4、延長消化時間，或采用多輪酶解策略

• 延長至12–24小時，或進行兩輪連續酶切。
• 注意避免過度自解或非特異性降解。

五、質譜層面的優化思路

1、高靈敏度儀器平臺支持

例如Orbitrap Exploris、timsTOF Pro等具備更高的肽段檢出能力。百泰派克生物科技采用高分辨率質譜平臺，可實現低豐度肽段的精準檢測。

2、數據分析策略調整

• 增加交聯修飾、非特異性切割的數據庫搜索容錯。
• 使用如MSFragger、Open-pFind等支持開放搜索的引擎。
• 定制FFPE特異修飾數據庫有助于識別非典型肽段。

福爾馬林固定雖保留了組織結構完整性，卻極大影響蛋白酶切效率，給蛋白質組學分析帶來挑戰。理解其機制，優化前處理流程和酶解條件，是突破FFPE蛋白組學瓶頸的關鍵。在FFPE樣本質譜分析領域，百泰派克生物科技已建立成熟的從脫蠟、蛋白提取、酶解到高分辨質譜分析的一體化流程，針對低效率酶切、修飾干擾等問題，提供高靈敏度、高重現性的解決方案，助力科研人員最大化挖掘臨床樣本中的蛋白質信息價值。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對蛋白質序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對蛋白質的氨基酸組成分析，N端測序，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務。對于未知理論序列的蛋白質，提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上先進的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白質組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量蛋白質組學、靶向蛋白質組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種蛋白質標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.專業生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，最后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術先進，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從最小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從蛋白質、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等專業服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，專業提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

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