BioNano單分子光學圖譜
產品名稱： BioNano單分子光學圖譜
英文名稱： BioNano
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BioNano單分子光學圖譜：
???NGS可以獲得大量的測序數據但是由于讀長較短，無法直觀的看到整個基因組范圍的結構變化，而且由于基因組的復雜性（重復序列和結構變異）限制了基因組的重構和對功能原件的理解。因此迫切需要針對更長片段的分析方法。BioNano公司利用其專利的芯片技術開發的Irys系統可以對長鏈DNA單分子成像，在更短時間提供更完整的基因圖譜
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Irys系統特點：
l?長鏈DNA分子?---可檢測長達幾百kb的長鏈DNA分子，很好解決重復序列和可變區對研究帶來的影響。
l?高質量的數據?---單分子DNA通過納米通道被拉直平行排列，利用高質量圖像使基因組結構展現無遺。
l?應用靈活?---開放性的平臺適合研究人員進行多個領域的研究，尤其在de novo和染色體結構變異方面提供了全新的研究方法。
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技術路線
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生物信息學分析模塊
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BIONANO-01 |
測序質量評估(QC)與預處理 |
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BIONANO-02 |
Denovo拼接分析（無參考基因組） |
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BIONANO-03 |
結構變異分析（有參考基因組） |
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部分結果展示
| ? |
===?Molecule?Size?Distribution?=== |
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Length?Bin |
#?of? Molecules |
Quantity? (kb) |
Bin?Proportion?(%?by?mass) |
Labels? (/100kb) |
|
10-500kb |
3,454 |
903,099 |
83% |
13.29 |
|
150-500kb |
3,454 |
903,099 |
83% |
13.29 |
|
200-500kb |
2,466 |
730,422 |
67% |
13.34 |
|
250-500kb |
1,609 |
537,868 |
49% |
13.41 |
|
500-5000kb |
301 |
190,668 |
17% |
14.27 |
?????????????????????????????????????????????? 單分子長度分布統計
?
結構變異結果
?
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|
? ? ----???Assembly?Report??--------- |
|
Molecule?Size?Cutoff |
150kb |
|
Label?Number?Cutoff |
10 |
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Input?Quantity?(Mb) |
709.3 |
|
Input?Molecule?N50?(kb) |
291 |
|
Avg?Label?Density?(per?100?kb) |
12.2 |
|
Number?of?Consensus?Genome?Maps |
2 |
|
Total?Size?of?Consensus?Genome?Maps?(Mb) |
4.8 |
|
N50?Consensus?Genome?Maps?(Mb) |
3.9 |
|
Avg?Depth?of?Coverage |
107.1 |
De novo拼接統計
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樣品要求
??A：植物樣品
? ? 建議以植物種子萌發幼苗來提取。由種子萌發的1~2葉期的嫩苗，在采集前1~3天，避光黃化處理。嫩苗用液氮速凍后，保存-80度或干冰中運輸。一次DNA提取需要~5g植物樣品，建議提供給我們的樣品量為15~20g；無法提供種子的樣品，可以采集相應量的莖尖組織。
B：昆蟲
5g，蟲卵最佳，其次幼蟲，成蟲難提取。
C：血液
新鮮血液10ml，EDTA抗凝。采集鮮血后5日內有效，冰箱存放，冰盒運輸，不用冰袋，以防局部溫度過低。避免使用有溶血或凝血的血液。
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參考文獻
[1]??Lam?ET,?Hastie?A,?Lin?C,?Ehrlich?D,?Das?SK,?Austin?MD,?Deshpande?P,?Cao?H,?Nagarajan?N,?Xiao?M,?Kwok?PY.???Genome?mapping?on?nanochannel?arrays?for?structural?variation?analysis?and?sequence?assembly.??Nat?Biotechnol.?2012?Aug;30(8):771-6.
[2]?Das?SK,?Austin?MD,?Akana?MC,?Deshpande?P,?Cao?H,?Xiao?M.???Single?molecule?linear?analysis?of?DNA?in?nano-channel?labeled?with?sequence?specific?fluorescent?probes.?Nucleic?Acids?Res.?2010?Oct;38(18):e177.?doi:?10.1093/nar/gkq673.?Epub?2010?Aug?10
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應用案例
PLOS?ONE.?2013;8(2):e55864.?doi:?10.1371.
Rapid?Genome?Mapping?in?Nanochannel?Arrays?for?Highly?Complete?and?Accurate?De?Novo?Sequence?Assembly?of?the?Complex?Aegilops?tauschii?Genome.
Hastie?AR,?Dong?L,?Smith?A,?Finklestein?J,?Lam?ET,?Huo?N,?Cao?H,?Kwok?PY,?Deal?KR,?Dvorak?J,?Luo?MC,?Gu?Y,?Xiao?M.
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背景：
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