焦磷酸測序-分子生物學服務 -技術服務-生物在線
上海迪奧生物科技有限公司
焦磷酸測序

焦磷酸測序

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產品名稱: 焦磷酸測序

英文名稱: Pyrosequencing

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?簡介:迪奧公司的焦磷酸測序(Pyrosequencing)服務基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺,能提供基于序列測定的SNP基因分型、等位基因頻率分析和甲基化檢測,雜合子缺失及微生物分型等服務。

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焦磷酸測序

焦磷酸測序(Pyrosequencing)技術的原理

首先通過PCR制備待測序的DNA模板,PCR的引物之一是用生物素標記的。PCR產物和偶連avidin的Sepharose微珠孵育,DNA雙鏈經堿變性分開;純化得到含生物素標記引物的待測序單鏈,并和測序引物結合成雜交體。 Pyrosequencing技術是由四種酶催化的同一反應體系中的酶級連反應,四種酶是:DNA聚合酶(DNA polymerase)、硫酸化酶(ATP sulfurylase)、熒光素酶(luciferase)和雙磷酸酶(apyrase).反應底物為adenosine 5′ phosphosulfate (APS)、熒光素(luciferin)。反應體系還包括待測序DNA單鏈和測序引物。反應體系配置好后就可以加入底物dNTP進行序列分析了。 測序反應是這樣進行的:在每一輪測序反應中,只能加入四種dNTP(dATP S,dTTP,dCTP,dGTP)之一,如該dNTP與模扳配對,聚合酶就可以催化該dNTP摻入到引物鏈中并釋放焦磷酸基團(PPi)。摻入的 dNTP和釋放的焦磷酸是等摩爾數目的.注意:反應時deoxyadenosine alfa-thio triphosphate (dATP S)是dATP的替代物,因為DNA聚合酶對dATP S的催化效率比對dATP的催化效率高,且dATP S不是熒光素酶的底物。 硫酸化酶催化APS和PPi形成ATP,ATP和焦磷酸的摩爾數目是一致的。ATP驅動熒光素酶介導的熒光素向氧化熒光素(oxyluciferin)的轉化,氧化熒光素發出與ATP量成正比的可見光信號。光信號由CCD攝像機檢測并由pyrogram?反應為峰。每個峰的高度(光信號)與反應中摻入的核苷酸數目成正比。ATP和未摻入的dNTP由雙磷酸酶降解,淬滅光信號,并再生反應體系。然后就可以加入下一種dNTP。 隨著以上過程的循環進行,互補DNA鏈合成,DNA序列由Pyrogram的信號峰確定。

■系統用途:

多用途遺傳分析系統,可應用于各種遺傳多態性標記的分析檢測,如SNP、突變、插入/缺失、甲基化、基因拷貝數等;等位頻率分析;此外,還可應用于各種微生物的鑒定、分型、耐藥性評估,并可對多種亞型或野生株及突變株、耐藥株組成的復雜群體中的各個組分含量直接加以定量評估。

■服務項目:

1.SNP分型檢測

優勢: ◇ 單一位點的質量評估和序列信息
◇ 分析含有CpG位點的SNP
◇ 序列信息中不同位點的頻率計算
◇ 適用于新鮮冷凍,和石蠟包埋的樣本
◇ 不同的應用實驗可同時在一次運行中實現
◇ PCR反應之后,1個小時內可同時平行分析96個樣本
2.甲基化檢測服務
基本流程 在表觀遺傳學的DNA甲基化研究中,新一代的測序方法可得到大量的全基因組甲基化特征數據,需要驗證其中特定靶序列與表觀遺傳修飾的生理相關性。此驗證過程較具挑戰性,因為甲基化位點的位置和頻率的微小改變也會帶來明顯的變化。焦磷酸測序可在一次檢測中快速定量一個或多個甲基化位點,是理想的驗證方法。因此該技術在表觀遺傳學研究中逐漸成為數據分析的金標準。 設計甲基化分析反應體系往往十分復雜,因為在非CpG位點胞嘧啶轉化為胸腺嘧啶會影響引物的結合。為了解決這個問題,QIAGEN最近研發出了針對特定基因的預設計PyroMark CpG Assays,可覆蓋整個人類基因組。這些試劑盒可用于CpG甲基化分析,并擴展了靶序列和CpG島的選擇范圍。

優勢: ◇ Pyrosequencing 能測定鄰近CpG區域的單個甲基化水平,甚至包括測序的引物區域
◇ 啟動子序列中接近的不同CpG島的甲基化頻率計算
◇ 適用于新鮮冷凍,和石蠟包埋的樣本
◇ 不同的應用實驗可同時在一次運行中實現
◇ PCR反應之后,1個小時內可同時平行分析96個樣本

■項目流程: