在蛋白質組學研究中，實現更深度的蛋白組覆蓋始終是核心目標之一。隨著質譜技術的發展，數據依賴采集（DDA, Data-Dependent Acquisition）與數據獨立采集（DIA, Data-Independent Acquisition）成為主流策略，各自擁有獨特優勢。近年來，結合 DDA 與 DIA 的混合策略逐漸成為提升定性深度與定量精度的理想選擇。

一、DDA 與 DIA：各自優勢與局限

1、數據依賴采集（DDA）

DDA 是傳統蛋白組學實驗中使用最廣泛的方法。在 DDA 模式下，質譜儀先通過 MS1 掃描識別出強度最高的若干個母離子（通常是前 10~20 個），再進行 MS/MS 分析。

（1）優勢：

• 獲得的 MS/MS 譜圖質量高，有利于高置信度肽段鑒定。
• 對于建立高質量的譜庫具有重要意義。

（2）局限：

• 偏向富集高豐度蛋白，低豐度蛋白可能被遺漏。
• 數據重現性相對較差，不同批次間存在識別偏差。

2、數據獨立采集（DIA）

DIA 則是一種系統性更強的采集策略。它通過將整個質量數范圍劃分為多個窗口，對每個窗口內所有離子同時進行碎裂，避免了選擇偏差。

（1）優勢：

• 定量結果高度可重現，適用于大規模樣本研究。
• 可覆蓋更多低豐度蛋白，實現更全面的蛋白組描繪。

（2）局限：

• 原始數據復雜，依賴高質量譜庫進行解卷積和鑒定。
• 數據分析門檻相對較高，需配套專業軟件和計算資源。

二、混合策略：DDA+DIA 的協同優勢

將 DDA 與 DIA 相結合，通常指先通過 DDA 建立實驗譜庫，再基于該譜庫進行 DIA 數據分析。這種策略已在多種研究中證明可顯著提升蛋白組覆蓋率與數據質量。

1、基于 DDA 建庫，打牢識別基礎

通過高重復度的 DDA 運行（可結合樣本預富集、分級等策略），獲取高質量的肽段 MS/MS 譜圖，用于建立樣本特異性的 reference spectral library。這個步驟決定了 DIA 數據分析的下限。

2、使用 DIA 獲取高通量、可重現數據

有了穩定的譜庫作為“錨點”，DIA 可以在復雜樣本中獲得高覆蓋率、低缺失率的定量結果，尤其適用于組織異質性大、樣本量多或低豐度蛋白研究的場景。

三、百泰派克生物科技：高質量 DDA + DIA 一站式解決方案

在百泰派克生物科技，我們將 DDA 與 DIA 有機整合，提供如下優勢服務：

• 定制化 DDA 建庫方案：結合項目特性設計分級策略，構建高深度譜庫。
• 標準化 DIA 采集流程：使用 Orbitrap Exploris 480 等高分辨質譜平臺，確保數據穩定性。
• 全流程數據分析支持：Spectronaut、DIA-NN 等主流軟件平臺并行分析，交付可溯源、可復現的蛋白定量結果。

無論是基礎研究還是轉化醫學，百泰派克生物科技致力于為客戶提供深度覆蓋、高靈敏度的蛋白質組學數據，助力科學發現與產業應用。

通過科學整合 DDA 與 DIA 技術，研究人員不僅可以獲得更全面的蛋白組定性信息，還能在定量準確性與重現性方面實現突破。隨著質譜技術和算法工具的不斷進步，DDA+DIA 聯合策略將在更多復雜生物系統中展現強大潛力。百泰派克生物科技憑借多年的質譜平臺經驗與生命科學理解，為客戶提供從實驗設計到數據交付的全流程、一體化服務，特別是在 DDA+DIA 融合策略方面，形成了顯著的技術優勢。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對蛋白質序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對蛋白質的氨基酸組成分析，N端測序，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務。對于未知理論序列的蛋白質，提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上先進的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白質組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量蛋白質組學、靶向蛋白質組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種蛋白質標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.專業生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，最后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術先進，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從最小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從蛋白質、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等專業服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，專業提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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