環境微生物多樣性分析

? ? ? ? 為給客戶提供更好的微生態服務，公司于2014年特成立微基生物科技（上海）有限公司，統一使用“微基生物/?TinyGene”?品牌，專門提供微生態、微生物多樣性分析服務，歡迎訪問?www.tinygene.com?網站，400咨詢電話：?400-660-9270

??????? 對于環境微生物多樣性的研究，傳統分析方法（如DGGE、構建文庫等）因操作復雜、成本高、

痕量菌發現困難等因素無法達到深入研究環境微生物多樣性的目的，新一代高通量測序（ Roche

GS FLX或Illimina）技術隨之而生。該技術不僅保存了原有分析方法的優勢，無需對自然界微生物純

培養，擴大對自然界微生物的認知范圍，而且富有自己獨特的特征，加深了我們對環境微生物測序

的深度，靈敏的探測出環境微生物群落結構隨外界環境的改變而發生的及其微弱的變化，對我們研

究微生物與環境的關系、環境治理和微生物資源的利用有著重要的理論和現實意義。

高通量測序技術優勢

1.測序通量高，可檢測到環境樣品中的痕量微生物。

2.實驗操作簡化，無需構建復雜的基因文庫。

3.PCR產物可直接進行測序，結果穩定，重復性強，實驗周期短。

4.測序數據便于后期生物信息學分析，實驗結果更能全面的反應環境中菌落的特點。

凌科生物的技術優勢：

1. 凌科生物是國內目前唯一一家使用 低偏差擴增測序（LEA-Seq）?來建立擴增文庫的。與常規建庫方法相比，

LEA-Seq更能準確的反應出樣本微生物真實的多樣性分布。

2. ?目前高通量測序平臺中，illumina Miseq?平臺對于環境微生物樣本的研究更經濟實惠，凌科生物是國內首家

采用illumina-Miseq 2x300bp平臺（目前illumina平臺中最長）來進行微生物多樣性研究的公司。

3. ?凌科生物可針對原核生物9個V區分別進行了測序分析優化，可根據客戶樣本情況，選擇最優分析區域進行分析，

也可針對多個區域分別進行分析。

4. 凌科生物可根據客戶需求，針對功能基因，開展個性化建庫及分析。?此類方法，可針對屬內各種，甚至亞種，

進行細致的分類分析，與環境數據結合，可用于某類微生物精細的分類及進化研究。?

技術路線：

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基因組DNA抽提

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擴增區域的選擇:

1.細菌16S區域的選擇

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2.真菌18S區域的選擇

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原核微生物16S及真核微生物18S PCR擴增

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???? ? 根據樣品基因組DNA濃度及預實驗電泳結果，調整模板的量及PCR循環數。確保每個樣品擴增結果亮度明顯，

條帶單一。

多樣本平行測序

1.多樣本同時進行高通量測序，樣本數目高達100個。

2.各樣本之間通過tag標簽進行區分。

3.凌科生物自己開發了一套穩定的多樣本平行測序分析方案，分析結果準確詳盡。

生物信息學分析

1.數據統計分析

有效序列及優化序列的數據統計，可提供準確的數據產量的統計

2.數據回歸樣品

根據taq信息將測序數據回歸樣品

3.單樣品數據分析

1）計算菌落多樣性和豐度指數

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2）取樣深度測試（Rarefaction Curve）

3）序列聚類OUT分類學表

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4.多樣品數據分析

1）各樣品群落結構分析柱狀圖或者餅狀圖

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2）全樣品相似度分析樹狀圖

3）樣品OTU分布比較-VENN圖

4）Heatmap熱圖分析

5）組間顯著性差異分析（metastats分析）

6）PCA分析(Principal Component Analysis)

7）RDA分析

8）UniFrac PCoA分析

9）進化樹分析

10）OUT分類學信息統計表