數字基因表達譜高通量測序
產品名稱: 數字基因表達譜高通量測序
英文名稱: Digital Gene Expression Tag Profiling, DGE
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基因轉錄水平的研究是功能基因組學和醫學研究的基礎。數字基因表達譜(Digital Gene Expression Tag Profiling, DGE)利用新一代高通量測序技術和高性能計算分析技術,能夠全面、經濟、快速地檢測某一物種特定組織在特定狀態下的基因表達情況,已被廣泛應用于基礎科學研究、醫學研究和藥物研發等領域。
技術優勢
◆數字化信號:測序直接獲得序列,無背景噪音,無交叉雜交??设b別序列之間一個堿基的差異;
◆高通量:一次測序產生300萬序列,檢測10~30萬種序列標簽;
◆可重復性高:同一實驗室兩次獨立實驗的相關性超過99%,不同實驗室兩次獨立實驗的相關性高達98%[1];
◆檢測閾值寬:跨越6個數量級的寬檢測閾值,既能檢測低至2個拷貝的稀有轉錄本,也能精確定量幾十萬拷貝的高表達轉錄本;
◆檢測新轉錄本:不依賴已知基因,可檢測新轉錄本;
◆檢測反義鏈轉錄本:不依賴已知基因,可檢測反義鏈轉錄本;
◆分析兼容性:數據格式與芯片相同,與芯片的分析軟件兼容。
研究內容
?? ? ? ?通過高效酶切獲取每條mRNA的特定標簽(Tag),利用新一代測序技術對樣本中數以百萬計的mRNA標簽進行序列測定,從而對基因表達水平進行數字化分析。
一、標準信息分析
◆?????? 對原始數據進行去除接頭、污染序列及低質量tags的處理;
◆?????? 測序評估;
◆?????? 基因表達注釋;
◆?????? 差異表達基因分析;
◆?????? 反義鏈的轉錄分析;
◆?????? 新轉錄本預測;
◆?????? 差異基因表達模式聚類分析;
◆?????? GO功能富集分析;
◆?????? Pathway顯著性富集分析;
◆?????? 蛋白互作網絡分析。
二、定制化信息分析
◆?????? 可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。
