環(huán)境微生物群落多樣性分析
產(chǎn)品名稱： 環(huán)境微生物群落多樣性分析
英文名稱： 環(huán)境微生物群落多樣性分析
產(chǎn)品編號：
產(chǎn)品價格： 詢價
產(chǎn)品產(chǎn)地： null
品牌商標(biāo)： null
更新時間： null
使用范圍： null
- 聯(lián)系人 :
- 地址 : 上海市斜土路1175號景泰大廈1508
- 郵編 : 200032
- 所在區(qū)域 : 上海
- 電話 : 138****7942 點擊查看
- 傳真 : 點擊查看
- 郵箱 : shdobio@163.com
環(huán)境微生物群落多樣性分析
?
在環(huán)境微生物生態(tài)學(xué)的發(fā)展過程中，有三個進(jìn)展是至關(guān)重要的：一，分子技術(shù)在該領(lǐng)域的應(yīng)用，克服了自然界微生物純培養(yǎng)的局限，大大擴(kuò)展了我們在整體上對自然環(huán)境微生物的認(rèn)知范圍；二，將宏觀生態(tài)的思想和方法引入微生物生態(tài)研究，極大地提高了我們對微生物多樣性的認(rèn)知水平；三，第二代高通量測序技術(shù)（尤其是Roche?454高通量測序技術(shù)）的成熟和普及，使我們能夠?qū)Νh(huán)境微生物進(jìn)行深度測序，靈敏地探測出環(huán)境微生物群落結(jié)構(gòu)隨外界環(huán)境的改變而發(fā)生的極其微弱的變化，對于我們研究微生物與環(huán)境的關(guān)系，環(huán)境治理和微生物資源的利用有著重要的理論和現(xiàn)實意義。
?
?
? 迪奧優(yōu)勢
?
?
1．?采用定向測序技術(shù)，避免了非定向?測序造成的數(shù)據(jù)冗余，能充分利用每條有效序列，且便于后期的菌群分類處理。
?
2．?開發(fā)了一套穩(wěn)定的多樣本平行測序?qū)嶒灧桨福⒔鉀Q了樣本間數(shù)據(jù)不平衡的技術(shù)難題，一次可實現(xiàn)200個樣品的平行測序。
?
3．?眾多的成功案例，使迪奧生物在環(huán)境微生物群落多樣性測序及分析方面處于國內(nèi)領(lǐng)先地位。
?
?
? 擴(kuò)增區(qū)域選擇
?
?
1.?細(xì)菌擴(kuò)增區(qū)域（16SrDNA）
?
1)?一般選擇V3區(qū)和V6區(qū)。
2)?其它備選區(qū)域：V1+V2,V2,V4,V5+V6,V6+V7
3)?引物設(shè)計參考：
???區(qū)域????????通用引物
??V1+V2???????8F-338R
??V2???????????27F-338R
??V3???????????341F-534R
??V4???????????530F-805R
??V5+V6????????805F-1046R
??V6????????????967F-1046R
??V6+V7????????967F-1220R
?
2．真菌擴(kuò)增區(qū)域
1）一般選擇：V4,V9,ITS
2)引物設(shè)計參考：
???區(qū)域??????????通用引物
???V4???????????528F-706R
???V9???????????1380F-1510R
???ITS???????????ITSIF-ITS2
???SSU???????????NF1-18Sr2b
???LSU???????????D3A-D3B
?
?
? 多樣本平行測序
?
?
1.?多個環(huán)境樣品可以同時進(jìn)行高通量深度測序。
2.?樣品之間的測序數(shù)據(jù)通過擴(kuò)增時引入的標(biāo)簽（tag）進(jìn)行區(qū)分。
3.?迪奧生物開發(fā)出了一套穩(wěn)定的多樣本平行測序?qū)嶒灧桨浮?/span>
4.?迪奧生物提供的tag序列均經(jīng)過Roche和迪奧生物的實驗檢驗。
5.?多樣本平行測序成功的關(guān)鍵是樣品間的測序數(shù)據(jù)量趨于一致，迪奧生物擁有樣品間數(shù)據(jù)量不平衡問題的解決方案。
6.?迪奧生物可以幫合作伙伴實現(xiàn)200個樣品的平行測序。
?
環(huán)境樣品測序深度
?
1.?不同環(huán)境樣品中微生物的豐富度差別很大，所需的測序深度也不同。
2.?研究目的決定了環(huán)境微生物的檢測精度，而檢測精度決定了測序深度。
3.?迪奧生物擁有豐富的成功案例，針對不同的環(huán)境樣品和研究目的，能為合作伙伴提供合理的測序深度建議。
?
定向測序
?
1.?迪奧生物設(shè)計的實驗方案可以實現(xiàn)PCR產(chǎn)物的定向測序。
2.?定向測序技術(shù)避免了非定向測序造成的數(shù)據(jù)冗余，充分利用了每條有效測序序列，且便于后期的菌群分類處理。
3.?定向測序能為合作伙伴節(jié)省454文以來構(gòu)建的費用。
4.?擴(kuò)增引物的合成質(zhì)量是定向測序成敗的關(guān)鍵。
?
?
? 生物信息分析
?
?
1.?數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析
1）?有效測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計
2）?可借精準(zhǔn)分析的數(shù)據(jù)產(chǎn)量統(tǒng)計
?
2.?數(shù)據(jù)回歸樣品
1）?根據(jù)tag信息將測序數(shù)據(jù)回歸各自樣品
?
3.?單樣品微生物種類及豐度分析
1）?序列聚類OUT（Operational?Taxonomic?Units）
2）?取樣深度判定（Rarefaction?Curve）
3）?計算菌群我樣性和豐度指數(shù)
4）?單樣品群落結(jié)構(gòu)分析一餅圖
?
實驗周期
?
1.?環(huán)境樣品
1）?嚴(yán)格按照采樣標(biāo)準(zhǔn)采樣。
2）?采樣后務(wù)必立即封存樣品冷凍保存。
3）?樣品保存期間切記反復(fù)凍融。
4）?送樣時使用干冰運(yùn)輸。
5）?請?zhí)顚懲暾乃蜆佑唵危米苑獯芊夂箅S同樣品一起送樣。
?
2.?環(huán)境樣品DNA
1）請?zhí)峁?/span>OD值介于1.8-2.0之間，濃度>10ng/ul,總量>200ng的DNA,并確保DNA無降解。
2）送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封。
3）樣品保存期間切記反復(fù)凍融。
4）送樣時使用干冰運(yùn)輸。
5）請?zhí)顚懲暾乃蜆佑唵危⑻峁?font face="Times New Roman">DNA電泳檢測照片，用自封袋密封后隨同樣品一起送樣。
?
?? 3.PCR產(chǎn)物
?? 1）請按照迪奧生物提供的引物設(shè)計要求進(jìn)行PCR實驗。
?? 2）PCR產(chǎn)物濃度>10ng/ul.總量>200ng,OD260/280在1.8左右。
?? 3）PCR產(chǎn)物需經(jīng)電泳切膠回收純化。
?? 4）送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封。
?? 5）樣品保存期間切記反復(fù)凍融。
?? 6）送樣時使用干冰運(yùn)輸。
?? 7）請?zhí)顚懲暾乃蜆佑唵危⑻峁?font face="Times New Roman">PCR產(chǎn)物純化前后的電泳檢測照片，用自封袋密封后隨同樣品一起送樣。