全基因組重測序
產(chǎn)品名稱： 全基因組重測序
英文名稱： Whole Genome Resequencing
產(chǎn)品編號：
產(chǎn)品價(jià)格： 0
產(chǎn)品產(chǎn)地： null
品牌商標(biāo)： null
更新時(shí)間： null
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概述?
全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測序，并在此基礎(chǔ)上對個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。它可以獲取最全的基因組信息，找到大量的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（SNP），插入缺失位點(diǎn)（InDel，Insertion/Deletion）、雜合性缺失（LOH）、拷貝數(shù)變異（CNV）以及基因組重排導(dǎo)致的結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)（SV，Structure Variation）。晶能憑借多年穩(wěn)定的信息學(xué)研究分析經(jīng)驗(yàn),可以針對各種變異進(jìn)行綜合分析;配合比較基因組學(xué)分析,群體遺傳學(xué)分析,進(jìn)化分析和計(jì)算生物學(xué)分析方法既可以用于深入探索疾病基因組的奧秘,也可以高效識別動(dòng)植物的性狀連鎖區(qū)域，為育種品種改良提供科學(xué)依據(jù)和技術(shù)支撐。
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技術(shù)路線
生物信息分析
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樣品要求
1) 樣品總量：≥ 10ug;
2) 樣品濃度：≥ 50ng/ul
3) 樣品純度：OD值260/280應(yīng)在1.8～2.0;
4) 樣品質(zhì)量：基因組完整、無降解、無污染。
5) 樣品包裝：用封口膜密封樣品，DNA低溫運(yùn)輸（-20℃）。
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應(yīng)用案例
為了充分利用近親物種的種內(nèi)多態(tài)性和差異信息，我們需要了解人自發(fā)突變的頻率和分子機(jī)制。為此Ossowski S.等人搜集到五個(gè)擬南芥全新自發(fā)突變品系，這些突變體是Col-0，一個(gè)擁有完整基因組信息的擬南芥品種單粒傳代30次后代。他們用Resequencing方法鑒定并驗(yàn)證了99個(gè)堿基替代以及17個(gè)或小或大的插入/缺失。他們的結(jié)果暗示每代每個(gè)位點(diǎn)的自發(fā)堿基替換頻率為7×10-9，其中大部分為G:C→A：T轉(zhuǎn)換。他們將這種非常有偏向性的堿基替換突變現(xiàn)象解釋為兩個(gè)主要過程的結(jié)果：甲基化胞嘧啶的脫氨基以及紫外光誘導(dǎo)的突變。
參考文獻(xiàn)
[1] Govindan R, Ding L, Griffith M,et al.Genomic landscape of non-small cell lung cancer in smokers and never-smokers. Cell, 2012, 150:1121-34.
[2] Murchison EP, Schulz-Trieglaff OB, Ning Z,et al. Genome sequencing and analysis of the Tasmanian devil and its transmissible cancer. Cell, 2012, 148:780-791.
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