高通量測序及生物信息學分析技術
產品名稱： 高通量測序及生物信息學分析技術
英文名稱： High-throughput sequencing&Bioinformatics
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上海迪奧生物科技有限公司
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高通量測序及生物信息學技術
應用服務指南
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Illumina公司的Hiseq2000，Roche公司的454和ABI公司的5500xl，Ion torrent等最新的測序平臺為廣大用戶提供了強大的下一代測序方法，為目前生物學，醫學以及功能基因組學等熱門研究領域提出了全新的應用方案。我公司在此領域擁有豐富經驗的測序及生物信息學專家，具備豐富的實驗設計、測序和生物信息分析經驗，能夠提供從方案設計到生物信息分析的整體解決方案，專門為廣大科研領域的客戶提供技術服務。目前公司服務的主要科研領域包括：微生物領域，疾病相關研究，農、林、畜牧及動植物領域的研究。
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微生物基因組的測序服務
基于新一代測序的技術路線，使細菌真菌基因組測序費用降低了很多，達到了傳統測序技術的1/5到1/10，時間也大大縮短，通過高通量測序和生物信息學分析獲得菌株的框架圖、精細圖也成為微生物專家的科研首選。我們基于新一代測序技術，推出以下微生物測序服務：
細菌基因組的測序
由于高通量測序技術的飛速發展，讓更多的實驗室可以承擔細菌基因組測序的費用，很多微生物領域的專家采用高通量測序的方式對感興趣的菌株進行測序及生物信息學分析，獲得了豐碩的科研成果。我們可提供的生物信息學服務有：基因組組裝，基因組注釋，基因功能注釋，基因功能注釋等。
真菌基因組的測序
通過基于新一代高通量測序技術的全基因組測序，可以預測真菌的重要基因和蛋白以了解其功能和可能機制；在研究病原菌的致病性與宿主相互作用方面，可以鑒定致病相關基因、開發和研究疫苗、開發新型抗菌藥物等。因為真菌基因組具有復雜的多樣性和龐大的種類（范圍可在2.5Mb~幾百Mb），因此產品解決方案非常具有技術性及個性化。
高通量測序得到數據后，我們可以進行的數據分析有：基因組組裝，基因組注釋，基因功能注釋，比較基因組分析（有近緣物種），基因預測，基因功能預測，重復序列分析，基因家族分析等；個性化分析視課題情況而定。
宏基因組測序服務介紹
宏基因組研究的對象是整個微生物群落。微生物群落里的眾多細菌是共同生長、共同影響，共同發揮其生理功能。在研究人體微生物或者環境微生物時采用宏基因組技術比單個細菌研究更能發現其特征以及行使的功能。另一方面，宏基因組研究對于眾多不能培養分離單個細菌的菌群提供了研究途徑。新一代測序技術近年來的革命性發展給宏基因組學的發展提供了重要條件，我們可以通過高通量深度測序，靈敏的檢測出微生物群落結構隨不同宿主或者外界環境的改變而發生的極其微弱的變化，對于我們研究微生物與人的關系、微生物與環境的關系有著重要的理論和現實意義。
基于新一代測序的技術路線，我們提供16S rDNA特定區域如V3，V4，或V6區的擴增和Illumina hiseq2000測序和整個基因組測序服務兩種技術路線。???
1）16S rDNA 測序
??? 將過濾后的Illumina paired-end reads 兩端重疊區域連接，構成一段完整的16S rDNA的V3，V4，或V6區序列，通過與數據庫比對，對其進行物種分類，并且根據聚類距離進行OTU分類，將OTU與物種分類相對應。
2）宏基因組測序
??? 構建插入片段在300-500bp的Illumina insert library并進行2X100的測序，根據測序結果進行一系列的生物信息學分析。比如:與已有數據庫比對，基于相關的非冗余基因集，并統計每個基因在樣品中相對豐度，基于基因的功能注釋信息，基于基因的物種注釋信息，得到各個分類級別（科、屬）的分類表等；個性化分析，視課題情況而定。
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原核轉錄組測序服務介紹
轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，通過新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息，已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。我們的生物信息學技術團隊可以完成：測序評估、基因表達注釋、基因差異表達分析、預測新轉錄本等；同時可以根據課題情況制定個性化分析內容。
動植物測序服務介紹
基于新一代測序的技術路線，使基因組測序費用降低了很多，為動植物領域的科學家提供了更好的研究工具。應用高通量技術，可以進行動植物的全基因組、轉錄組、表觀遺傳學、蛋白和基因相互作用研究等，為科學家帶來更多的新發現和成果。我們的測序專家和生物信息學專家可以提供以下技術服務：
真核轉錄組測序
轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，通過新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息，已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。通過測序獲得的數據可以進行的生物信息學分析有：基因表達注釋、基因差異表達分析、基因結構優化、鑒定基因的可變剪接、預測新的轉錄本等；我們也可結合客戶的需求，協商定制個性化信息分析內容。
MeDIP測序技術（MeDIP-Seq）
MeDIP-Seq是基于免疫富集原理進行高性價比的全基因組DNA甲基化研究?？梢砸暂^小的數據量快速有效地尋找基因組上的甲基化區域，從而比較不同細胞、組織、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異?？蓮V泛的用于大樣本量的疾病研究和分子育種研究。
ChIP測序技術（ChIP-Seq）
染色質免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipition, ChIP）是研究蛋白質與DNA相互作用的經典實驗方法，ChIP與高通量測序的結合（ChIP Sequencing）可以在全基因組范圍內對蛋白結合位點進行高效而準確地篩選與鑒定，廣泛應用于組蛋白修飾，轉錄因子調控等相關領域的研究。 ?
小RNA測序技術
小RNA為一類重要的體內調節分子，主要包括miRNA、piRNA、siRNA。它的功能主要是誘導基因沉默，參與基因轉錄后調控，從而調節細胞生長、分化，以及個體發育、生殖等重要生物學過程。
小RNA測序技術采用膠分離技術，收集樣品中18-30nt的RNA片段，利用高通量測序技術，一次性獲得單堿基分辨率的數百萬條小RNA序列信息，依托強大的生物信息分析平臺，鑒定已知小RNA，并預測新的小RNA及其靶標。
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專家團隊代表文章：
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2?The sequence and de novo assembly of the giant panda genome. Nature. Doi:10.1038. 2010.
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2?A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. Doi:10.1038/nature08821. 2010.
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2?Genomic comparison of the ants Camponotus floridanus and Harpegnathos saltator. Science. (as a co-first author). Doi: 10.1126/Science.1192428. 2010.
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2?The genome of the cucumber, Cucumis sativus L. Nature Genetics. Doi:10.1038/ng.475. 2009.
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2?Next-generation sequencing technologies and the application in microbiology. Acta Microbiologica Sinica. 2011.
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2?The whole genome sequences of four Brucella strains. B.J Bacteriol. 2011.
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2?Digital gene expression tag profiling of bat digits provides robust candidates contributing to wing formation;?BMC Genomics? 11:619.2011.
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2?Dynamic evolution of bitter taste receptor genes in vertebrates.?BMC Evolutionary Biology.2009.
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