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Applied Maths公司隆重推出了BioNumerics7.5版本。BioNumerics7.5主要的新功能包括修改了MLVA插件，計算引擎提供云計算的功能，以及全新的全基因組MLST插件；進(jìn)一步增強(qiáng)了軟件本身的性能和存儲量，以及更便捷的輸出功能。此外，我們現(xiàn)在提供了分析特征類型實(shí)驗(yàn)子文件、指紋和光譜實(shí)驗(yàn)類型、在比較窗口鏈接條目功能。如果你的興趣被激發(fā)了，請參閱下面的更詳細(xì)的概述。

7.5新功能

一般功能

1.????? 該軟件在64bit Windows上運(yùn)行，大大提高了速度和性能。

2.????? 新植入的基于SQLite數(shù)據(jù)庫引擎文件，使得數(shù)據(jù)庫容量最高可達(dá)32TB。

3.????? 用更專業(yè)的數(shù)據(jù)庫，從MS Access方便數(shù)據(jù)遷移連接新數(shù)據(jù)庫，避免了訪問2GB存儲限制的問題。

4.????? 新的預(yù)覽選項(xiàng)能夠快速導(dǎo)入模板和解析數(shù)據(jù)。

5.????? 最近使用過的導(dǎo)入程序方便地組合在一起，便于訪問。

6.????? 大大增強(qiáng)了對圖形內(nèi)容導(dǎo)出選項(xiàng)，直接輸出TIFF，PNG，PDF，SVG等格式文件成為可能。

7.????? BioNumerics數(shù)據(jù)庫之間更方便、更靈活的數(shù)據(jù)交換。

8.????? 一鍵式工具被應(yīng)用在快速啟動所選項(xiàng)目。

9.????? “不要再顯示此消息”邏輯避免了多余信息的確認(rèn)顯示。

10.?? 反饋用戶需求：新增選擇條目置頂?shù)墓δ埽ㄦI盤快捷鍵Ctrl+T）。

指紋圖譜分析

凝膠圖譜編輯

能夠?qū)?span lang="EN-US">12-bit的TIFF凝膠圖。

條帶聚類

1.????? 新的條帶編輯窗口提供了一個簡單的工具，使得預(yù)定義的子集條帶進(jìn)行聚類分析和統(tǒng)計檢驗(yàn)。

2.????? 自定義字段可用于存儲條帶的元數(shù)據(jù)。

毛細(xì)管序列數(shù)據(jù)的導(dǎo)入和分析

1.????? 更靈活地導(dǎo)入毛細(xì)管電泳圖。

2.????? 能夠分開設(shè)置被導(dǎo)入的參考泳道（包括maker大小）和數(shù)據(jù)泳道。

3.????? 更簡單的手動編輯在曲線處理器窗口的條帶選擇。

特征

新的特征窗口允許用戶更方便地在預(yù)定義的特征子集上切換。

序列分析

Sanger序列

1.????? 序列文件更穩(wěn)定的批量導(dǎo)入和組裝。

2.????? 現(xiàn)存的序列組裝能被重新修飾和重新組裝而不需要再次導(dǎo)入文件。

3.????? FASTA格式的文件可以導(dǎo)入并組裝在BioNumerics編輯器中。

二代測序

1.????? 當(dāng)使用已知的參考序列以協(xié)助組裝，用新圖譜去參考運(yùn)算，圖譜會相對于參考序列的位置讀取參考序列，這對SNP分析非常有價值。

2.????? 基因組序列的靈活顯示，用多重通道和定制曲線在新的圓形基因組瀏覽器。

3.????? 新的SAM/ BAM文件的導(dǎo)入使用戶可以充分利用BioNumerics后處理能力為現(xiàn)有的序列組裝。

趨勢類型

能夠從Biolog的Omnilog儀器導(dǎo)入和分析表型數(shù)據(jù)。

插件

MLVA插件

在BN7.5中MLVA插件有一個比較大的改版：

1.????? 無縫集成指紋曲線處理窗口。

2.????? 多重MLVA模式可以被每個數(shù)據(jù)庫使用，其特別用在含有約一個以上細(xì)菌種類的信息數(shù)據(jù)庫中。

3.????? 一個新的MLVA管理窗口更方便的管理MLVA模式、VNTR定義和作圖。

4.????? 更方便的拖拉編輯VNTR bins。

5.????? 新的功能導(dǎo)入/輸出MLVA模式和VNTR模型，促進(jìn)peer-to-peer數(shù)據(jù)交換。

6.????? 使用來自不同廠商的實(shí)驗(yàn)室毛細(xì)管電泳設(shè)備，多種儀器類型可以被定義并用MLVA架構(gòu)相關(guān)聯(lián)。

7.????? “MLVA typing”工具，設(shè)定VNTR maker的重復(fù)數(shù)，類似于MLST使用過程。

8.????? 當(dāng)雙VNTR等位基因觀察到，在新的插件現(xiàn)在可以通過字符映射相似矩陣處理雙VNTR分配。

RDP插件

直接查詢在線核糖體數(shù)據(jù)庫項(xiàng)目（RDP），方便基于16S rDNA序列菌株的分類學(xué)鑒定。

全基因組MLST插件

1.????? 隨著二代測序正日益取代Sanger測序，常規(guī)MLST正逐步延伸到整個基因組MLST（wgMLST），提供更高的分辨率。被給的數(shù)據(jù)和需求量的運(yùn)算，我們開發(fā)了具有集成的計算引擎和外部存儲的自動pipeline，所以它仍然有良好的計算機(jī)客戶端。

2.????? 高要求的計算，例如De novo組裝可在外部計算引擎來執(zhí)行。這里的選擇是建立虛擬的無付費(fèi)使用的云計算解決方案之間提供（例如，通過Amazon）或本地部署如計算機(jī)集群上（需要自定義服務(wù)）。只有wgMLST等位基因配置文件存儲在所述BioNumerics數(shù)據(jù)庫，得到一個lightweight and responsive菌株數(shù)據(jù)庫。

3.????? 序列讀取集導(dǎo)入序列（羅氏454?，Illumina?，PacBio?，IonTorrent?）和不同來源（NCBI，EMBL-EBI，Illumina?Basespace?或Amazon S3）。

4.????? 序列讀取集可以導(dǎo)入鏈接到這些網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫，繞過上傳、下載等繁瑣步驟。

5.????? 計算機(jī)批量處理功能，在計算讀取數(shù)據(jù)、進(jìn)行從頭組裝、檢測位點(diǎn)的存在和同時使用裝配型和自由組裝方法進(jìn)行等位基因的標(biāo)識。

6.????? 預(yù)覽和管理用戶提交的作業(yè)內(nèi)容、提交時間、作業(yè)狀態(tài)和進(jìn)度的詳細(xì)信息，提交作業(yè)和管理通過概述窗口訪問，在工作雙擊顯示作業(yè)日志信息。

7.????? 作業(yè)結(jié)果在一次處理數(shù)據(jù)庫的導(dǎo)入結(jié)束，自動聯(lián)動相應(yīng)的條目信息。

8.????? 質(zhì)量評估wgMLST結(jié)果，包括不完善的、新的等位基因的比對，復(fù)等位基因匹配或非相關(guān)等位基因比對。

9.????? 向服務(wù)器提交新的等位基因。

10.?? wgMLST樣本數(shù)據(jù)庫和在服務(wù)器端定義的wgMLST同步。

11.?? 序列類型和克隆復(fù)雜的信息自動分配。

12.?? 靈活的樣品報告在數(shù)據(jù)庫中定義的不同亞型wgMLST方案。

13.?? 計算和顯示分區(qū)的克隆群，并使用BioNumerics豐富的統(tǒng)計工具。

聚類和比對

1.????? 字符、峰類和條帶的子集可以被可視化，在后續(xù)各種分析中使用。

2.????? 工具欄的字符類型實(shí)驗(yàn)中一個額外的下拉列表允許用戶選擇一個字段的字符標(biāo)簽。

3.????? 創(chuàng)建on-the-fly本地數(shù)據(jù)集直接內(nèi)置在比對窗口，加快合成分析工作流程。

4.????? 大大增強(qiáng)了對樹狀圖等圖形內(nèi)容導(dǎo)出選項(xiàng)。直接出口到TIFF，PNG，PDF，SVG等文件成為可能。

5.????? 打印預(yù)覽窗口的布局可以保存為重復(fù)使用的模板。

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