Applied Maths公司隆重推出了BioNumerics7.5版本。BioNumerics7.5主要的新功能包括修改了MLVA插件，計算引擎提供云計算的功能，以及全新的全基因組MLST插件；進一步增強了軟件本身的性能和存儲量，以及更便捷的輸出功能。此外，我們現在提供了分析特征類型實驗子文件、指紋和光譜實驗類型、在比較窗口鏈接條目功能。如果你的興趣被激發了，請參閱下面的更詳細的概述。

7.5新功能

一般功能

1.????? 該軟件在64bit Windows上運行，大大提高了速度和性能。

2.????? 新植入的基于SQLite數據庫引擎文件，使得數據庫容量最高可達32TB。

3.????? 用更專業的數據庫，從MS Access方便數據遷移連接新數據庫，避免了訪問2GB存儲限制的問題。

4.????? 新的預覽選項能夠快速導入模板和解析數據。

5.????? 最近使用過的導入程序方便地組合在一起，便于訪問。

6.????? 大大增強了對圖形內容導出選項，直接輸出TIFF，PNG，PDF，SVG等格式文件成為可能。

7.????? BioNumerics數據庫之間更方便、更靈活的數據交換。

8.????? 一鍵式工具被應用在快速啟動所選項目。

9.????? “不要再顯示此消息”邏輯避免了多余信息的確認顯示。

10.?? 反饋用戶需求：新增選擇條目置頂的功能（鍵盤快捷鍵Ctrl+T）。

指紋圖譜分析

凝膠圖譜編輯

能夠導入12-bit的TIFF凝膠圖。

條帶聚類

1.????? 新的條帶編輯窗口提供了一個簡單的工具，使得預定義的子集條帶進行聚類分析和統計檢驗。

2.????? 自定義字段可用于存儲條帶的元數據。

毛細管序列數據的導入和分析

1.????? 更靈活地導入毛細管電泳圖。

2.????? 能夠分開設置被導入的參考泳道（包括maker大?。┖蛿祿镜?。

3.????? 更簡單的手動編輯在曲線處理器窗口的條帶選擇。

特征

新的特征窗口允許用戶更方便地在預定義的特征子集上切換。

序列分析

Sanger序列

1.????? 序列文件更穩定的批量導入和組裝。

2.????? 現存的序列組裝能被重新修飾和重新組裝而不需要再次導入文件。

3.????? FASTA格式的文件可以導入并組裝在BioNumerics編輯器中。

二代測序

1.????? 當使用已知的參考序列以協助組裝，用新圖譜去參考運算，圖譜會相對于參考序列的位置讀取參考序列，這對SNP分析非常有價值。

2.????? 基因組序列的靈活顯示，用多重通道和定制曲線在新的圓形基因組瀏覽器。

3.????? 新的SAM/ BAM文件的導入使用戶可以充分利用BioNumerics后處理能力為現有的序列組裝。

趨勢類型

能夠從Biolog的Omnilog儀器導入和分析表型數據。

插件

MLVA插件

在BN7.5中MLVA插件有一個比較大的改版：

1.????? 無縫集成指紋曲線處理窗口。

2.????? 多重MLVA模式可以被每個數據庫使用，其特別用在含有約一個以上細菌種類的信息數據庫中。

3.????? 一個新的MLVA管理窗口更方便的管理MLVA模式、VNTR定義和作圖。

4.????? 更方便的拖拉編輯VNTR bins。

5.????? 新的功能導入/輸出MLVA模式和VNTR模型，促進peer-to-peer數據交換。

6.????? 使用來自不同廠商的實驗室毛細管電泳設備，多種儀器類型可以被定義并用MLVA架構相關聯。

7.????? “MLVA typing”工具，設定VNTR maker的重復數，類似于MLST使用過程。

8.????? 當雙VNTR等位基因觀察到，在新的插件現在可以通過字符映射相似矩陣處理雙VNTR分配。

RDP插件

直接查詢在線核糖體數據庫項目（RDP），方便基于16S rDNA序列菌株的分類學鑒定。

全基因組MLST插件

1.????? 隨著二代測序正日益取代Sanger測序，常規MLST正逐步延伸到整個基因組MLST（wgMLST），提供更高的分辨率。被給的數據和需求量的運算，我們開發了具有集成的計算引擎和外部存儲的自動pipeline，所以它仍然有良好的計算機客戶端。

2.????? 高要求的計算，例如De novo組裝可在外部計算引擎來執行。這里的選擇是建立虛擬的無付費使用的云計算解決方案之間提供（例如，通過Amazon）或本地部署如計算機集群上（需要自定義服務）。只有wgMLST等位基因配置文件存儲在所述BioNumerics數據庫，得到一個lightweight and responsive菌株數據庫。

3.????? 序列讀取集導入序列（羅氏454?，Illumina?，PacBio?，IonTorrent?）和不同來源（NCBI，EMBL-EBI，Illumina?Basespace?或Amazon S3）。

4.????? 序列讀取集可以導入鏈接到這些網上數據庫，繞過上傳、下載等繁瑣步驟。

5.????? 計算機批量處理功能，在計算讀取數據、進行從頭組裝、檢測位點的存在和同時使用裝配型和自由組裝方法進行等位基因的標識。

6.????? 預覽和管理用戶提交的作業內容、提交時間、作業狀態和進度的詳細信息，提交作業和管理通過概述窗口訪問，在工作雙擊顯示作業日志信息。

7.????? 作業結果在一次處理數據庫的導入結束，自動聯動相應的條目信息。

8.????? 質量評估wgMLST結果，包括不完善的、新的等位基因的比對，復等位基因匹配或非相關等位基因比對。

9.????? 向服務器提交新的等位基因。

10.?? wgMLST樣本數據庫和在服務器端定義的wgMLST同步。

11.?? 序列類型和克隆復雜的信息自動分配。

12.?? 靈活的樣品報告在數據庫中定義的不同亞型wgMLST方案。

13.?? 計算和顯示分區的克隆群，并使用BioNumerics豐富的統計工具。

聚類和比對

1.????? 字符、峰類和條帶的子集可以被可視化，在后續各種分析中使用。

2.????? 工具欄的字符類型實驗中一個額外的下拉列表允許用戶選擇一個字段的字符標簽。

3.????? 創建on-the-fly本地數據集直接內置在比對窗口，加快合成分析工作流程。

4.????? 大大增強了對樹狀圖等圖形內容導出選項。直接出口到TIFF，PNG，PDF，SVG等文件成為可能。

5.????? 打印預覽窗口的布局可以保存為重復使用的模板。

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