金唯智密碼子優化參數

????Codon OptimWiz平臺致力于在密碼子優化，綜合考慮以下因素以獲得最優表達效果。

• 稀有密碼子
  每個氨基酸平均有三個對應密碼子，這使得不同的核苷酸序列可以編碼出相同的氨基酸序列，而編碼同一氨基酸的不同的密碼子在不同的生物和不同基因中的使用頻率有著顯著的差異，這與在細胞中相應的tRNA的濃度是呈正相關的。使用頻率極低的就是該物種或基因的稀有密碼子，稀有密碼子的使用已經被證實為阻礙基因表達的一個重要因素，因此去除稀有密碼子成為現有的密碼子優化軟件考慮的關鍵因素。
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  參考文獻：Plotkin, J.B. and Kudla, G. 2010, Synonymous but not the same: the causes and consequences of codon bias,Nat. Rev. Genet., 12, 32–42.
• RNA二級結構
  mRNA二級結構是影響翻譯過程的重要因素，復雜穩定的二級結構會阻止翻譯過程順利進行，尤其是RBS附近的二級結構。雖然mRNA的二級結構預測是一個復雜的過程，但我們可以采取更加有效的辦法通過避免反向重復序列的出現進行密碼子優化。
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  參考文獻：de Smit MH, van Duin J. Secondary structure of the ribosome binding site determines translational efficiency: a quantitative analysis. Proc Natl Acad Sci U S A. 1990; 87:7668–7672.
• 剪切位點的去除
  去除內含子屬性的剪接位點，提高蛋白表達成功率。
  參考文獻：Pagani F, Raponi M, Baralle FE. Synonymous mutations in CFTR exon 12 affect splicing and are not neutral in evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005; 102:6368–6372.
• 限制性內切酶位點
  根據合成目的，添加或去除特定的限制性內切酶位點。
• GC含量
  基因合成過程中，均勻的退火溫度是非常重要的，而GC含量的分布是直接影響退火溫度的因素。三聯體密碼子的第三位置的GC含量與嚙齒類動物的mRNA表達水平之間存在正相關的關系。
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• 特定功能的Motif的添加或刪除
  許多有特定功能的Motif與基因表達有著密切關系，如增強子、Shine-Dalgarno box、TATA box、RNA聚合酶結合位點等順式作用元件，這些序列對外源基因表達有促進或抑制的作用，因此根據實際情況和客戶需求需要添加和刪除此類序列。