轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）服務(wù)(illumina solexa高通量測序)-分子生物學(xué)服務(wù) -技術(shù)服務(wù)-生物在線

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轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）服務(wù)(illumina solexa高通量測序)

轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）服務(wù)(illumina solexa高通量測序)

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產(chǎn)品名稱： 轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）服務(wù)(illumina solexa高通量測序)

英文名稱： illumina solexa hise2000

產(chǎn)品編號：

產(chǎn)品價格： 詢價13732202380,QQ35431734

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轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)，利用Illumina大規(guī)模測定mRNA序列獲得轉(zhuǎn)錄本信息，該技術(shù)具有通量高、覆蓋范圍廣、精度高等特點(diǎn)。其不依賴于基因組參考序列，使所有生物都可以成為研究對象，同時能夠在全基因組范圍內(nèi)檢測真核細(xì)胞中廣泛存在的可變剪切現(xiàn)象，為轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)研究、基因轉(zhuǎn)錄水平研究、全新轉(zhuǎn)錄區(qū)域研究等提供重要的研究工具。通過Illumina新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本及基因序列，已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。

●技術(shù)路線：

●分析流程

●服務(wù)說明

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樣品濃度≥200ng/ul，OD260/280為1.8-2.2，總RNA含量≥20ug，干冰運(yùn)輸

●參考文獻(xiàn)

1、Fan H,?et al. Deep?Sequencing-Based?Transcriptome Profiling?Reveals Comprehensive?Insights

?into the Responses?ofNicotiana?benthamiana?to?Beet?necrotic?yellow?vein?virus?Infections?

Containing?or?Lacking?RNA4. PLoS One.?2014; 9(1):e85284.

2、Wang XC,?et al. Global?transcriptome?profiles of?Camellia?sinensis?during?cold?acclimation. BMC Genomics.?2013; 14:415.

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3、Zhai R,?et al. Transcriptome?analysis?of?rice?root?heterosis?by?RNA-Seq.BMC Genomics.?2013; 14:19.

群體轉(zhuǎn)錄組測序

??????? DH群體或F2群體測序

1.???????? 構(gòu)建連鎖群

2.???????? 直接定位QTL

3.???????? eQTL定位

4.???????? 表達(dá)驗(yàn)證

??????? 多品種群體測序

1. GWAS分析

2. 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)

3. 基因變異分析

??????? 定位群體轉(zhuǎn)錄組測序

1.親本測序深度8G左右

2.比較SNP和Indel信息

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群體轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢

1.在獲得表達(dá)數(shù)據(jù)的同時可以獲得序列變異信息

2.序列數(shù)據(jù)均位于基因編碼區(qū)段

3.高精度SNP數(shù)據(jù)足以用于構(gòu)建遺傳圖譜

4.可用于無參考基因組或基因巨大重測序成本較高的物種，即便多倍體等復(fù)雜基因組也適合

5.便于后續(xù)對功能基因的表達(dá)分析和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

6.能進(jìn)行eQTL定位和研究

7.自然群體轉(zhuǎn)錄組測序還可進(jìn)行人工馴化基因的研究

參考文獻(xiàn)

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1、Harper AL,et al.Associative?transcriptomics?of traits in the polyploid crop species?Brassica napus. Nat Biotechnol.?2012 Aug;30(8):798-802.

全長轉(zhuǎn)錄組測序

轉(zhuǎn)錄組研究是理解生命過程必不可少的工具之一。然而由于第二代測序平臺的諸多限制，其拼接出的轉(zhuǎn)錄本通常并不完整，且進(jìn)行expression analysis時普遍存在偏差性。

目前最新的PacBio RS II平臺的平均讀長已達(dá)到5-8kb，其長度大大超過一般轉(zhuǎn)錄組中典型基因的長度(如1-3kb)，因此，如果將PacBio平臺應(yīng)用于RNA-seq，大部分轉(zhuǎn)錄本可以直接測通為全長的轉(zhuǎn)錄本。

我們利用第三代測序平臺PacBio RS II，可以直接得到從5’端到3’端的高質(zhì)量全長轉(zhuǎn)錄本信息。同時結(jié)合第二代測序低價格、海量數(shù)據(jù)、高準(zhǔn)確率讀長等優(yōu)點(diǎn)，從而高性價比地得到基因的全長isoforms序列，同時使得isoforms定量更加可信，大大縮短后續(xù)的應(yīng)用分析時間。

參考文獻(xiàn) ?

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1、Sharon, Donald, et al. "A single-molecule long-read survey of the human transcriptome." Nature biotechnology 31.11 (2013): 1009-1014

單細(xì)胞測序

我們采用美國Clontech公司原裝試劑盒，能夠?qū)φ婧松锏膯蝹€細(xì)胞、微量細(xì)胞（幾個到幾千個）和微量Total RNA（10 pg–10 ng）中含PolyA尾的RNA全長進(jìn)行準(zhǔn)確而高效地擴(kuò)增，擴(kuò)增后的cDNA片段適用于Illumina建庫測序平臺，為單細(xì)胞樣本的RNA-seq分析提供了利器。

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參考文獻(xiàn)

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1、Yan L, et al. Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos andembryonic stem cells. Nat Struct Mol Biol. 2013, 20(9): 1131-1139.

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