轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，利用Illumina大規模測定mRNA序列獲得轉錄本信息，該技術具有通量高、覆蓋范圍廣、精度高等特點。其不依賴于基因組參考序列，使所有生物都可以成為研究對象，同時能夠在全基因組范圍內檢測真核細胞中廣泛存在的可變剪切現象，為轉錄本的結構研究、基因轉錄水平研究、全新轉錄區域研究等提供重要的研究工具。通過Illumina新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本及基因序列，已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。

●技術路線：

●分析流程

●服務說明

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樣品濃度≥200ng/ul，OD_260/280為1.8-2.2，總RNA含量≥20ug，干冰運輸

●參考文獻

1、Fan H,?et al. Deep?Sequencing-Based?Transcriptome Profiling?Reveals Comprehensive?Insights

?into the Responses?ofNicotiana?benthamiana?to?Beet?necrotic?yellow?vein?virus?Infections?

Containing?or?Lacking?RNA4. PLoS One.?2014; 9(1):e85284.

2、Wang XC,?et al. Global?transcriptome?profiles of?Camellia?sinensis?during?cold?acclimation. BMC Genomics.?2013; 14:415.

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3、Zhai R,?et al. Transcriptome?analysis?of?rice?root?heterosis?by?RNA-Seq.BMC Genomics.?2013; 14:19.

群體轉錄組測序

??????? DH群體或F2群體測序

1.???????? 構建連鎖群

2.???????? 直接定位QTL

3.???????? eQTL定位

4.???????? 表達驗證

??????? 多品種群體測序

1. GWAS分析

2. 共表達網絡

3. 基因變異分析

??????? 定位群體轉錄組測序

1.親本測序深度8G左右

2.比較SNP和Indel信息

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群體轉錄組測序的優勢

1.在獲得表達數據的同時可以獲得序列變異信息

2.序列數據均位于基因編碼區段

3.高精度SNP數據足以用于構建遺傳圖譜

4.可用于無參考基因組或基因巨大重測序成本較高的物種，即便多倍體等復雜基因組也適合

5.便于后續對功能基因的表達分析和調控網絡的構建

6.能進行eQTL定位和研究

7.自然群體轉錄組測序還可進行人工馴化基因的研究

參考文獻

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1、Harper AL,et al.Associative?transcriptomics?of traits in the polyploid crop species?Brassica napus. Nat Biotechnol.?2012 Aug;30(8):798-802.

全長轉錄組測序

轉錄組研究是理解生命過程必不可少的工具之一。然而由于第二代測序平臺的諸多限制，其拼接出的轉錄本通常并不完整，且進行expression analysis時普遍存在偏差性。

目前最新的PacBio RS II平臺的平均讀長已達到5-8kb，其長度大大超過一般轉錄組中典型基因的長度(如1-3kb)，因此，如果將PacBio平臺應用于RNA-seq，大部分轉錄本可以直接測通為全長的轉錄本。

我們利用第三代測序平臺PacBio RS II，可以直接得到從5’端到3’端的高質量全長轉錄本信息。同時結合第二代測序低價格、海量數據、高準確率讀長等優點，從而高性價比地得到基因的全長isoforms序列，同時使得isoforms定量更加可信，大大縮短后續的應用分析時間。

參考文獻 ?

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1、Sharon, Donald, et al. "A single-molecule long-read survey of the human transcriptome." Nature biotechnology 31.11 (2013): 1009-1014

單細胞測序

我們采用美國Clontech公司原裝試劑盒，能夠對真核生物的單個細胞、微量細胞（幾個到幾千個）和微量Total RNA（10 pg–10 ng）中含PolyA尾的RNA全長進行準確而高效地擴增，擴增后的cDNA片段適用于Illumina建庫測序平臺，為單細胞樣本的RNA-seq分析提供了利器。

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參考文獻

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1、Yan L, et al. Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos andembryonic stem cells. Nat Struct Mol Biol. 2013, 20(9): 1131-1139.

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