新物種全轉(zhuǎn)錄組測序
產(chǎn)品名稱： 新物種全轉(zhuǎn)錄組測序
英文名稱： De novo RNA-seq
產(chǎn)品編號(hào)：
產(chǎn)品價(jià)格： 詢價(jià)
產(chǎn)品產(chǎn)地： null
品牌商標(biāo)： null
更新時(shí)間： null
使用范圍： null
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?轉(zhuǎn)錄組de?novo測序是指不依賴于任何已知轉(zhuǎn)錄組序列信息對(duì)某個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序，然后應(yīng)用生物信息學(xué)手段對(duì)測序序列進(jìn)行拼接和組裝，最終獲得該物種轉(zhuǎn)錄組序列圖譜。
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技術(shù)路線
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生物信息分析模塊
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RNASeq-C01 |
測序質(zhì)量評(píng)估(QC) |
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RNASeq-C02 |
de?novo?RNA-Seq?轉(zhuǎn)錄組異構(gòu)體組裝拼接 |
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RNASeq-C03 |
de?novo?RNA-Seq?拼接組裝結(jié)果基本數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與評(píng)價(jià) |
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RNASeq-C04 |
UniGene?注釋分析：UniProt蛋白質(zhì)同源比對(duì)分析 |
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RNASeq-C05 |
UniGene?注釋分析：GO注釋分析 |
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RNASeq-C06 |
UniGene?注釋分析：Pathway生物通路分析 |
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RNASeq-C07 |
編碼蛋白框（ORF/CDS）預(yù)測與基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化 |
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RNASeq-C08 |
Unigene?基因表達(dá)差異分析 |
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其他 |
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樣品要求
1）樣品類型：細(xì)胞、新鮮組織或RNA樣品。
2）樣品量：細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?/font>1×107個(gè)細(xì)胞，組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?/font>300mg的組織塊或切片，RNA樣品請(qǐng)?zhí)峁?/font>10?μg以上的總RNA。
3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA?OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥?500?ng/μl，28S:18S?≥?1.5，RIN?≥7。
4）樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
5）樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5?ml管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。
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應(yīng)用案例
基因組序列未知的物種，通過轉(zhuǎn)錄組de?novo測序研究轉(zhuǎn)錄本序列和基因表達(dá)情，深入研究目標(biāo)性狀形成的分子機(jī)制，并可開發(fā)cDNA、SSRs、cSSRs標(biāo)記。
甘薯的塊狀根是重要農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)生物器官，可以作為人類主食、動(dòng)物飼料、工業(yè)原材料或生產(chǎn)乙醇原料。因此，對(duì)甘薯這種重要經(jīng)濟(jì)物種的深入研究十分必要。然而，到目前為止，因?yàn)槿鄙儆杏玫母适砘驍?shù)據(jù)庫，加上甘薯是六倍體，本身在基因組組裝上有一定難度，這些制約了甘薯分子生物學(xué)研究的發(fā)展。
利用Illumina的?HiSeq?2000第二代測序平臺(tái)建立了第一個(gè)甘薯轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫，開發(fā)了cSSRs標(biāo)記，用于甘薯育種。研究結(jié)果表明基于Illumina?HiSeq?2000的雙末端測序的轉(zhuǎn)錄組分析可在非模式物種特別是在基因組大且復(fù)雜的物種中能有效地用于新基因發(fā)現(xiàn)和新的分子標(biāo)記的開發(fā)。
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參考文獻(xiàn)
[1]?Wang?Z,?Fang?B,?et?al.?De?novo?assembly?and?characterization?of?root?transcriptome?using?Illumina?paired-end?sequencing?and?development?of?cSSR?markers?in?sweetpotato?(Ipomoea?batatas).?BMC?Genomics.?2010.
[2]?Crawford?JE,?Guelbeogo?WM,?Sanou?A,?et?al.?De?novo?transcriptome?sequencing?in?Anopheles?funestus?using?Illumina?RNA-seq?technology.2010，PLoS?One.5:e14202.