新物種全轉錄組測序
產品名稱： 新物種全轉錄組測序
英文名稱： De novo RNA-seq
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?轉錄組de?novo測序是指不依賴于任何已知轉錄組序列信息對某個物種的轉錄組進行測序，然后應用生物信息學手段對測序序列進行拼接和組裝，最終獲得該物種轉錄組序列圖譜。
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技術路線
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生物信息分析模塊
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RNASeq-C01 |
測序質量評估(QC) |
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RNASeq-C02 |
de?novo?RNA-Seq?轉錄組異構體組裝拼接 |
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RNASeq-C03 |
de?novo?RNA-Seq?拼接組裝結果基本數據統計與評價 |
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RNASeq-C04 |
UniGene?注釋分析：UniProt蛋白質同源比對分析 |
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RNASeq-C05 |
UniGene?注釋分析：GO注釋分析 |
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RNASeq-C06 |
UniGene?注釋分析：Pathway生物通路分析 |
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RNASeq-C07 |
編碼蛋白框（ORF/CDS）預測與基因結構優化 |
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RNASeq-C08 |
Unigene?基因表達差異分析 |
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其他 |
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樣品要求
1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。
2）樣品量：細胞樣品請提供至少1×107個細胞，組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片，RNA樣品請提供10?μg以上的總RNA。
3）樣品質量：RNA無明顯降解，提取的總RNA?OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥?500?ng/μl，28S:18S?≥?1.5，RIN?≥7。
4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。
5）樣品運輸：樣品置于1.5?ml管中，封口膜封好，干冰運輸。
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應用案例
基因組序列未知的物種，通過轉錄組de?novo測序研究轉錄本序列和基因表達情，深入研究目標性狀形成的分子機制，并可開發cDNA、SSRs、cSSRs標記。
甘薯的塊狀根是重要農業經濟生物器官，可以作為人類主食、動物飼料、工業原材料或生產乙醇原料。因此，對甘薯這種重要經濟物種的深入研究十分必要。然而，到目前為止，因為缺少有用的甘薯基因數據庫，加上甘薯是六倍體，本身在基因組組裝上有一定難度，這些制約了甘薯分子生物學研究的發展。
利用Illumina的?HiSeq?2000第二代測序平臺建立了第一個甘薯轉錄組數據庫，開發了cSSRs標記，用于甘薯育種。研究結果表明基于Illumina?HiSeq?2000的雙末端測序的轉錄組分析可在非模式物種特別是在基因組大且復雜的物種中能有效地用于新基因發現和新的分子標記的開發。
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參考文獻
[1]?Wang?Z,?Fang?B,?et?al.?De?novo?assembly?and?characterization?of?root?transcriptome?using?Illumina?paired-end?sequencing?and?development?of?cSSR?markers?in?sweetpotato?(Ipomoea?batatas).?BMC?Genomics.?2010.
[2]?Crawford?JE,?Guelbeogo?WM,?Sanou?A,?et?al.?De?novo?transcriptome?sequencing?in?Anopheles?funestus?using?Illumina?RNA-seq?technology.2010，PLoS?One.5:e14202.