???小RNA是一類重要的體內調節分子，主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是誘導基因沉默，參與基因轉錄后調控，從而調節細胞生長、分化，以及個體發育、生殖等重要生物學過程。小RNA測序技術采用膠分離技術，收集樣品中18-30nt的RNA片段，利用高通量測序技術，一次性獲得單堿基分辨率的數百萬條小RNA序列信息，依托強大的生物信息分析平臺，鑒定已知小RNA，并預測新的小RNA及其靶標基因。

技術優勢

1. 通量高：一次測序得到500萬條以上的序列；
2. 分辨率高：可以檢測小 RNA單個堿基的差異；
3. 精準度高：從幾個到數十萬個拷貝精確計數；
4. 不依賴已知信息：既能鑒定已知小RNA，又能發現新小RNA；
5. 可重復性高：深度測序保證了抽樣隨機性，重復性非常好，無需重復實驗。

研究內容

?? ? ? ?基于Illumina HiSeq^TM 2000高通量測序技術的小RNA數字化分析，采用邊合成邊測序的方法，可減少二級結構造成的區域缺失。該技術可以對高質量序列進行序列長度分布的統計及樣品間公共序列統計，將篩選后的高質量序列分類注釋，從而獲得樣品中包含的各組分及表達量信息，并對所有小RNA片段進行注釋，對新的miRNA則進行靶基因預測。

一、標準信息分析

1. 數據產出統計，對原始測序數據去接頭污染，去低質量reads；
2. 18~30 nt 小RNA 測序結果的長度分布；
3. 樣品間的公共序列和特異序列的分析；
4. 小RNA在選定的參考基因組上的分布；
5. 小RNA與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比對信息；
6. 小RNA與重復序列的比對信息；
7. 小RNA與外顯子或內含子的比對信息；
8. 小RNA與miRBase 中指定范圍的已知的 miRNA的比對；
9. 按照優先級將小RNA進行分類注釋；
10. 利用 Mireap 對沒有注釋的small RNA進行預測，預測新的miRNA，繪制新的miRNA 的二級結構圖；
11. 已知miRNA的表達譜構建；
12. 已知miRNA 的家族分析。

二、高級信息分析（基于標準分析）

1. 已知miRNA和novel miRNA的靶基因預測；
2. 已知miRNA和Novel miRNA靶基因GO注釋和KEGG；
3. 已知miRNA的堿基編輯分析；
4. 已知 miRNA 差異分析和聚類分析；
5. Novel miRNA 差異分析（2個或2個以上樣品）和聚類分析；
6. 差異miRNA 靶基因預測；
7. 差異miRNA 靶基因GO 注釋和KEGG 通路分析。

三、定制化信息分析

可結合客戶的材料與需求，協商確定定制化信息分析內容。