Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina(pA-Tn5)-文庫及構(gòu)建-試劑-生物在線

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Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina(pA-Tn5)

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina(pA-Tn5)

商家詢價(jià)

產(chǎn)品名稱: Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina(pA-Tn5)

英文名稱: Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina(pA-Tn5)

產(chǎn)品編號: TD902

產(chǎn)品價(jià)格: 0

產(chǎn)品產(chǎn)地: 南京

品牌商標(biāo): Vazyme

更新時(shí)間: 2023-09-20T18:40:31

使用范圍: null

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操作簡單:可一步實(shí)現(xiàn)DNA的片段化和接頭連接,僅需9 h即可實(shí)現(xiàn)從細(xì)胞到二代測序文庫的轉(zhuǎn)化

超高活性:兼具Protein A&Tn5活性,DN**段化活性極高

細(xì)胞起始量低:可兼容低至60個(gè)細(xì)胞,甚至單細(xì)胞

純度高:蛋白純度高、核酸殘留低

1. CUT&Tag技術(shù)原理及應(yīng)用

CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是替換傳統(tǒng)的ChIP-Seq用以研究蛋白質(zhì)-基因組互作的新技術(shù),與后者相比,它具有顯著優(yōu)勢,如:信噪比高,可重復(fù)性好,實(shí)驗(yàn)周期短(1天實(shí)現(xiàn)從細(xì)胞到文庫構(gòu)建),細(xì)胞投入量低等,尤其適用于早期胚胎發(fā)育、干細(xì)胞、腫瘤以及表觀遺傳學(xué)等研究領(lǐng)域。

CUT&Tag技術(shù)的實(shí)驗(yàn)流程簡單,主要包括:①收集細(xì)胞;②分別孵育一抗和二抗;③孵育pA/pG-Tn5轉(zhuǎn)座子(Hyperactive??pA/pG-Tn5 Transposon);④激活轉(zhuǎn)座子,進(jìn)行DN**段化;⑤DNA提取;⑥文庫擴(kuò)增與純化。

2. 轉(zhuǎn)座子活性高

A:基因組DNA打斷效果

如圖所示,分別使用Vazyme #TD902中提供的pA-Tn5轉(zhuǎn)座子與市售轉(zhuǎn)座子(來自N公司)進(jìn)行活性檢測;投入50 ng人基因組DNA,各取1 μl轉(zhuǎn)座子進(jìn)行DN**段化(10 min),可以看出,Vazyme #TD902中的pA-Tn5融合酶切割DNA活性很高,文庫產(chǎn)量顯著高于N公司。

B:活細(xì)胞CUT&Tag實(shí)驗(yàn)?

10,000 cells-Vazyme pA-Tn5

?10,000 cells-N

如圖B所示,投入10,000個(gè)HEK293細(xì)胞,分別使用Vazyme #TD902中提供的pA-Tn5轉(zhuǎn)座子與市售轉(zhuǎn)座子(來自N公司),按照各自說明書推薦的反應(yīng)體系進(jìn)行CUT&Tag實(shí)驗(yàn);其中,pA-Tn5轉(zhuǎn)座子使用的終濃度為0.04 μM,N公司轉(zhuǎn)座子按照1:100進(jìn)行稀釋,一抗為H3K27me3(CST,#9733),二抗為Goat anti Rabbit(Bioworld,#BS13271)。通過使用Agilent 2100 Bioanalyzer進(jìn)行文庫分布檢測,結(jié)果顯示,Vazyme的pA-Tn5轉(zhuǎn)座子切割活性明顯高于N公司,可構(gòu)建出與文獻(xiàn)報(bào)道類似Ladder狀CUT&Tag文庫。

C: Peak 富集

如圖C所示:將圖B中的CUT&Tag文庫進(jìn)行二代測序分析,可以看出,使用Vazyme #TD902獲得的文庫信噪比顯著高于N公司的文庫。

3. 實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好

如上圖所示,投入不同起始量(1,000、10,000或100,000)的HEK293細(xì)胞,每種起始量做2個(gè)重復(fù),按照Vazyme #TD902說明書推薦的反應(yīng)體系進(jìn)行CUT&Tag實(shí)驗(yàn);其中,pA-Tn5轉(zhuǎn)座子使用的終濃度為0.04 μM,一抗為H3K27me3(CST,#9733),二抗為Goat anti Rabbit(Bioworld,#BS13271),陰性對照為與一抗同源的IgG(CST,#2729)。對上述文庫樣本進(jìn)行二代測序,針對富集的reads進(jìn)行pearson相關(guān)性分析,可以看出,平行樣本之間的重復(fù)性較好。

Hyperactive??In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina是針對CUT&Tag技術(shù)定向開發(fā)的專用試劑盒。CUT&Tag技術(shù)是一種研究蛋白質(zhì)-DNA互作的新方法,通過將Protein G或Protein A與經(jīng)過工程學(xué)改造的超高活性Tn5轉(zhuǎn)座酶融合,形成兼具雙重活性的新型融合酶(Hyperactive??pG-Tn5/pA-Tn5 Transposase),在抗體引導(dǎo)下精準(zhǔn)靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。與傳統(tǒng)的ChIP-Seq相比,該技術(shù)具有細(xì)胞投入量低、實(shí)驗(yàn)周期短、信噪比高、可重復(fù)性好等優(yōu)勢,尤其適用于早期胚胎發(fā)育、干細(xì)胞、腫瘤以及表觀遺傳學(xué)等研究領(lǐng)域。試劑盒中所有試劑都經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量控制和功能驗(yàn)證,最大程度上保證了文庫構(gòu)建的穩(wěn)定性和重復(fù)性。

BOX 1:ConA beads 2 ~ 8℃保存,其余組分室溫儲存。

BOX 2:5% Digitonin -30 ~ -15℃保存,室溫下可保存1周;

10 × Binding Buffer -30 ~ -15℃保存,2 ~ 8℃下可保存6個(gè)月;

其余組分-30 ~ -15℃儲存。