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從特定基因入手的功能組學研究

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產品名稱: 從特定基因入手的功能組學研究

英文名稱: Functional group studies from specific genes

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從特定基因入手的功能組學研究

簡介

從特定癌基因出發,利用RNAi技術沉默目標基因,并在細胞水平驗證其功能表型(細胞增殖、凋亡、侵襲轉移和血管新生等),在明確其功能基礎上,進一步探討其發揮作用的分子機制。

通過觀察RNAi沉默目標基因前后,基因表達譜的改變(表達譜芯片技術),理解目標基因發揮生物學功能的信號通路與效應分子,選取其中報道較少的靶分子,利用高內涵篩選(High content screening,HCS)技術高通量驗證下游分子的功能表型。尋找與目標基因生物學功能具有相似貢獻的候選分子。

從特定癌基因出發,在細胞水平篩選和鑒定與其功能一致的生物特征性分子群,在大規模的臨床樣本中,回顧性驗證這群功能分子與臨床病理的相關性,研究由點及面,能夠不斷豐富對腫瘤發生和進展的分子生物學認識。

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技術特點

A.?采用Loss-of-function方式研究對腫瘤的惡性表型具有貢獻的功能基因

通過基因的上調和下調驗證功能表型是常規的分子生物學研究策略,在RNAi技術成熟應用的今天,利用靶向siRNA沉默目的基因后的細胞增殖、凋亡、侵襲轉移等表型改變,能夠有力證實目的基因在腫瘤發生、發展過程中的作用。

B.?采用表達譜芯片技術觀察目的基因沉默后相關分子的表達改變

????表達譜芯片是一項成熟的差異基因檢測技術,結合強大的生物信息學分析,能夠獲得對目的基因沉默后下游的信號通路和核心分子的表達改變信息,由此,確定下一步分子機制研究的方向和重點下游基因。

C.?通過高內涵篩選(High content screeningHCS)技術高通量進行功能鑒定

????高內涵篩選技術在細胞學水平對大量的下游分子,采用高速采集數據,全自動分析的方式,驗證出行使特定細胞學功能(包括增殖、凋亡、侵襲轉移等)的基因,由此分析目的基因與下游效應分子的信號傳遞和功能分工。

D.?在大規模的腫瘤樣本中分析目的基因及相關分子的臨床相關性

????大樣本的回顧性研究能夠在組織樣本中找到目的基因與下游分子表達相關性的臨床證據,從病理和隨訪資料中,獲得這些分子的表達陽性率與臨床的相關性,從而明確其應用價值。

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服務流程

A.?針對特定目標基因的RNAi綜合實驗服務;(見XXX,鏈接)

B.?利用慢病毒載體制備穩定沉默目的基因的細胞株;

C.?表達譜芯片檢測,分析目的基因沉默后的相關基因表達改變;

D.?文獻檢索,確定目的基因下游報道較少,且表達差異顯著的分子

E.?從吉凱基因RNAi文庫中調取相應的下游分子RNAi慢病毒載體

F.?感染腫瘤細胞,在Cellomics系統上高通量驗證下游分子的功能表型

G.?在目的基因與下游分子的功能研究基礎上,回到大規模臨床樣本中進行表達檢測,明確其臨床意義。

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應用領域

A.?腫瘤功能基因研究

B.?特定細胞模型的功能分析

C.?信號通路與效應分子驗證

D.?臨床導向的分子靶標篩選


實驗原理和應用實例

來源于臨床的樣本,分析了20例腦膠質瘤的芯片數據,選取?10個表達顯著上調的基因。從干擾文庫中調取了這10個基因的RNA干擾慢病毒,分別感染U251膠質瘤細胞。利用公司的高內涵細胞分析儀器檢測細胞的增殖。發現2個基因的RNA干擾慢病毒感染U251細胞后,細胞增殖速度顯著降低。

對其中的一個基因進行了系列研究:

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擾效率檢測

細胞增殖檢測

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細胞周期檢測

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細胞凋亡檢測

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克隆形成能力檢測

同時,檢測了RNA干擾目的基因后,qPCR方法檢測了腫瘤相關的下游分子表達情況。發現P21cyclinE等周期相關的分子表達發生顯著改變。

樣本要求

高質量,具有明確病理和隨訪資料的腫瘤組織樣本對高通量的基因表達驗證有重要作用。

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相關服務

A.多種同類功能實驗對目的基因的驗證

B.?多細胞的平行驗證

C.?過表達目的基因的反向功能驗證

D. RNAi的回復功能實驗

E.?體內試驗的驗證(動物模型)

F.?下游基因表達檢測Western

G.?下游基因的同類功能實驗

發表文章

The RSA complex targets Protein Phosphatase 2A to centrosomes and regulates mitotic spindle assembly in C. elegans?

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?◆ 相關分類導航:
·?高通量功能基因篩選服務
·?臨床科研服務/轉化醫學研究新模式
·?腫瘤治療基因靶標研究
·?轉錄本研究
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