ChIP-seq測序/circRNA測序/轉錄組測序

ChIP-seq測序

ChIP-seq采用特異性抗體對目的蛋白進行免疫沉淀后，分離與其結合的基因組DNA片段，并通過高通量測序，在全基因組范圍內尋找目的蛋白特異結合的DNA位點，且可基于多個樣品進行差異比較分析及特異蛋白結合位點的序列偏好性分析。

ChIP-seq優勢：

用于在全基因組范圍中研究蛋白特異結合的DNA片段，組蛋白修飾和表觀遺傳修飾的技術，研究這三個主題有助于洞悉蛋白對基因表達的調控以及染色體的功能結構。具有“覆蓋全，周期快，分析科學”的優勢，已廣泛應用于人、小鼠、酵母、水稻、擬南芥等物種的研究。

ChIP-seq操作步驟：

1、研究對象的選??；

2、提取DNA樣本，DNA量≥20ng;

3、ChIP-seq文庫構建；

4、PE150測序（10-20Mb）;

5、信息分析，通過對IP下來的合格DNA樣本，建庫測序，獲得高質量reads，根據SCC曲線判斷IP效果，通過motif分析判斷IP的特異性以及分析的可信性，高效預測相關基因，進行功能富集分析、預測特異蛋白的功能，組蛋白染色體結合圖譜以及DNA的表觀修飾。

服務周期：

50天

案例分析

案例：雌激素受體結合異常與乳腺癌臨床試驗的相關性研究
雌激素受體（ER）可與相關基因結合形成復合體并移位到細胞核結合下游基因激活它們轉錄，為腫瘤生長助力。在許多乳腺患者體內，就是因為該受體影響了基因的功能，從而引發致癌連鎖反應。現在常用的他莫昔芬等乳腺癌治療藥物，就是通過阻斷雌激素受體對基因的作用而發揮效果。但在不少患者身上，這種藥物的效果并不理想。本研究基于高通量平臺的染色質免疫共沉淀技術ChIP-seq全基因組范圍內尋找ER結合位點，從而鑒定雌激素結合模式是否在患者腫瘤中存在差異。?

circRNA測序

環狀 RNA（circRNA）是一類特殊的 RNA 分子，也是 RNA 領域的研究熱點。與傳統的線性 RNA（linear RNA，含 5’和 3’末端）不同，circRNA 分子呈封閉環狀結構，不受 RNA 外切酶影響，表達更穩定，不易降解。近幾年的研究表明，circRNA 在生物的生長發育、疾病的發生發展、對外界環境的抵御等方面具有重要的調控作用。由于 circRNA 的閉合環狀特性，通過去除 total RNA 中的 rRNA 和線性 RNA 分子，可以特異地富集 circRNA 分子后測序，更有針對性地分析受檢樣本中特定的 circRNA 譜、circRNA 剪接模式、組間差異和分子功能等。

服務特色

• 應用范圍廣：可以檢測幾乎任何動植物的 circRNA
• 環狀 RNA 全覆蓋：高深度覆蓋，可以檢測到低豐度的 circRNA
• 生物信息學分析：強大的生物信息學團隊，提供circRNA 鑒定、circRNA 功能預測、circRNA 分子標志物篩選等深入分析易讀性強的數據報告

推薦測序模式

• Hiseq X Ten，PE150 ??
• 推薦10 Gb/樣本

轉錄組測序

轉錄組測序是基于HiSeq平臺，對待特定組織或者細胞在某個時期轉錄出來的所有mRNA進行測序，即可研究已知基因，亦能發掘新基因，全面快速地獲得mRNA序列和風度信息。

案例分析

案?例?通過RNAseq技術全面解析乳腺癌組織中的可變剪切形式

乳腺癌組織由特定形式的轉錄本發揮特殊功能，本研究應用RNAseq技術獲得了三種典型乳腺癌組織TNBC、non-TNBC和HER2陽性乳腺癌的轉錄本信息。該研究發現了新可變剪切形式和可變剪切后的新轉錄本，進一步研究發現，乳腺癌組織與正常乳腺組織在轉錄本表達水平和啟動子轉移水平存在顯著差異，并RT-PCR驗證CDK4，LARP1 , ADD3和PHLPP2等轉錄本形式。該研究第一次系統研究了不同亞型乳腺癌組織轉錄本利用可變剪切形式和轉錄本特異表達的情況。

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