內質網（Endoplasmic Reticulum, ER）是細胞內蛋白質生產與質檢的核心場所：分泌蛋白與膜蛋白在這里折疊、糖基化并裝配，同時 ER 還參與脂質合成與鈣穩態調控。也正因為 ER 蛋白高度富集膜蛋白、糖蛋白與低豐度調控因子，內質網蛋白質組學比全細胞蛋白組更容易受到樣本處理與檢測偏差影響。在這種背景下，選對定量策略并不是分析階段的小細節，而是決定結果能否解釋生物學問題的關鍵。

一、標記定量

1、TMT / iTRAQ：ER 差異蛋白組最常用的高通量方案

（1）原理：不同樣本用等重標簽標記后混合上機，依靠 MS2（或 MS3）報告離子強度實現相對定量。

（2）適用場景：

• 多條件/多時間點比較（藥物劑量梯度、ER 應激時間序列）
• 希望缺失值更少、組間可比性更強
• 需要較高通量、一次性完成多組對比

（3）優勢：

• 樣本混合后共同鑒定，減少 DDA 隨機采樣導致的缺失
• 對儀器漂移更不敏感
• 方便與離線分級結合，提升 ER 蛋白覆蓋深度，增強內質網蛋白質組學解析能力

2、SILAC：細胞模型中精度很高的定量路線

（1）原理：細胞培養階段引入重標記氨基酸，不同條件在裂解前混合，通過 MS1 重/輕肽對進行定量。

（2）適用場景：

• 細胞系研究 ER 應激、折疊伴侶、分泌途徑調控
• 希望降低化學標記步驟帶來的變異，提高內質網蛋白質組學可重復性
• 對精確比較、重復性要求高

（3）優勢：

• 混合更早，可部分抵消樣本處理差異
• MS1 定量干擾相對小，定量精度高

（4）限制：多數組織/臨床樣本難以應用，條件數擴展也不如 TMT 靈活。

3、輕量化同位素標記（如二甲基標記）

（1）原理與特點：在肽段層面進行同位素化學標記，成本相對低，適合 2–3 組比較，可用于內質網蛋白質組學的探索或過渡階段。

（2）適用場景：

• 小規模方法學評估（比較兩種 ER 富集策略）
• 初步驗證階段

但它并不能自動解決膜蛋白可檢性與富集波動問題，更適合作為過渡型方案。

二、無標記定量

（1）原理：各樣本獨立上機，用肽段峰面積/強度歸一化后比較（常見于 MaxQuant LFQ 等流程），是很多真實樣本內質網蛋白質組學項目的常用選擇。

（2）適用場景：

• 樣本來源復雜（組織、臨床樣本、不同個體）
• 條件數多、難以一次混合
• 預算敏感但仍希望獲得較深覆蓋

（3）優勢：靈活、可擴展、成本低。

三、DIA 定量

（1）原理：數據非依賴采集（DIA）以固定窗口系統掃描，減少 DDA 的隨機性，結合譜庫或 library-free 算法實現穩定定量。

（2）適用場景：

• 長周期、多批次項目，重現性優先
• 希望顯著減少缺失值
• 需要穩定追蹤 UPR、ERAD、分泌相關通路變化

（3）優勢：

• 通常比 DDA-LFQ 更少缺失、更強一致性，，提升內質網蛋白質組學可比性
• 對批次與上機順序更耐受

注意：DIA 不是自動糾錯器。如果 ER 富集純度波動大，DIA 只能更穩定地呈現波動，因此前端 QC 同樣關鍵。

四、靶向與絕對定量

當您已從探索數據中篩出候選分子（例如 ER 伴侶蛋白、ERAD 節點、鈣泵/通道等），更推薦用靶向手段把結論釘牢：

1、PRM/MRM + 重肽內標（AQUA）

特異性強、定量準確，適合驗證少量關鍵蛋白，或用于后續功能研究與藥物干預評估。

2、標準曲線驅動的絕對定量

適合跨實驗/跨平臺對比，但需確保肽段穩定、消化回收率一致；對膜蛋白尤其要謹慎選擇可重復檢出的代表性肽段，以避免影響內質網蛋白質組學絕對定量的可靠性。

如果您正在做 ER 富集/微粒體樣本、膜蛋白與糖蛋白占比高、且對定量一致性要求嚴格的項目，建議把“富集 QC + 定量策略 + 數據分析”作為一體化流程設計。百泰派克生物科技在膜蛋白/亞細胞蛋白組學、TMT 與 DIA 定量流程優化、以及從探索到靶向驗證的閉環方案方面有成熟經驗，可為您的內質網蛋白質組學研究提供客觀、可復現的數據支持與技術路徑選擇，幫助您更快把差異結果轉化為可靠的機制結論與可發表成果。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對蛋白質序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對蛋白質的氨基酸組成分析，N端測序，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務。對于未知理論序列的蛋白質，提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上先進的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白質組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量蛋白質組學、靶向蛋白質組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種蛋白質標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.專業生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，最后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術先進，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從最小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從蛋白質、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等專業服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，專業提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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