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Illumina公司的Hiseq2000，Roche公司的454和ABI公司的5500xl，Ion torrent等最新的測序平臺為廣大用戶提供了強大的下一代測序方法，為目前生物學，醫學以及功能基因組學等熱門研究領域提出了全新的應用方案。我公司在此領域擁有豐富經驗的測序及生物信息學專家，具備豐富的實驗設計、測序和生物信息分析經驗，能夠提供從方案設計到生物信息分析的整體解決方案，專門為廣大科研領域的客戶提供技術服務。目前公司服務的主要科研領域包括：微生物領域，疾病相關研究，農、林、畜牧及動植物領域的研究。
宏基因組測序服務介紹
第二代測序技術近年來的革命性發展給宏基因組學的發展提供了重要條件。宏基因組研究的對象是整個微生物群落。微生物群落里的眾多細菌是共同生長、共同影響的，共同發揮其生理功能，并且與人體具有重要聯系，所以比單個細菌研究更能發現其特征以及行使的功能。另一方面，宏基因組研究對于眾多不能培養分離單個細菌的菌群提供了研究途徑。
一 、技術路線
???????? 因此基于新一代測序的技術路線，我們提供16S rDNA特定區域如V3，V4，或V6區的擴增和Illumina hiseq2000測序和整個基因組測序服務兩種技術路線。?
1.16S rDNA 測序
??????? 將過濾后的Illumina paired-end reads 兩端重疊區域連接，構成一段完整的16S rRNA的V3，V4，或V6區序列，通過與數據庫比對，對其進行物種分類，并且根據聚類距離進行OTU分類，將OTU與物種分類相對應。
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2.宏基因組測序
??? 構建插入片段在300-500bp的Illumina insert library并進行2X100的測序，根據測序結果進行一系列的生物信息學分析。
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二、生物信息分析
1.?????? 測序結果的基本處理：
???????? 1.1???? 基本數據處理：去除低質量Reads情況統計；去除接頭序列；宿主污染比例計；
???????? 1.2???? 與數據庫比對：包括人腸道基因集、人腸道Contig集、細菌基因組、真菌基因
?????組等數據庫
2.?????? 標準信息分析：
??????? 2.1???? 基于相關的非冗余基因集，并統計每個基因在樣品中相對豐度；
??????? 2.2???? 基于基因的功能注釋信息，得到Gene family、COG大類、KO、Map的分表；
??????? 2.3???? 基于基因的物種注釋信息，得到各個分類級別（科、屬）的分類表；
3.?????? 個性化分析：
??? 視具體課題內容而定。
三、 常見問題及解答
1.? 能對哪些環境下的樣品進行分析？
答：已有文獻中各國科學家已經對人腸道、口腔等人相關環境，已經土壤、水等環境樣品進行過測序及生物信息學分析。我們公司的生物信息分析員在此領域也具有豐富的實踐經驗。
2. 完成一個樣品分析需要多長時間呢？
答：根據您的環境樣品的復雜度情況以及您對后期分析的要求，以及所采用的分析路線，一般在20-60個工作日內可完成。
3. 需要多少測序量？
答：因為不同環境樣品的復雜度情況不同，其物種成分、豐度也各不相同，所以不同樣品所需的測序量也不一樣。 到時根據已發表文獻的類似環境樣品的信息，我們會建議您合適的測序量。
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