SMART-seq

2012 年，由美國和瑞典的科學家共同開發了稱為 Smart-Seq（Switching mechanism at 5’end of the RNA transcript）的技術 ^[1]。在 2013 年，Nature Methods 雜志上報告了新的方案，被稱為 Smart-Seq2^[2]，隨后在 2014 年他們有公布了詳細的操作流程 ^[3]。獲取單細胞并裂解細胞后，含有 oligo-dT 的引物與 mRNA 的 poly- A 結合，逆轉錄酶 MMLV 進行逆轉錄，逆轉錄酶到達 mRNA 5’末端時，MMLV 的末端轉移酶活性會在一鏈 cDNA 的 3'末端增加額外的胞嘧啶，這時 TSO 引物 3' 末端的 rGrG+ G 結合到首鏈末端的胞嘧啶，然后以首鏈 cDNA 為模版進行延伸合成互補的第二鏈，全長 cDNA 經過 PCR 擴增后進一步進行測序文庫的構建。

▲SMART-seq2 技術原理

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1、起始量低：1 個細胞起始，適用于難以滿足 10X Genomics 等平臺起始細胞量要求的樣本。

2、覆蓋度高： 測序覆蓋 cDNA 的全長序列，每個細胞能夠獲得上萬個基因的表達。

3、信息個性化： 除了獲得基因表達信息，數據能夠用于可變剪接，cSNP 等分析，以及帶 poly- A 結構的 lncRNA 研究。

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文庫結構

圖 SMART-seq2 文庫示意圖

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建議測序深度及參數

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1、類型：新鮮組織，原代細胞，細胞系等。

2、來源：血液提取、磁珠富集、流式富集、組織解離等。

3、樣本量：單個細胞（或微量細胞）。

4、保存運輸：細胞放入 SMART-seq 試劑盒指定的裂解液中，-80°C 保存，干冰運輸。

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