內質網（Endoplasmic Reticulum, ER）是蛋白折疊、N-糖基化與分泌通路的核心場所，同時富含多跨膜蛋白與膜接觸位點（MCS）相關復合體。要用質譜實現高質量的內質網蛋白組分析，關鍵不只是上機測，而是從前端開始把三件事做對：ER來源的可信富集、膜蛋白友好的樣本制備、以及穩定可靠的定量采集與質控體系。質譜在這里扮演的角色是高通量、可定量的讀出器，而工作流設計決定了您最終得到的是內質網蛋白組還是細胞總蛋白的一個切片。

一、為什么內質網蛋白組對質譜提出更高要求？

內質網蛋白組難點主要來自三方面：

1、疏水膜蛋白比例高

跨膜螺旋多，常規裂解與胰蛋白酶消化會出現溶解不充分、消化不完全、肽段回收低，導致膜蛋白鑒定與定量偏弱。

2、亞細胞分離易污染

ER與高爾基體、線粒體、質膜等存在結構連續或接觸區域，分離時常帶出非ER蛋白，影響定位解釋。

3、翻譯后修飾密集

ER相關通路高度依賴N-糖基化、二硫鍵與氧化還原狀態變化，若只做“總蛋白”，容易錯過關鍵調控層信息。

因此，內質網蛋白組的核心思路是：先用富集或定位策略把ER信號從背景中拉出來，再用適合膜蛋白的化學體系把它變成能被LC-MS讀到的肽段。

二、質譜實現內質網蛋白組的三條主流路線

路線1：ER/微粒體富集（microsome）+ LC-MS

這是最經典、最可解釋的路線：通過差速離心與密度梯度（如蔗糖或OptiPrep）獲得ER富集分餾/微粒體，再進行蛋白提取、消化、LC-MS鑒定定量。

（1）優勢：定位邏輯清晰，適合藥物處理、應激模型、不同細胞系/組織對比等組間差異研究。

（2）關鍵點：必須用標志物面板驗證富集與污染，例如ER標志（HSPA5/BiP、CALR、P4HB、SEC61）同時監控線粒體（TOMM20）、高爾基體（GOLGA2）、溶酶體（LAMP1）等，才能判斷分餾是否可信。

路線2：鄰近標記（APEX2/TurboID）+ MS

當您關心的是ER腔內、ER膜外側或接觸位點等難以純化的局部區域，鄰近標記非常強：把APEX2或TurboID錨定到ER特定位置，在活細胞中觸發標記，然后用鏈霉親和素富集被標記蛋白，上機鑒定。

（1）優勢：空間分辨率高，能抓瞬態互作與微域蛋白。

（2）難點：對照與背景過濾要嚴謹（無酶/無底物/定位突變體），否則容易出現“泛標記”導致解釋偏差。

路線3：ER功能子蛋白組（糖蛋白組/UPR定向）+ MS

如果研究重點是ER功能讀出（N-糖基化、折疊質控、ERAD、UPR），可以直接做定向組學：糖肽富集（Lectin或HILIC）、去糖確認位點（PNGase F等），或對UPR關鍵蛋白做PRM靶向驗證。

優勢：更聚焦、機制指向強，尤其適合現象已明確、要解釋機制的課題。

三、內質網蛋白組能否做深：膜蛋白制備是分水嶺

無論走哪條路線，最終都要把ER蛋白轉成可測肽段。膜蛋白的關鍵策略是強溶解 + 去除去垢劑 + 低損耗消化。

1、裂解溶膜

SDS溶膜強但不兼容上機；更實用的做法是選擇可去除/可降解的表面活性劑體系（如SDC等）或采用“允許SDS存在但后續可徹底清除”的框架。

2、去垢劑與凈化

膜樣本最怕離子抑制與柱污染，S-Trap、FASP、SP3磁珠等流程能把去垢、去鹽與消化整合，提高重復性。低起始量樣本常用SP3，膜蛋白占比高且用SDS時S-Trap更穩。

3、酶切組合

Trypsin是基礎，但對疏水區覆蓋不足。實踐中常用Lys-C打底，必要時疊加Glu-C/Chymotrypsin等互補酶，提高跨膜區域附近肽段產出與鑒定數。

很多內質網蛋白組項目失敗并不是質譜不夠好，而是缺少富集—膜蛋白制備—定量—質控一體化設計。百泰派克生物科技通常根據課題目標選擇ER微粒體富集、鄰近標記或糖蛋白/UPR定向的組合路線，并采用膜蛋白友好的凈化消化體系與DIA定量策略，配套標志物面板與定位證據鏈，輸出更可解釋、可復現的內質網蛋白組結果與驗證建議（如PRM）。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對蛋白質序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對蛋白質的氨基酸組成分析，N端測序，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務。對于未知理論序列的蛋白質，提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上先進的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白質組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量蛋白質組學、靶向蛋白質組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種蛋白質標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.專業生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，最后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術先進，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從最小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從蛋白質、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等專業服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，專業提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

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