Small RNA測序及分析

MicroRNA（miRNA）是一類內生的、長度約20-24個核苷酸的小RNA，是發夾結構的約70-90個堿基大小的單鏈RNA前體經過Dicer酶加工后生成。目前研究microRNA的方法主要是通過實時定量PCR以及基因芯片技術，這些方法主要關注microRNA 的表達與定量，并僅局限于研究那些序列信息或二級莖環結構信息已知的microRNA，無法尋找和發現新的microRNA 分子?；贗llumina高通量測序平臺的microRNA 測序技術突破了目前研究技術手段上的局限性，使研究人員能夠直接對樣本中指定大小的所有microRNA分子進行高通量測序，在無需任何序列信息的前提下研究microRNA的表達譜并在此基礎上發現和鑒定新的microRNA分子，并提供了更加靈活和深入的研究分析方法。

一、技術路線

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二、數據分析

1.????? 序列去雜（去除接頭序列、簡單序列等）

2.????? Rfam數據庫以及Genbank數據庫比對，去除rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的降解片段

3.????? 鑒定mRNA的降解片段

4.????? 同miRNA數據庫比對，鑒定miRNA

5.????? 同參考基因組比對，預測新的miRNA

6.????? 分析兩個樣品miRNA的表達差異

7.????? miRNA表達模式聚類分析

8.????? 預測miRNA靶基因

三、實驗周期

由于合作伙伴的個性化需求不同，實驗的周期也各不相同。從獲得合作伙伴樣品、高通量測序到數據分析，一般控制在30到40工作日內完成。

四、常見問題解答

?1. 進行小RNA測序對于組織樣品提取總RNA有什么特殊要求？

答：如果要進行小RNA測序，提取總RNA時建議不要使用Qiagen等公司的過柱試劑盒，也不要使用LiCl沉淀，以免損失小片段RNA。除此之外也可以使用專用小RNA提取試劑盒來進行提取。?

2．Small RNA分析需要合作伙伴提供參考序列嗎？

答：需要，最好提供合作伙伴所做物種的全基因組序列，如果沒有，也可以提供近緣物種的全基因組序列或者是本物種的EST等序列作為參考序列，另外還需要老師提供相關的exon/ intron, repeat信息以及基因編碼序列。?

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