擴增子測序/宏基因組測序/細菌基因組測序?

擴增子測序

擴增子測序是對特定長度的PCR產物或捕獲的片段進行測序，分析序列中的變異。
16S/18S/ITS等擴增子測序即通過提取環境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的目的區域，通過檢測目的區域的序列變異和豐度，以研究環境微生物多樣性及群落組成差異。
16S/18S rDNA為編碼原/真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。ITS分為兩個區域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于5.8S和28S之間。

擴增子測序的優勢：

采用目前Illumina HiSeq最長測序平臺，可以滿足16S 1~2個高變區的測序分析。3天內同時完成3,000個16S樣本的測序，測序準確度較MiSeq平臺提高10%，而拼接效率較MiSeq平臺提高25%，以此獲得更全面的菌群信息。

擴增子測序操作步驟：

1、研究對象的選取；

2、提取基因組DNA，DNA濃度需要達到5ng/ul,總量需要大于等于150ng;

3、構建PCR-free文庫；

4、PE250測序;

5、信息分析 ?分析內容=標準分析+高級分析，基于目的區域的測序，檢測序列豐度，以充分研究環境微生物多樣性和群落差異性。

服務周期：

45天左右

宏基因組測序

宏基因組學（Metagenomics），又稱元基因組學，是由 Handelman 提出的一種直接對微生物群體中包含的全部基因組信息進行研究的手段，以特定生境中的整個微生物群落為研究對象，采用高通量測序技術，獲得環境微生物基因組信息總和，以研究環境微生物的群落結構、物種分類、系統進化、基因功能以及代謝通路等。之后 Kevin 等對 Metagenomics 進行了定義，即“繞過對微生物個體進行分離培養，應用基因組學技術對自然環境中的微生物群落進行研究”的學科。它規避了對樣品中的微生物進行分離培養，提供了對無法分離培養的微生物進行研究的途徑，避免了實驗過程中由環境改變引起的微生物序列變化所帶來的偏差。
近年來，隨著測序技術和信息技術的快速發展，利用新一代測序技術（Next Generation Sequencing）研究 Metagenomics，能快速準確的獲得大量生物數據和豐富的微生物研究信息，從而成為研究微生物多樣性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物與人類疾病健康關系的人體微生物組計劃，研究全球微生物組成和分布的全球微生物組計劃都主要利用高通量測序技術進行研究。?

產品特色

1. 微生物無需分離培養，且通過該技術可以客觀還原微生物菌群結構
宏基因組測序技術，無PCR擴增環節，可以避免非特異性擴增問題，并且可以完整呈現微生物菌群的結構。
2. 在客觀還原菌群結構的基礎上，同時可以對群落微生物的功能進行研究
基于16S核糖體的微生物多樣性研究方法，可以基于物種豐度進行功能豐度的預測，但是不能更進一步探究微生物的具體功能。而傳統的微生物基因組方法，也需要構建大量的克隆篩選文庫，才能獲得微生物的功能基因。
宏基因組測序可以直接基于環境中的所有微生物的基因序列，進行微生物的基因相關功能研究。

操作流程：

樣本制備

樣本DNA提取

DNA檢測

文庫構建

文庫檢測

上機測序

樣本要求

常見環境樣本（請使用干冰運輸）

土壤、淤泥、沉積物>=5g；糞便>=2g；組織樣本>=1g

水體送樣為過濾后的濾膜（最適濾膜直徑3-4cm）

DNA樣本（請使用干冰寄送）

樣品濃度>=50ng/ul

樣品總量>=1.6ug

細菌基因組測序 ?

細菌基因組測序，一般采用二代或三代高通量測序手段，通過高深度測序和生物信息分析，獲得細菌基因組的編碼和變異信息。依照是否有近緣參考基因組合不同的信息分析策略，分為細菌de novo和細菌重測序。

細菌de novo

細菌de novo，是基于高通量測序數據，對細菌基因組進行從頭組裝的方法。基因組裝結果，我們可以預測細菌基因組中所包含的基因，并通過功能數據庫比對獲得基因的功能信息。根據不同組裝精細程度的需求，我們提供細菌框架圖、細菌精細圖和細菌完成圖三種策略，為您提供全面的細菌de novo解決方案。

技術路線：基因組DNA提取——建庫測序——組裝——基因組組分分析——基因功能注釋

細菌重測序

細菌重測序，是基因高通量測序數據，與近緣參考基因組進行比對，進行變異檢測的方法。通過重測序可以獲得目標基因組對于參考基因組的SNP、InDel、SV等一系列變異信息，從中嘗試對基因組之間的性狀差異進行解析，或作為標記進行大規模的進行分析。

技術路線： 基因組DNA提取——建庫測序——重測序變異分析——進化分析。

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