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真菌基因組測序
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真菌屬于較低等的真核生物，種類繁多，在自然界中分布廣泛。據估計，全世界約有150萬種真菌，其中包含許多具有重要的藥用價值和食用價值的有益真菌，同時也存在著大量引發動植物病害的致病菌。因此，合理利用有益真菌，控制和預防有害真菌對人類的生產和生活具有重要的意義。而真菌基因組的闡明，將為真菌特性的分析提供有用的依據。隨著第二代高通量測序技術的成熟，基因組測序成本已大大降低，使得快速而經濟的進行真菌基因組測序成為可能，目前真菌基因組學研究已進入了一個快速增長時期。
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迪奧優勢
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擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺，可以根據合作伙伴要求靈活安排實驗，實驗周期短，質量可靠。
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擁有Roche?454和IIIumina?Solexa兩種高通量測序平臺，合作伙伴可根據具體需求進行選擇，以獲得最佳的實驗結果。
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技術人員經驗豐富，可以根據合作伙伴要求在第一時間提供實驗方案，解決實驗問題，分析實驗結果。
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擁有專業的生物信息團隊和大型計算機，可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。
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生物信息分析
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1．?De?novo真菌基因組測序
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1）?基因組序列拼接
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原始數據統計，基因組覆蓋度計算，組裝結果統計等。
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2）?基因注釋
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編碼基因預測，基因功能注釋（NR,Swiss-Prot,interpro等），Non-coding?RNA注釋，重復序列注釋等。
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3）?基因功能分類
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GO分類，KEGG通路分析等。
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4）?比較基因組及進化分析
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與近源物種的基因組序列對比，進行SNP,SV等變異結構檢測，pan-genome和core-genome組成分析，同源基因分析，進化分析等。
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2．?真菌基因組重測序
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1）?原始數據統計
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2）?短序列mapping至參考基因組
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3）?分析mapping區域reads的覆蓋度，重復性，覆蓋堿基的質量及reads方向
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4）?SNPs,inDel,CNVs檢測
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5）?結構變異（SVs）和基因組重排事件分析
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技術指標
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基因組覆蓋度大于95%，基因區覆蓋達到98%以上，Scaffold?N50大于300KB,單堿基錯誤率低于十萬分之一
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實驗周期
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1．?De?novo真菌基因組測序
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迪奧生物從獲得合作伙伴樣品到高通量測序，一般控制在40個工作日左右完成。
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2.真菌基因組重測序
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迪奧生物從獲得合作伙伴樣品，高通量測序到數據分析，一般控制在40個工作日左右完成。
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送樣要求
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1.?請提供濃度≥200ng/ul.OD值介于1.8-2.0之間的DNA，樣品濃度越高越好。
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2.?De?novo測序獲得精細圖，若基因組大小介于10-45Mb之間，需提供至少100ug的DNA,若基因組大小大于45Mb,則需要200ug的DNA.
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3.?重測序，DNA總量需≥10ug.
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4.?樣品采用冰袋或干冰運輸，防止DNA降解。
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5.?樣品能否制備文庫，以我們最后的檢測結果為準。
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6.?請填寫完整的送樣訂單，并提供DNA電泳檢測照片，用自封袋密封后隨同樣品一起送樣。