Patharray™機制研究服務(wù)——生物信息分析
產(chǎn)品名稱： Patharray™機制研究服務(wù)——生物信息分析
英文名稱： Patharray™ service
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Patharray?機制研究服務(wù)——生物信息分析
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您是否明確待研基因生物學(xué)功能，但對于下游機制研究一籌莫展？
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吉凱基因Patharray?服務(wù)幫助您更好更快的進行深入的機制研究！
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芯片綜合產(chǎn)品分析流程
數(shù)據(jù)分析樣例
1.?芯片數(shù)據(jù)QC
1.1 Signal Histogram
芯片的信號值分布圖。每條信號分布曲線的重合度越好表示芯片實驗的可靠性越高。
1.2 Relative Signal Box Plot
芯片Normalization后的箱型圖，紅線是baseline。此圖表示了每張芯片數(shù)據(jù)在進行permutation后的百分位數(shù)分布，它們的分布越接近，數(shù)據(jù)的重復(fù)性就越高。
1.3 Pearson's Correlation (signal)
芯片的相關(guān)系數(shù)圖，表示所有芯片兩兩之間的相關(guān)程度，本圖使用皮爾森相關(guān)系數(shù)，當系數(shù)等于1.0時未完全正相關(guān)，相關(guān)系數(shù)越接近1.0，其相關(guān)性越高。
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1.4 PCA
PCA (Principal Component Analysis),?主成分分析。用來表示每張芯片在組內(nèi)組間的相似和差異度。
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2.?芯片數(shù)據(jù)分析
2.1?有顯著差異表現(xiàn)的基因數(shù)目
根據(jù)實驗設(shè)計要求，將差異基因的比較結(jié)果以下表呈現(xiàn)，基因表現(xiàn)有顯著差異的篩選標準為必須符合丨FC丨要大于2，并且P?value值要小于0.05，詳細基因表達分析見“數(shù)據(jù)分析報告”
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項目 |
比較組 |
上調(diào)基因數(shù) |
下調(diào)基因數(shù) |
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1 |
C16_+ vs C16_- |
338 |
58 |
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備注: |
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2.2?火山圖
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2.3?散點圖
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2.4?聚類圖
3. Pathway和GO分析
根據(jù)篩選出的差異基因，進行Pathway分析和Gene Ontology分析（即GO分析）。
根據(jù)生物學(xué)功能的不同，將差異基因進行Pathway Analysis，計算包含多少差異基因，并列式基因名稱。
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Pathway分析
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GO分析
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?4.?深入分析
根據(jù)初步分析結(jié)果，挑選感興趣的pathway/gene進行深入分析。
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5.下游基因驗證?
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上海吉凱基因化學(xué)技術(shù)有限公司
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