? ? ? ? ?長鏈非編碼RNA(long?noncoding?RNA,?lncRNA)?指的是長度在200-100000?nt之間不具有蛋白編碼功能的RNA分子，參與細胞內多種過程調控。近年來的研究表明，lncRNA參與了X染色體沉默，基因組印記以及染色質修飾，轉錄激活，轉錄干擾，核內運輸等多種重要的調控過程，lncRNA的這些調控作用也開始引起人們廣泛的關注。lncRNA的種類遠遠超過編碼RNA，哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產生的轉錄本是lncRNA（相應的蛋白編碼RNA的比例是1%-5%）。lncRNA已經成為非編碼RNA研究領域的一個熱點。通過lncRNA高通量測序，研究人員能夠快速高通量的獲得其與特定生物學過程或者疾病相關的lncRNA的表達變化，從而極大促進lncRNA的深入研究。

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技術路線

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生物信息分析

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樣品要求

1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。

2）樣品量：細胞樣品請提供至少1×107個細胞，組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片，RNA樣品請提供10 μg以上的總RNA。

3）樣品質量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。

4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。

5）樣品運輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運輸。

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應用案例

科學家們利用小鼠lncRNA測序，尋找到在胚胎干細胞（ES）、神經元前體細胞（NPC）和終末分化成纖維細胞（FIB）中差異表達的一批lncRNA，同時發現這些lncRNA的表達情況與它們啟動子區H3K4me3和H3K27me3的甲基化有關。在胚胎干細胞中，lncRNA表達量低，同時它們啟動子區H3K27me3的甲基化程度高。而如果在胚胎干細胞中敲除DNA甲基化酶Ezh2，那么lncRNA的表達量會升高。這樣的結果對于研究lncRNA的表達調控具有重要意義。

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參考文獻

[1]Yin?QF,?Yang?L,?Zhang?Y,?et?al.?Long?Noncoding?RNAs?with?snoRNA.?Molecular?Cell,?2012,?48:219–230.

[2]Dinga?Jh,?Lua?Qh,?Ouyang?Yd,?et?al.??A?long?noncoding?RNA?regulates?photoperiod-sensitive?male?sterility,?an?essential?component?of?hybrid?rice.?PNAS,?2012,?109:2654-2659