抗體富集全基因組甲基化測(cè)序
產(chǎn)品名稱(chēng)： 抗體富集全基因組甲基化測(cè)序
英文名稱(chēng)： Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing
產(chǎn)品編號(hào)：
產(chǎn)品價(jià)格： 詢(xún)價(jià)
產(chǎn)品產(chǎn)地： null
品牌商標(biāo)： null
更新時(shí)間： null
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? ? ? 概述
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MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）測(cè)序是基于抗體富集原理進(jìn)行測(cè)序的全基因組甲基化檢測(cè)技術(shù)，采用甲基化DNA免疫共沉淀技術(shù)，通過(guò)5'-甲基胞嘧啶抗體特異性富集基因組上發(fā)生甲基化的DNA片段，然后通過(guò)高通量測(cè)序可以在全基因組水平上進(jìn)行高精度的CpG密集的高甲基化區(qū)域研究。
研究人員可以利用MeDIP-Seq技術(shù)快速有效地尋找基因組上的甲基化區(qū)域，從而比較不同細(xì)胞、組織或疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。
技術(shù)路線
生物信息學(xué)分析模塊
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樣品要求：
1) 樣品質(zhì)量：OD 260/280值應(yīng)在1.8～2.0 之間；無(wú)RNA污染,無(wú)降解.
2) 樣品濃度：最低濃度不低于50ng/μl。
3) 樣品總量：每個(gè)樣品總量不少于15μg。
4) 樣品溶劑：要溶解在無(wú)菌的10 mM TirsHCl， 1mM EDTAE (pH 8.0)溶液中。
5) 樣品運(yùn)輸： DNA低溫運(yùn)輸（-20℃）；且在運(yùn)輸過(guò)程中請(qǐng)用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。
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應(yīng)用領(lǐng)域
在植物中，基因印記現(xiàn)象往往發(fā)生在胚乳中。研究人員以?xún)蓚€(gè)擬南芥品種Col- gl和Ler各自的胚和胚乳為材料，利用medIP測(cè)序的手段對(duì)全基因組的甲基化譜進(jìn)行研究。發(fā)現(xiàn)伴隨著胚乳的發(fā)育以及胚乳特異的一些基因的表達(dá)發(fā)生了大規(guī)模甲基化的變化。胚乳中重復(fù)元件發(fā)生了廣泛的去甲基化。并且，通過(guò)將胚乳中甲基化程度降低的區(qū)域與胚乳表達(dá)偏好性(preferential expression in endosperm)關(guān)聯(lián)起來(lái)作為候選印記基因的方式，尋找到了新的印記基因。所有的結(jié)果說(shuō)明植物中印記的發(fā)生來(lái)源于在基因調(diào)控元件附近插入重復(fù)元件的甲基化以及之后的正向選擇的原因。
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參考文獻(xiàn)
[1] Carvalho RH, Haberle V, Hou J, et al. Genome-wide analysis of aberrant methylation in human breast cancer cells using methyl-DNA immunoprecipitation combined with high-throughput sequencing. BMC Genomics, 2010, 11:137 doi:10.1186/1471-2164-11-137.
[2] Li Q, Li N, Hu X, et al. Genome-wide mapping of DNA methylation in chicken. PloS one, 2011, 6:e19428. doi:10.1371/journal.pone.0019428.
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