l?RAD（Restriction?site?Associated?DNA）測序

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RAD測序，作為一種簡化基因組測?序技術，首先利用內切酶進行酶切反應，然后對獲得的Tag序列進行高通量測序。與其他技術相比它大幅降低基因組的復雜度，操作簡便，且不受參考基因組限制。RAD測序可以在較短時間內利用較低的費用獲得貫穿整個基因組的高密度分子標記，特別適合大樣本量研究。結合生物信息方法可用于群體進化研究、遺傳圖譜構建、QTL定位和輔助scaffold組裝到染色體等領域。

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技術路線

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生物信息學分析模塊

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樣品要求

1)?樣品總量：≥?10ug;

2)?樣品濃度：≥?50ng/ul

3)?樣品純度：OD值260/280應在1.8～2.0;

4)?樣品質量：基因組完整、無降解、無污染。

5)?樣品包裝：用封口膜密封樣品，DNA低溫運輸（-20℃）。

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參考文獻

[1]??Baird?NA,?Etter?PD,?Atwood?TS,?Currey?MC,?Shiver?AL,?Lewis?ZA,?Selker?EU,?Cresko?WA,?Johnson?EA.Rapid?SNP?discovery?and?genetic?mapping?using?sequenced?RAD?markers.PLoS?One.?2008;3(10):e3376.?doi:?10.1371/journal.pone.0003376.?Epub?2008?Oct?13.

[2]?Hyten?DL,?Cannon?SB,?Song?Q,?Weeks?N,?Fickus?EW,?Shoemaker?RC,?Specht?JE,?Farmer?AD,?May?GD,?Cregan?PB.?High-throughput?SNP?discovery?through?deep?resequencing?of?a?reduced?representation?library?to?anchor?and?orient?scaffolds?in?the?soybean?whole?

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應用案例

BMC?Genomics.?2011?Jun?10;12:304.?doi:?10.1186/1471-2164-12-304.

Identification?of?SNP?and?SSR?markers?in?eggplant?using?RAD?tag?sequencing.

Barchi?L,?Lanteri?S,?Portis?E,?Acquadro?A,?Valè?G,?Toppino?L,?Rotino?GL.

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背景：

1，?茄子種屬于茄科是繼馬鈴薯和番茄后第三個最重要的的茄科作物品種，它在世界各地均有栽培，但大部分集中在中國和印度。茄子基因組了解十分有限，只有1000個左右的SSR?標記沒有SNP。

2，?利用Restriction-site?Associated?DNA?(RAD)簡化基因組的方法，結合Illumina高通量測序技術可以快速和大規模的發現茄子的SNP和SSR標記，這些結果對茄子的基因組信息的補充和比較基因組方面研究提供許多幫助。

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研究方法：

1，?從兩個品系（’305E40’;’67/3’）分別抽取DNA

2，?Rad測序建庫：酶切，加接頭，打斷，回收和定量

3，?每個文庫上illumina?GAIIx測序（2?x?54bp）

4，?數據拼接，注釋，鑒定SNP和SSR

5，?利用illumina?GoldenGate?方法進行驗證

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分析結果：

1，?305E40品系10.9M?序列得到28935個contig??67/3品系12.12M序列得到38941個contig，兩者一致的contig是31635個

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2，將茄子數據集（SM-I）與擬南芥做比對，再關聯到GO數據集，其中24522個屬于生物學過程；15137個屬于細胞組分；12144個屬于分子功能。

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3，?鑒定出超過10000個SNP位點

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4，利用驗證后的高質量的343個SNP來研究不同品種的茄子樣本，發現進化樹呈現兩個主要的分支，揭示了茄子的遺傳多樣性

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5，鑒定出1855個SSR標記，其中主要特征序列（motif）是三核苷酸類型