RAD(Restriction site Associated DNA)
產(chǎn)品名稱： RAD(Restriction site Associated DNA)
英文名稱： Restriction site Associated DNA
產(chǎn)品編號：
產(chǎn)品價(jià)格： 詢價(jià)
產(chǎn)品產(chǎn)地： null
品牌商標(biāo)： null
更新時(shí)間： null
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l?RAD（Restriction?site?Associated?DNA）測序
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RAD測序，作為一種簡化基因組測?序技術(shù)，首先利用內(nèi)切酶進(jìn)行酶切反應(yīng)，然后對獲得的Tag序列進(jìn)行高通量測序。與其他技術(shù)相比它大幅降低基因組的復(fù)雜度，操作簡便，且不受參考基因組限制。RAD測序可以在較短時(shí)間內(nèi)利用較低的費(fèi)用獲得貫穿整個(gè)基因組的高密度分子標(biāo)記，特別適合大樣本量研究。結(jié)合生物信息方法可用于群體進(jìn)化研究、遺傳圖譜構(gòu)建、QTL定位和輔助scaffold組裝到染色體等領(lǐng)域。
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技術(shù)路線
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生物信息學(xué)分析模塊
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RADM-01 |
測序質(zhì)量評估(QC)與預(yù)處理 |
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RADM--02 |
序列拼接與組裝評估分析（無參考基因組） |
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RADM-03 |
序列比對與分布統(tǒng)計(jì)（有參考基因組） |
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RADM--04 |
SNV位點(diǎn)鑒定，統(tǒng)計(jì) |
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RADM--05 |
遺傳圖譜構(gòu)建 |
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RADM--06 |
群體進(jìn)化分析 |
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樣品要求
1)?樣品總量：≥?10ug;
2)?樣品濃度：≥?50ng/ul
3)?樣品純度：OD值260/280應(yīng)在1.8～2.0;
4)?樣品質(zhì)量：基因組完整、無降解、無污染。
5)?樣品包裝：用封口膜密封樣品，DNA低溫運(yùn)輸（-20℃）。
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參考文獻(xiàn)
[1]??Baird?NA,?Etter?PD,?Atwood?TS,?Currey?MC,?Shiver?AL,?Lewis?ZA,?Selker?EU,?Cresko?WA,?Johnson?EA.Rapid?SNP?discovery?and?genetic?mapping?using?sequenced?RAD?markers.PLoS?One.?2008;3(10):e3376.?doi:?10.1371/journal.pone.0003376.?Epub?2008?Oct?13.
[2]?Hyten?DL,?Cannon?SB,?Song?Q,?Weeks?N,?Fickus?EW,?Shoemaker?RC,?Specht?JE,?Farmer?AD,?May?GD,?Cregan?PB.?High-throughput?SNP?discovery?through?deep?resequencing?of?a?reduced?representation?library?to?anchor?and?orient?scaffolds?in?the?soybean?whole?
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應(yīng)用案例
BMC?Genomics.?2011?Jun?10;12:304.?doi:?10.1186/1471-2164-12-304.
Identification?of?SNP?and?SSR?markers?in?eggplant?using?RAD?tag?sequencing.
Barchi?L,?Lanteri?S,?Portis?E,?Acquadro?A,?Valè?G,?Toppino?L,?Rotino?GL.
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背景：
1，?茄子種屬于茄科是繼馬鈴薯和番茄后第三個(gè)最重要的的茄科作物品種，它在世界各地均有栽培，但大部分集中在中國和印度。茄子基因組了解十分有限，只有1000個(gè)左右的SSR?標(biāo)記沒有SNP。
2，?利用Restriction-site?Associated?DNA?(RAD)簡化基因組的方法，結(jié)合Illumina高通量測序技術(shù)可以快速和大規(guī)模的發(fā)現(xiàn)茄子的SNP和SSR標(biāo)記，這些結(jié)果對茄子的基因組信息的補(bǔ)充和比較基因組方面研究提供許多幫助。
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研究方法：
1，?從兩個(gè)品系（’305E40’;’67/3’）分別抽取DNA
2，?Rad測序建庫：酶切，加接頭，打斷，回收和定量
3，?每個(gè)文庫上illumina?GAIIx測序（2?x?54bp）
4，?數(shù)據(jù)拼接，注釋，鑒定SNP和SSR
5，?利用illumina?GoldenGate?方法進(jìn)行驗(yàn)證
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分析結(jié)果：
1，?305E40品系10.9M?序列得到28935個(gè)contig??67/3品系12.12M序列得到38941個(gè)contig，兩者一致的contig是31635個(gè)
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2，將茄子數(shù)據(jù)集（SM-I）與擬南芥做比對，再關(guān)聯(lián)到GO數(shù)據(jù)集，其中24522個(gè)屬于生物學(xué)過程；15137個(gè)屬于細(xì)胞組分；12144個(gè)屬于分子功能。
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3，?鑒定出超過10000個(gè)SNP位點(diǎn)
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4，利用驗(yàn)證后的高質(zhì)量的343個(gè)SNP來研究不同品種的茄子樣本，發(fā)現(xiàn)進(jìn)化樹呈現(xiàn)兩個(gè)主要的分支，揭示了茄子的遺傳多樣性
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5，鑒定出1855個(gè)SSR標(biāo)記，其中主要特征序列（motif）是三核苷酸類型
