GeneSpring基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析軟件
產(chǎn)品名稱： GeneSpring基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析軟件
英文名稱：
產(chǎn)品編號(hào)： GX 10
產(chǎn)品價(jià)格： 0
產(chǎn)品產(chǎn)地： 美國(guó)
品牌商標(biāo)： Agilent 安捷倫
更新時(shí)間： null
使用范圍： null
安捷倫科技有限公司Agilent
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GeneSpring生物數(shù)據(jù)分析軟件
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GeneSpring GX是一套特別針對(duì)生物學(xué)家需求所精心設(shè)計(jì)的生物芯片數(shù)據(jù)分析軟件。它提供多種便捷的統(tǒng)計(jì)學(xué)工具, 擁有強(qiáng)大的圖形顯示和數(shù)據(jù)分析能力。通過(guò)GeneSpring GX互動(dòng)式的視窗操作界面, 用戶可以有效地將芯片數(shù)據(jù)與其生物學(xué)意義進(jìn)行整合, 從而實(shí)現(xiàn)快速找到基因表達(dá)調(diào)控相關(guān)對(duì)象的最終目標(biāo)作為表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析的金標(biāo)準(zhǔn)，GeneSpring GX目前已經(jīng)擁有超過(guò)4400篇的高水平參考文獻(xiàn)的引用。
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支持最新的miRNA應(yīng)用研究
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GeneSpring GX為用戶提供了對(duì)包括基因表達(dá)譜，內(nèi)含子選擇性剪接以及最新的miRNA表達(dá)譜等應(yīng)用研究的全面支持。GeneSpring GX不僅可以為用戶提供多種統(tǒng)計(jì)學(xué)工具對(duì)miRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，而且還整合獨(dú)有的TargetScan功能可以對(duì)miRNA表達(dá)發(fā)生變化后所引起的后續(xù)生物學(xué)結(jié)果進(jìn)行準(zhǔn)確預(yù)測(cè)。除此此外，用戶還可以通過(guò)GeneSpring GX對(duì)qPCR數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。
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階梯式的數(shù)據(jù)管理模式
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GeneSpring GX可以根據(jù)用戶不同的研究課題建立目錄對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行分類管理。這種階梯式的數(shù)據(jù)管理模式可以幫助用戶方便快捷地對(duì)同一研究課題中，不同批次的實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行直接比較和整合分析。除此之外，GeneSpring GX對(duì)數(shù)據(jù)分析過(guò)程中的每一步操作也自動(dòng)保存，因此在極大程度上方便了用戶對(duì)復(fù)雜生物學(xué)數(shù)據(jù)的個(gè)性化管理。
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直觀的圖形顯示
GeneSpring GX擁有強(qiáng)大的圖形功能，可以幫助用戶從不同角度獲得數(shù)據(jù)信息，并且創(chuàng)建各種類型的圖形圖表，從而有效地傳遞數(shù)據(jù)中包含的生物學(xué)信息。GeneSpring GX支持包括tiff、jpeg、png、bmp在內(nèi)多種圖像格式的輸出。GeneSpring GX提供的可視化工具包括：3D散點(diǎn)圖（3D scatter plot），直方圖（Histogram plot），火山圖（Volcano plots），Box-Whisker圖（Box-Whisker plot），矩陣圖（Matrix plot），Venn圖（Venn diagram）和熱圖（Heatmap）等。
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數(shù)據(jù)分析的工作流模式
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GeneSpring GX為用戶提供了多種針對(duì)不同數(shù)據(jù)來(lái)源所精心設(shè)計(jì)，并且適用于常規(guī)數(shù)據(jù)分析任務(wù)所需的工作流模式。比如，針對(duì)安捷倫公司的芯片數(shù)據(jù)，GeneSpring GX設(shè)計(jì)的工作流模式會(huì)應(yīng)用Feature Extraction所包含的質(zhì)量控制參數(shù)來(lái)對(duì)芯片的數(shù)據(jù)質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估。除工作流模式之外，GeneSpring GX也為用戶提供了數(shù)據(jù)分析的高級(jí)模式。用戶可以根據(jù)自己的需求，靈活地對(duì)各項(xiàng)分析參數(shù)進(jìn)行相應(yīng)的調(diào)整。
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數(shù)據(jù)歸一化和轉(zhuǎn)換方法
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在實(shí)際操作中，即使用戶嚴(yán)格控制實(shí)驗(yàn)條件和規(guī)范操作，仍然不可能完全避免因?yàn)閷?shí)驗(yàn)不確定因素所導(dǎo)致的數(shù)據(jù)偏差。GeneSpring GX提供一系列的數(shù)據(jù)歸一化和轉(zhuǎn)換方法，幫助用戶有效去除不同實(shí)驗(yàn)間的非生物學(xué)差異以保證數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性。
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檢驗(yàn)基因差異表達(dá)的統(tǒng)計(jì)學(xué)工具
GeneSpring GX為用戶提供了多種功能強(qiáng)大的可以用于檢驗(yàn)基因差異表達(dá)的統(tǒng)計(jì)學(xué)工具，包括T檢驗(yàn)（T-tests）以及單因素和多因素方差分析（One-way and multi-way ANOVA ANOVA）等。
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聚類分析和樣本類別預(yù)測(cè)
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GeneSpring GX為用戶提供了多種可以用于在表達(dá)譜數(shù)據(jù)中尋找共性和特征規(guī)律的分析工具。樣本主成分分析法（PCA）可以將分散在一組變量上的信息集中到某幾個(gè)主成分上，從而達(dá)到數(shù)據(jù)降維的作用。其它包括K-均值聚類分析（K-means）、系統(tǒng)聚類分析（Hierarchical）以及自組織映射聚類分析（Self-organizing maps）在內(nèi)的聚類算法，可以基于表達(dá)譜數(shù)據(jù)的相似性，對(duì)不同實(shí)驗(yàn)組別或是樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行分類研究。GeneSpring GX 10中的樣本類別預(yù)測(cè)工具（Support Vector Machines, Neural Network,Na?ve Bayesian和Decision Tree）可以幫助用戶快速分析大量的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，并且從中找出可能和疾病表型或者其它特征相關(guān)的基因標(biāo)識(shí)。
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數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義解析
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對(duì)表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的目標(biāo)就是要從那些具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的數(shù)據(jù)結(jié)果中找出與其關(guān)聯(lián)的生物學(xué)意義。GeneSpring GX不僅可以幫助用戶分析單個(gè)基因的表達(dá)數(shù)據(jù)，而且提供多種工具來(lái)幫助用戶從多個(gè)視角對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中所提示出的分子代謝通路、分子功能以及可能的表達(dá)調(diào)控機(jī)制進(jìn)行深度解析。GeneSpring GX提供以下生物學(xué)輔助解析工具：
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- 最新基因注解更新（支持從NCBI,安捷倫公司和eArray網(wǎng)站在線或是直接通過(guò)用戶提供的text文檔進(jìn)行更新）
- Gene Ontology (GO) 富集化分析
- 基因組分析和基因組富集化分析（Gene and gene set enrichment analysis）
- 通過(guò)GO 瀏覽器觀看基因的主要功能分類
- 對(duì)目的基因進(jìn)行GO分析
- 代謝通路分析
- GeneSpring GX支持Biopax通路交換格式的導(dǎo)入和觀看
- 查找與目的代謝通路相似的其它代謝通路
- 建立不同分子間的相互作用關(guān)系及其它模型
- Ingenuity Pathway Analysis (IPA)整合工具
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卓越的數(shù)據(jù)兼容性
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GeneSpring GX是開(kāi)放式的數(shù)據(jù)分析軟件，目前支持包括安捷倫公司，Affymetrix公司，Illumina公司等不同芯片平臺(tái)所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)。GeneSpring GX 10還可以幫助用戶輕松實(shí)現(xiàn)跨芯片平臺(tái)的數(shù)據(jù)比較和整合。
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