基本分析： 1. 基因組學相關分析 1) 序列拼接，BAC及中小基因組組裝。 2) 序列比對，同源性搜索。 3) 多序列全局比對，同源進化樹構建。 4) EST的基因組定位，可變剪切形式確定 。 5) Promoters預測與查找，CpG島，調控元件等。 6) 重復序列注釋：SSR,STR,LINE,SINE,Transposons等。 7) 基因預測及基因結構分析：真核，原核，mRNA/cDNA編碼區預測。 8) Non-Coding RNA的預測與注釋： tRNA預測及二級結構分析 rRNA預測 MiRNA預測及結合靶點預測 soRNA預測及甲基化位點預測 9) SNP分析。 10) 分子進化相關分析：分歧年代，進化樹，進化壓力（Ka,Ks）。 11) EST序列/一般序列分析 序列基本分析：去除載體，污染，聚類，拼接 表達譜分析：特異表達基因，共調控基因 Unigene的功能注釋及分類（見下面基因注釋及功能分類） 基于EST的SNP分析 12) 基因的功能注釋及分類 NCBI非冗余核酸庫（NT） NCBI非冗余蛋白庫（NR） SwissProt蛋白數據庫 Kegg Pathway數據庫 COG/KOG蛋白家族數據庫 Interpro&GO蛋白功能位點和結構域（domain）數據庫 2. 蛋白質組學相關分析 1) 蛋白質親/疏水性、等電點、抗原性分析及跨膜蛋白，信號肽等性質分析和相似性分析 2) 蛋白級/三級結構預測 3. Microarray/Biochio生物芯片數據分析 1) 對基因芯片的表達譜數據進行預處理與歸一化分析 2) 使用多種統計方法篩選具有顯著性差異表達的基因 3) 對差異表達基因數據進行多種聚類分析，并給出樹狀圖 4) 結合基因GO分類(gene ontology)、信號轉導數據庫（KEGG），進行相關路徑分析、差異表達基因的功能分類、所屬信號通路分類等 4. 引物/探針設計 1) 核酸引物、PCR引物、測序引物及雜交探針的設計與評價 2) 用于細菌種屬分類的雜交探針設計 3) 用于SNP檢測的探針設計 4) 芯片的olgio設計